分子序列突变风险及遗传密码编码规则

分子序列突变风险及遗传密码编码规则

一、分子序列的突变危险性与遗传密码的编码规则(论文文献综述)

韩学凯[1](2017)在《三角帆蚌高密度遗传连锁图谱构建与内壳色相关基因初步筛选》文中提出三角帆蚌是我国经济价值最高的淡水珍珠贝。颜色是评价珍珠质量的一个重要因素,研究表明贝壳珍珠质颜色与珍珠颜色形成密切相关。本研究以三角帆蚌紫色选育系为材料,开发大量SNP分子标记,构建高密度遗传连锁图谱,进行内壳色性状的QTL定位,并利用HcTyr和HcTyp-1基因进行内壳色相关SNP标记的筛选及图谱定位研究。利用定位到的内壳色性状相关标记,对构建的BAC文库进行筛选,测序并分析可能存在的内壳色相关基因。本论文主要结果如下:(1)三角帆蚌SLAF标签开发及高密度遗传连锁图谱构建用三角帆蚌父本和母本各一只及157只子代个体构建SLAF-seq文库。通过高通量测序和生物信息学分析,得到139,113,148个reads。其中88.64%是高质量的序列(Q值>30),平均GC含量为37.45%。对低质量SLAF标签进行过滤,共开发得到239,704个SLAF标签,其中来自父本和母本的标签数分别是201,805和206,806。父本和母本中的测序深度分别是19.25倍和20.70倍。在这239,704个SLAF标签中,多态性标签有129,967个,多态性比例达54.2%。对上述标签进一步筛选,有4508个高质量SLAF标签被用于图谱构建。将新开发4508个SLAF标签与之前微卫星图谱506个标记一起构建了高密度遗传图谱。这个图谱有19条连锁群,包含4,920个标记,总长度为2,713 cM,图谱标记的平均间隔为0.55 cM。每个连锁群的标记数从114到436不等,平均每个连锁包含258个标记,连锁群平均长度为142.80cm。每个连锁群的‘gap≤5cm’值在80.28%到100%之间,平均值为97.79%。(2)三角帆蚌内壳色相关性状qtl定位及效果鉴定用构建的高密度遗传图谱对5个内壳色相关性状进行了qtl定位,一共定位了7个qtls,其中al、aa、ab、ade和外套膜紫色痕长度qtl数目分别为1、1、3、1和1个,可解释的表型变异值从17.9%到22.8%不等。在这内壳色相关的7个qtls中,有5个显着的qtls集中分布在lg17的17.3-36.1cm区间,可解释表型变异较高,在19.7%到22.8%之间。说明控制内壳色性状的关键基因很可能分布在这个区域。从内壳色相关qtls区域内选取3个snp标记设计引物,验证内壳色相关qtls定位的准确性。选取三角帆蚌家系3个,每个家系100只个体,进行基因分型和内壳色参数值测量,统计分析后发现marker189034、marker257873、marker273509这3个标记不同的基因型在l、a、b和de值上均存在显着差异(p<0.05),这说明定位得到的内壳色相关qtl具有较高的准确性和可靠性。(3)三角帆蚌hctyr和hctyp-1基因内壳色相关snp筛选及图谱定位根据已分离的三角帆蚌hctyr和hctyp-1基因,通过设计引物扩增基因序列片段,经序列对比,在hctyr和hctyp-1基因分别筛到8个和7个snp位点。用144只三角帆蚌个体对这些snps位点进行检测和分析,发现这些位点多为中低度多态位点。利用卡方检验分析这些位点和三角帆蚌内壳色相关性,发现HcTyr和HcTyp-1基因上各有7个和4个SNP位点与三角帆蚌内壳色L、a及dE呈显着相关性,分别用这两个基因上SNP位点做单倍型构建和分析,发现Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ及T1这四种单倍型在白色群体中出现的频率极显着高于在紫色群体中出现的频率,而Ⅴ、Ⅶ和T4这四种单倍型在紫色群体中出现的频率极显着高于白色群体。图谱定位显示这两个基因都位于三角帆蚌LG16连锁群上。(4)三角帆蚌BAC文库构建及内壳色候选基因筛选选取健康的三角帆蚌1只,经HindIII酶切构建了BAC文库,该BAC文库保存于4个96深孔板中,共包含163,200个阳性克隆。其中板1与板2每个孔的平均克隆数为350,平均插入片段大小为135 kb。而板3与板4每个孔的平均克隆数为500,平均插入片段大小为150 kb。所构建BAC文库覆盖率约为三角帆蚌基因组的7.8倍。在定位得到的内壳色相关的QTL最高点选取标记设计探针,对构建好的三角帆蚌BAC文库进行筛选工作,并筛到6个阳性单克隆,分别对这6个克隆进行建库和测序。利用生物信息学对6个阳性克隆进行候选基因的预测,最后在BAC2G12和BAC1D6测序得到的序列中,分别比对到编码细胞色素P450-10蛋白与ABHD6-B类似蛋白的基因作为内壳色相关的候选基因。

孙咏萍,郭世荣[2](2015)在《重述克里克的密码起源理论》文中指出利用概念分析法,从内史角度厘清了弗朗西斯·克里克在遗传密码破解以后对密码起源问题的逻辑性思考——密码的性质、密码的统一性、古密码子及立体化学作用理论和冻结偶然性理论的比较,揭示了克里克研究密码起源理论的核心是冻结偶然性,他提出的古密码子理论比较合理地推测了密码的起源与进化关系.

张会荣[3](2014)在《中小企业成长文化基因及其作用机理研究》文中指出改革开放以来,机制灵活的中小企业得到了长足发展,随着经济全球化、信息网络化的普及与高速发展,中小企业以其独特的优势迅速崛起于企业群体当中,为促进经济增长、扩大劳动就业、提高国家税收、加速科技创新、提高综合国力做出了重要贡献。然而,由于经营环境复杂多变、市场竞争愈加激烈、客户需求日趋个性化、网络经济蓬勃发展,这些现实条件的改变与经营的不确定性严峻考验和威胁着我国中小企业的生存与成长。大量中小企业陷入了“成长率低、死亡率高”的成长困境,中小企业的平均存活寿命仅为3-4年。这严重制约着国家和地区的技术进步、产业升级,同时也严重影响着我国的综合国力提升与社会经济可持续发展。尽管如此,2012年在中小板与创业板上市公司中,仍有一部分中小企业以惊人的速度成长,其各项指标的增长都远远超过了所有公司的平均增长水平,在股票市场上也表现出强劲的增长势头,这值得我们深思,为什么有些中小企业可以不断发展壮大乃至实现持续发展?而有些中小企业会在短时间内急转直下、萎靡不振,甚至突然消亡?为什么只有少数企业能够实现长寿做成百年企业,而大多数中小企业寿命只有几年,甚至在更短的时间内夭折?决定中小企业成长的根本因素到底是什么?这些因素又如何影响企业成长发展?围绕这一系列问题,多年来,学术界给出了宛如“丛林”的理论解释并进行了大量的实证研究,学者们从企业资源、企业生命周期、企业创新、企业核心竞争力等不同角度展开研究,但大都忽视了健康的企业文化基因才是企业长寿的最根本决定因素。多年来,视企业为生命体的成长理论一直存在,随着生命科学的发展,借助基因理论进行研究的学者也逐渐增多,但仍然远未解开企业成长之谜。一个重要的原因是人们忽视了企业的“生命人性”,忽视了从企业文化的传衍与变革为逻辑主线来考察企业的成长问题。文化是企业生命体的基因,基因优劣及其组合状态决定企业的规模、效率以及生命状态和生命周期。正是在这样的背景下,本文从仿生学的视角出发,以企业文化理论、企业基因理论为基础,分析中小企业文化基因特征,结合企业成长外部环境,试图从根源上找到影响中小企业生存和发展的企业文化基因,分析其作用机制机理,并据此为中小企业生存与可持续成长提出基本策略和相应建议。按照上述行文思想逻辑主线,本文研究内容分以下四个方面:第一,中小企业文化基因内涵与结构。剖析中小企业生命特性,借鉴生命科学基因理论,在梳理前人相关研究的基础上,重新定义了中小企业文化基因的概念,分析了中小企业文化基因的特征,结合文化基因概念与特征,提出了双链四碱基文化基因模仿式结构。在综合考虑文化基因模仿式结构的前提下,结合中小企业成长现实情况,定性分析各文化基因组合功能模块的作用,定位和构建出中小企业文化基因的创新式结构概念模型。此概念模型是文化基因模仿式结构的抽象升级版。在此概念模型基础上进行中小企业成长机理分析,从而构建出奠定全文研究基础的中小企业成长文化基因分析框架。第二,中小企业文化基因实证甄别。文章选取了我国中小上市公司2010-2012三年间的数据作为样本,手工摘录了符合标准的1041家中小企业的企业文化相关数据。基于中小企业文化基因的内涵,分析整理出了中小企业文化基因指标体系,并用因子分析、方差分析、多重比较、层次分析等方法,实证甄别出了重要程度依次降低的企业家及其风险偏好、企业价值观与道德、企业内部治理与外部关系、企业创新意识与能力四大文化基因要素。第三,中小企业文化基因表达调控。文化基因要素携带着大量的企业文化遗传信息,解析企业文化基因遗传信息如何表达是掌握和了解中小企业生命体成长特征的基础。参考生物学中基因表达的“中心法则”思想,从理论上分析了文化基因对中小企业成长的影响机理,构建中小企业文化基因遗传中心法则概念模型。阐述了“企业文化基因经过”自组织概念化”转变为企业文化密码子,文化密码子再经过”他组织具体化”转变为文化基因功能模块,功能模块促进企业成长”的表达调控过程模式。这即是中小企业文化基因的“转录”和“翻译”过程,然后进一步剖析了文化基因表达过程中的调控机理机制。第四,中小企业文化基因变异。借助于生物基因变异研究理论,剖析了中小企业文化基因变异内涵、动因及过程,指出文化基因变异是由于外部环境发生巨大变化或内部功能机制出现不协调而导致的中小企业文化基因重组或突变现象,使得企业整体精神面貌、企业行为和性状发生变化,从而进入一种新的状态以适应环境变动的循环过程。通过文化基因变异,中小企业更加适应外部环境、内部运作更加合理,从而促进中小企业成长。综合以上分析内容,主要得出了如下三方面结论:第一,企业文化基因是企业生存与长寿的根本决定因素。文章重新界定了中小企业文化基因为携带着企业大量的、原始的、优良的文化理念和遗传信息,从本质上决定着企业生命体寿命长度的因素。紧扣文化基因概念,经过数据实证,甄选出企业家及其风险偏好、企业创新意识与能力、企业价值观与道德、企业内部治理与外部关系四类文化基因要素。类比生物基因结构,在深入分析企业文化基因相互作用与功能的基础上,第一次构建了中小企业文化基因模型。第二,提出了中小企业文化基因表达的中心法则概念模型,即中小企业文化基因--自组织概念化(基因编码)—他组织具体化(功能模块)的文化基因表达模式。分析了企业文化基因表达机制中的转录机制和翻译机制是如何影响中小企业的生存与成长,解析了中小企业文化基因表达过程机制与表达调控机制。第三,借鉴生命科学中生物基因的变异特征,对中小企业文化基因变异的作用机理进行了剖析,总结出文化基因的正向变异是促进中小企业成长的动力来源。第四,结合中小企业生命体特征,从文化基因视角提出了优化文化基因四碱基,检测和优化文化基因表达与调控机制,优化文化基因变异机制的对策,同时,从外部环境方面也提出企业成长相应对策。据此,本文创新点归为以下三方面:第一,解答了什么是中小企业成长的文化基因,重新界定了中小企业文化基因体系,并首次构建了中小企业文化基因模型。这丰富了企业文化基因理论体系研究内容,试探性地深化了企业成长理论研究。第二,实证甄别了中小企业文化基因体系组成。把企业文化这个难以定量的定性指标进行基因体系分解,并实证甄别出企业文化基因构成因素,构建中小企业文化基因DNA模型。这延伸了企业基因模型理论的研究范围,开创了中小企业文化基因模型研究方向,并为企业文化基因更深层的研究奠定了基础。第三,解析了文化基因对中小企业可持续成长的内在作用机理,并有针对性地提出了中小企业可持续成长的有效策略。开辟了基于文化基因视角研究中小企业成长的新途径。本文以生物学遗传中心法则为基础,提出并分析了中小企业文化基因影响企业成长的表达与调控机制,剖析出文化基因对中小企业可持续成长的作用机理,并据此提出中小企业成长的基本策略,结合中小企业生存和成长的环境提出了可持续成长建议。

白鸿叶[4](2013)在《高通量DNA测序数据的分布密度分析及其应用》文中提出高通量测序技术可以在短时间内完成全基因组深度测序,通过对个体的全基因组或组织细胞内的全体mRNA进行高通量测序得到的测序数据在参考基因组不同区域上的分布密度差异进行分析,可以直接探究个体基因组序列异常和基因表达异常,这种诊断方法采样方式简单安全,对个体医疗的发展有着重要意义。这也为测序数据分布密度的精确分析和合理利用提出很高要求。本文主要工作是设计出一种参考模板生成算法来生成更适用于分布密度分析的参考模板。然后对测序数据在该参考模板上进行比对得到的比对分布数据设计系列分析算法。比对分布密度分析算法一方面用于定量分布密度误差,另一方面用于更好地掌握比对分布数据规律。本文最后在此基础上针对胎儿染色体数目异常方面的应用设计了一个经过改进的产前诊断系统。在本论文中,先是提出一种参考模板生成算法,用该算法生成参考模板,通过去重复来提高测序数据在参考模板上的比对速度,并且可以保证测序数据的比对数量和比对分布密度的精度。之后,本论文对比对分布密度展开系统分析。一方面,本论文用不同的GC含量偏差模型来分析GC含量对比对分布密度的影响,用于确定准确反映数据规律的GC含量偏差模型和最佳参数,进而构建GC含量偏差校正模型,以消除GC含量对比对分布密度带来的偏差。另一方面,本论文致力于对不同样本的染色体表达率进行一系列分析,在分析样本在不同染色体上所呈现出的表达率差异基础上,分析胎儿性别不同和处于不同孕期的母体血浆DNA测序数据在人类染色体组上的表达率差异,阐明胎儿性别和所处孕期对样本测序数据的染色体表达率的影响规律。最后,本文针对胎儿染色体数目异常的产前诊断设计出一个经过改进的诊断系统。该系统对孕妇血浆DNA测序数据在本论文生成的参考模板上的比对分布数据进行分析,用于诊断胎儿染色体数目异常。而该系统中GC含量偏差校正模块的加入减小了样本染色体表达率的偏差,提高了染色体表达率计算的准确度。

徐素梅[5](2013)在《DNA计算在DNA密码中的应用研究》文中研究表明DNA计算是近年来迅速发展起来的新型计算技术,以前我们只是单纯的把现实模型转换为数学模型来求解,但是现在DNA计算给我们的疑难数学问题又提供了一个便捷的解决方式,它把抽象的数学问题形象化的转为生物问题,从另-个角度来解决数学问题的计算方法,DNA计算是根据DNA分子的双螺旋结构和碱基互补配对原则,首先将要处理的数学问题转化成已编码的特定的DNA分子,然后通过然后通过酶的作用,得到各种数据,然后聚合酶链式反应(PCR)、超声波降解、聚合重叠放大技术(POA)、电泳、分子纯化等现代分子生物技术手段获得运算结果;最后通过测序等方法解读计算结果。DNA计算的核心问题是将已知信息进行标记然后打乱放入被编码的DNA序列中,在经过一定时间内所完成生物化学反应,使得可以从反应后的产物及溶液中能得到全部的解空间。而且因为DNA分子具有生物算法的高度的并行性和其贮存的容量非常可观且耗能极少,因此DNA计算机与常规电子计算机相比,是具有其独特的优势的,这使得DNA计算比起己知的计算方式更具有优势。DNA密码是近年来才出现的密码新领域,它比已知的密码更具有保密性,它是建立在DNA计算的基础上出现的。DNA密码是以DNA分子做为信息载体,使用现代生物技术来挖掘DNA分子带有的存储容量大和高度并行性及低耗能等优点,实现分析、加密、认证等密码学功能。在密码发展史上,我们知道出现过古典密码、近代密码、现代密码,随着密码的发展,各宗密码的有缺点已经了然于心,但是随着密码的发展密码的缺点由不能确保消息的安全性,有极大的可能被篡改、删除、重放被极大的修正了,而且还多了认证防伪技术。这无一不说明着密码的飞速发展,但是现在密码学局限于代码的数量、代码的复杂度、代码的安全性及代码被人们所熟知从而密钥丧失了其秘密性,使得密码有种岌岌可危的危险性,正是在这种情况下,DNA密码应运而生。DNA分子的脱氧核糖、磷酸和4种含氮碱基及碱基互补原则,使得DNA分子所能表达的信息所含容量之大(一段20碱基的DNA序列,其组合方式可高达一万亿种),并其独一无二的特性,可以了解到将DNA计算和密码组合起来形成的DNA密码的前景之广阔是毋庸置疑的,基于DNA序列的高度复杂性和独一无二性使得DNA密码将会成为终极密码,为密码学的前进指引了方向。因此,本文所述的DNA计算技术、密码技术及其融合在一起所形成的DNA密码技术是有其积极意义的,本文从详细说明DNA计算的形成、发展、及其优势特点和密码学的形成、发展、及其优势特点,从而导出二者结合的DNA密码的终端优势。

李培现[6](2012)在《深部开采地表沉陷规律及预测方法研究 ——以徐州矿区为例》文中研究表明随着煤炭资源开采向深部延伸,深部开采沉陷规律及预测方法成为开采沉陷研究者关注的热点,对此进行研究,具有重要的理论和实际意义。本文在现场实测、相似模拟和数值模拟分析的基础上,结合力学理论,明确了深部开采覆岩和地表移动机理与规律,构建了深部开采地表沉陷预测方法,为深部开采地表沉陷预测及建(构)筑物损害评价提供了技术方法,主要工作及成果如下:(1)建立了基于遗传算法的概率积分法参数反演方法,解决了大采深长周期任意形状多工作面开采地表移动观测站概率积分法参数反演问题。与直接搜索算法相比,该法适用于任意形状、多工作面概率积分法参数反演,且计算精度、效率更高。(2)在分析研究现场实测资料基础上,明确了深部开采覆岩和地表移动机理与规律:随着采深的增大,地表下沉具有缓慢、周期长、活跃期不明显、主要影响角正切增大、开采影响传播系数先增大后减小等特点。基于徐州矿区实测资料,建立了地表移动参数、概率积分法参数与地质采矿条件的关系式,为深部开采地表移动参数选择提供了依据。(3)针对数值模拟计算分析中岩体力学参数难选问题,构建了基于BP神经网络的智能力学参数反演方法,该方法采用正交设计确定合理的BP神经网络训练样本,建立了基于BP神经网络的地表下沉与覆岩力学参数之间的数学模型。解决了数值模拟计算中,覆岩力学参数选取难的问题,为获得可靠的数值模拟结果提供了依据。实例证明了该方法的合理性和可靠性。(4)根据采矿进程,将深部开采归纳为初采为深部开采、倾斜煤层多水平深部开采、多煤层重复深部开采三种方式。采用相似材料和数值模拟方法对岩层及地表移动规律分别进行了研究,获得了采动程度、煤层倾角、采深、多煤层开采对深部岩层及地表移动的影响机理和规律:倾斜煤层多水平开采时地表最大下沉值随着煤层倾角的增大而减小;地表移动边界角随着煤层倾角的增大呈线性增大;多个煤层重复开采时地表下沉率较单一煤层开采增长较多,开采引起的地表移动范围增大等,这些规律对于深入认识深部开采覆岩及地表移动机理和规律奠定了基础。(5)在分析基岩和松散层力学特性及移动机理基础上,将覆岩分为基岩和松散层两部分,结合弹性理论,建立了下沉空间的双介质传递模型。该模型包括:1)基本顶初次破断前的四边固支的弹性薄板模型;2)基本顶初次破断后的winkler地基上的四边简支弹性薄板模型;3)松散层内任意形状不均匀下沉空间的三维扩散模型。研究为大采深开采覆岩及地表移动计算提供了新方法。(6)以概率积分法基本原理为基础,采用直接对开采空间积分的方法,构建了任意形状、变采厚、多工作面开采地表移动变形极大值的计算方法,解决了任意形状、变采厚、多工作面开采地表移动变形极大值的计算问题。开发了矿区开采沉陷预测分析计算软件,该软件集成了概率积分法和沉陷空间的双介质传递模型,为深部开采沉陷预测分析提供了基础。以薛湖煤矿首采工作面为例,采用所建立的遗传算法进行松散层内移动参数的反演,取得了良好的效果。以双介质下沉空间传递预测模型进行预测计算,获得了地表移动变形的极大值等值线,预测结果和实测结果吻合,表明采用所建立的双重介质预测模型和方法进行大采深地表移动的计算是可靠的。(7)针对深部开采地表移动缓慢、周期长、采动极不充分、预测精度低的特点,采用PSO-SVM方法时序寻优的特点,建立了基于PSO-SVM的深部开采沉陷长时序的预测预报方法,该方法可建立地表下沉前期观测数据和未来预报结果之间的非线性关系,获得可靠的长时间序列地表动态下沉预报结果,对深部极不充分开采条件下,长时序地表移动变形预测预报,确定地表动态下沉过程及稳沉时间具有实际意义。(8)结合徐州矿区庞庄煤矿张小楼井对刘集镇主镇区保护煤柱的设计以及三河尖矿7143工作面开采沉陷预测分析项目,运用所获得的大采深地表移动规律进行了刘集镇主镇区保护煤柱设计;采用双介质模型进行三河尖矿房屋及堤坝下采煤移动变形预测。工程应用表明本文所获得的结论和方法可以作为深部压煤开采设计及地表沉陷预测计算依据,为指导徐州矿区“三下”采煤工作提供了科学的依据。

孙咏萍[7](2012)在《弗朗西斯·克里克对遗传密码研究的历史贡献》文中研究表明弗朗西斯·克里克(F.H.C.Crick,1916-2004)是科学史上的杰出人物之一。他的科研兴趣经历了从物理学转向生物学的重大转变。即使在生物学领域,克里克的科学研究也是多方面的,涉及细胞质、蛋白质、DNA、遗传密码和人类意识等多个方向。本文在研读克里克在遗传密码领域发表的原始论文和相关学术研究文献的基础上,利用文献研究和概念分析等方法,揭示克里克在密码研究中的理论观点的本质内容,力求构建克里克从事遗传密码研究的历史图景。具体地讲,文章以克里克的原始论文和相关学术研究文献等第一手资料为依托,再现克里克密码研究的理论成果。梳理了克里克在密码研究中提出的概念和假说的历史演变;初步探索克里克的密码研究的影响,说明了当今密码研究领域的焦点问题,且采用案例研究法揭示突变危险性理论的本质内容和深受克里克密码研究之重要观点:摆动假说和冻结偶然性理论影响的痕迹。本篇论文包括六章内容。第一章全面解析克里克的科研人生,综合分析了克里克的个人学术选择及主要科学成就,概要地总结了克里克在所研究领域的重大贡献;揭示克里克审慎、执着和智慧的科研人生,认为在克里克诸多的探索领域中,遗传密码研究是一个重要的组成部分。克里克的此项研究建构在物理学思维与生物学研究对象有机结合的基础之上,这个结合是克里克实现其初衷(涉入生物物理学领域)的一个富有成效的尝试。第二章梳理了遗传密码研究的早期发展。介绍了“遗传物质”概念的历史演变,澄清了遗传密码研究的发端问题,并重点提出四种早期的密码研究雏形:认为胚胎学家布拉舍(J.Brachet)首先发起了从DNA到蛋白质信息流向问题的研究,生物学家杜恩斯(A.L.Dounce)第一个提出了编码设想,物理学家伽莫夫(G.Gamow)最先从细节上重视编码问题,克里克在此基础上开始走上遗传密码的研究之路,提出多种编码方案,初期探索步履维艰,显示其坚定执着,开拓创新的科学精神。第三章基于对其科研论文、论着及个人通讯资料的研读,探究克里克密码思想形成的心路历程。提出有三点原因促使克里克走向密码研究之路,其一是自然选择思想,其二是洞察新问题的能力和物理学思想的影响,其三则是对科学研究全身心的投入。第四、五章是克里克密码研究思想的主体部分。论文首次将克里克的密码研究分成基础性研究和综合性研究两部分。第四章探索了克里克对遗传密码的基础性研究,包括编码问题、论蛋白质的合成和三联体三部分内容。编码问题是密码研究中的一个基本问题,基于对克里克在编码问题中史实上的梳理和概念上的分析,认为克里克虽然不是第一个提出编码方案的人,但是是他首先意识到了编码问题的重要性,并为此付诸大量的思考和理论分析;在编码问题的研究处于“低谷”期间,克里克构建了蛋白质合成问题的理论框架,提出了序列假说和中心法则,彰显了假说的重要价值及经验出于错误的历史教训;克里克的密码研究突显循序渐进,追求实证的科研逻辑。随后他开创性地设计了遗传学实验,证实了密码子为“三联体”的本质。这一研究成果在全部密码子发现的历史过程中起到了决定性的作用,是克里克密码研究中一项承前启后的工作,首次阐明了密码的本质特征,并促使他进一步成为根植于实验的理论家。第五章是从内史角度揭示克里克对遗传密码的综合性研究。本章分析了克里克对遗传密码的性质、摆动假说、终止密码子、密码表的建立和密码起源与进化方面的研究;探讨了克里克密码研究的五次综合,从实证方面展示其对密码研究发展到一定程度的理论综合及完善的过程,体现了密码表建立过程中多国科学家的集体智慧以及理论和实验两方面的共同协作。基于对克里克两个层次的密码研究充分显示了其密码研究的主体特征:一般性、系统性、逻辑性和根本性;框架式的研究风格;大胆假设和开拓创新;根植于历史和实验。这一切又体现了克里克深厚的物理学知识基础和物理学思想的影响。第六章初步探讨了克里克密码研究的影响。分析了密码研究的一些焦点问题:密码的简并性和反常码、无义密码子的再编码、遗传密码的扩展和密码的起源与进化。然后,通过案例研究梳理了中国学者在遗传密码研究方面的成果——突变危险性理论,揭示其理论形成的历史背景和本质内容。突变危险性理论起源于上世纪80年代,在诸多关于密码起源与进化的理论观点中,突变危险性极小化理论从其基本假设的合理性、逻辑结构的明晰性和完整性以及解释实验资料的广泛性来看,是特别成功的。论文也从细节上首次研究了克里克的密码观对突变危险性理论的直接影响。

孙咏萍[8](2012)在《生命密码的突变危险性理论》文中指出目的梳理迄今为止多种主体密码起源及进化假说,研究突变危险性理论的本质内容、理论特点和优势并作相应评述。方法文献考证与概念分析。结果揭示了突变危险性理论的本质内容及理论特色。结论生命密码的突变危险性理论有其自身理论体系的简明性和逻辑性,继承了Crick的摆动假说和冻结偶然性理论,并将标准码和反常码的研究纳入了一个统一的理论框架之下。

罗辽复[9](2010)在《基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题》文中研究说明数千个基因组的测序完成,海量资料数据呼唤着生命科学的理性和实证性更完美地结合。基因组信息学是理论生物学的龙头。本文遵循生命信息运行的密码—序列—结构—功能的主线,论述了生命科学的理性化途径,讨论了若干基因组生物学的基本问题。着重总结了理论生物学领域的部分工作,包括:①基因组序列识别码的形成和构建,一组描述碱基分布和碱基关联的统计量集合可作为基因组的识别码;②基因组的进化方向和最大信息原理,提出基因组序列的编码信息量在进化中随时间增长的规律,指出DNA序列局部片段遵循最大信息原理;③遗传密码的适应性进化,证明普适标准密码表是突变危险性的适应性极小码,论证了遗传密码既具有稳定性,又具有可进化性;④基于量子跃迁的蛋白质折叠动力学,用量子跃迁的观点和理论研究如何处理从序列到结构,导出蛋白质折叠速率公式,解释了现有各种速率实验;⑤细胞开关相变和熵产生,研究了最简单生命噬菌体的溶原态/裂解态转变动力学,得到了此类细胞开关中熵产生的特异性规律。

罗辽复[10](2010)在《基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题》文中认为以信息为主线论述了生命科学的理性化途径,着重总结了作者及其研究小组在理论生物学领域的工作,包括基因组序列识别码的形成和构建,基因组的进化方向和最大信息原理,遗传密码的适应性进化,基于量子跃迁的蛋白质折叠动力学,细胞开关相变和熵产生.

二、分子序列的突变危险性与遗传密码的编码规则(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、分子序列的突变危险性与遗传密码的编码规则(论文提纲范文)

(1)三角帆蚌高密度遗传连锁图谱构建与内壳色相关基因初步筛选(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
引言
第一章 文献综述
    1. 分子标记概述
        1.1 常用分子标记类型
        1.2 SLAF-SNP分子标记
        1.3 SNP标记在双壳贝类中的应用
    2. 双壳类遗传连锁图谱构建及研究现状
        2.1 遗传图谱构建原理
        2.2 遗传图谱构建过程
        2.3 双壳类遗传图谱研究进展
    3. 双壳类QTL定位及研究现状
        3.1 QTL定位主要应用
        3.2 双壳类QTL定位研究进展
    4. 双壳类BAC文库的构建及研究现状
        4.1 BAC文库的构建
        4.2 BAC文库的应用
        4.3 双壳类BAC文库研究进展
    5 立论依据与研究目的
第二章 三角帆蚌SLAF-SNP标记开发及验证
    1.材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
    2. 实验结果
        2.1 SLAF文库构建及测序结果评估
        2.2 SLAF标签鉴定及分类
        2.3 SLAF-SNP的验证及遗传多样性分析
    3.讨论
第三章 三角帆蚌高密度遗传连锁图谱构建
    1. 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
    2. 结果
        2.1 SLAF标记编码与筛选
        2.2 三角帆蚌中性图谱构建概况
        2.3 雄性图谱构建概况
        2.4 雌性图谱构建概况
    3. 讨论
第四章 三角帆蚌内壳色相关性状QTL定位
    1. 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
    2. 结果
        2.1 内壳色性状值统计及相关性分析
        2.2 内壳色相关性状QTL定位结果
        2.3 内壳色相关QTLs定位的验证
    3. 讨论
第五章 三角帆蚌HcTyr和HcTyp-1 基因内壳色相关SNP筛选及图谱定位
    1. 材料与方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
    2. 结果
        2.1 HcTyr和HcTyp-1 基因序列扩增
        2.2 HcTyr和HcTyp-1 基因多态性分析
        2.3 HcTyr和HcTyp-1 基因SNP位点与内壳色性状关联分析
        2.4 HcTyr和HcTyp-1 基因SNP位点连锁不平衡及单倍型分析
        2.5 HcTyr基因7个显着SNP位点及优势单倍型的验证
        2.6 HcTyr和HcTyp-1 基因在图谱上定位
    3. 讨论
第六章 三角帆蚌BAC文库构建及内壳色相关基因的筛选
    第一节 三角帆蚌BAC文库构建及鉴定
        1. 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
        2. 结果
        2.1 BAC文库构建及质量检测
        3. 讨论
    第二节 三角帆蚌内壳色相关BAC的筛选及候选基因鉴定
        1. 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
        2. 结果
        2.1 引物设计情况
        2.2 PCR引物对BAC文库筛选情况
        2.3 BAC测序结果及候选基因分析
        3. 讨论
结论
参考文献
博士期间发表文章及专利
致谢

(2)重述克里克的密码起源理论(论文提纲范文)

1 Crick的密码起源理论产生的历史背景
2 Crick的密码起源观
    2.1密码的结构
    2.2密码的性质
    2.3密码的统一性
    2.4立体化学作用理论的实验证明
    2.5古密码子理论
    2.6 Crick密码起源理论对密码性质的检验
    2.7冻结偶然性和立体化学作用的比较
3小结

(3)中小企业成长文化基因及其作用机理研究(论文提纲范文)

目录
CONTENTS
摘要
ABSTRACT
第1章 绪论
    1.1 选题背景与研究意义
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 研究意义
    1.2 概念界定与研究现状
        1.2.1 相关概念界定
        1.2.2 中小企业成长研究现状
    1.3 研究思路与研究方法
        1.3.1 本文研究思路
        1.3.2 研究方法
    1.4 研究内容与关键问题
        1.4.1 研究内容
        1.4.2 关键问题
    1.5 研究创新点
第2章 理论基础与文献综述
    2.1 企业仿生学理论
        2.1.1 仿生学内涵
        2.1.2 企业成长仿生学理论
        2.1.3 仿生学理论评述
    2.2 企业文化理论
        2.2.1 文化的内涵
        2.2.2 企业文化理论内涵
        2.2.3 企业文化与企业成长
    2.3 企业成长基因理论综述
        2.3.1 基因的概念
        2.3.2 企业基因相关研究
        2.3.3 企业基因结构
        2.3.4 企业成长基因作用机理
    2.4 基因理论评述
第3章 仿生视角下中小企业文化基因分析框架
    3.1 企业的生命人性特征
        3.1.1 中小企业是生命体
        3.1.2 中小企业成长生命人性特征
    3.2 中小企业文化基因的界定
        3.2.1 企业文化基因起源与定义
        3.2.2 中小企业文化基因特征
        3.2.3 中小企业文化基因模仿式结构分析
    3.3 中小企业文化基因分析框架
        3.3.1 中小企业文化基因要素分析
        3.3.2 企业长寿文化基因运作机理
第4章 中小企业文化基因要素甄别
    4.1 中小企业文化基因要素甄别设计
        4.1.1 变量选择与测度
        4.1.2 样本选择与描述
        4.1.3 研究方法的选择
    4.2 中小企业文化基因要素甄别过程
        4.2.1 文化基因要素构成识别
        4.2.2 文化基因要素权重排序
    4.3 中小企业文化基因要素甄别结果
        4.3.1 文化基因要素差异性检验
        4.3.2 文化基因要素甄别结果归纳
第5章 中小企业文化基因表达与调控
    5.1 中小企业文化基因信息传递
        5.1.1 生物基因遗传中心法则
        5.1.2 中小企业文化基因遗传中心法则
    5.2 中小企业文化基因表达过程
        5.2.1 企业文化基因遗传信息的转录
        5.2.2 企业文化基因遗传信息的翻译
    5.3 中小企业文化基因表达调控分析
        5.3.1 企业文化基因表达调控内涵
        5.3.2 企业文化基因表达调控过程
第6章 中小企业文化基因变异机制
    6.1 中小企业文化基因变异的内涵
        6.1.1 文化基因变异的概念
        6.1.2 变异的主要类型
        6.1.3 变异的意义
    6.2 中小企业文化基因变异的动因
        6.2.1 变异的外在动因
        6.2.2 变异的内在动因
    6.3 中小企业文化基因变异的过程
第7章 结论与展望
    7.1 研究结论与启示
        7.1.1 研究结论
        7.1.2 管理启示
    7.2 研究不足与展望
        7.2.1 研究不足
        7.2.2 研究展望
参考文献
图目录
表目录
致谢
攻读博士学位期间学术成果
学位论文评阅及答辩情况表

(4)高通量DNA测序数据的分布密度分析及其应用(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 课题背景
    1.2 研究目的及意义
    1.3 国内外研究现状
    1.4 本文主要研究内容
第2章 DNA 测序数据的分布密度相关问题
    2.1 比对产生测序数据的分布信息
        2.1.1 参考基因组
        2.1.2 DNA 测序数据
        2.1.3 read 在参考基因组中的比对
    2.2 DNA 测序数据的分布密度
        2.2.1 比对分布密度的概念及其特点
        2.2.2 影响比对分布密度的因素
    2.3 密度分析方法及其难点
    2.4 密度分析的应用
        2.4.1 mRNA 丰度分析
        2.4.2 染色体异常分析
    2.5 本章小结
第3章 比对分布密度分析
    3.1 参考基因模板生成算法设计
        3.1.1 参考基因组预处理过程
        3.1.2 构建哈希索引
        3.1.3 pos 排序
        3.1.4 过滤不可比对碱基位置
    3.2 GC 含量对分布密度的影响分析算法设计
        3.2.1 基于参考基因组等分片段的偏差分析模型
        3.2.2 基于单一位置附近窗口的偏差分析模型
    3.3 染色体上比对分布分析算法设计
        3.3.1 染色体表达率计算模型
        3.3.2 不同染色体上的表达率差异分析
        3.3.3 不同样本分布差异性分析
        3.3.4 误比对分析
    3.4 胎儿染色体数目异常分析中的应用
    3.5 本章小结
第4章 算法实现与测试
    4.1 参考基因模板生成算法
        4.1.1 参考模板的生成
        4.1.2 测试结果及分析
    4.2 分布密度分析过程实现
        4.2.1 相关算法实现
        4.2.2 测试结果及分析
    4.3 胎儿染色体数目异常分析应用系统实现
        4.3.1 系统参数生成
        4.3.2 识别系统生成
        4.3.3 测试结果及分析
    4.4 本章小结
结论
参考文献
致谢

(5)DNA计算在DNA密码中的应用研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
目录
引言
1 DNA计算
    1.1 DNA分子的发展历程
    1.2 DNA分子的组成
    1.3 DNA算法的基本思想
    1.4 DNA算法的优点
    1.5 DNA计算的基本操作技术
        1.5.1 凝胶电泳技术
        1.5.2 凝胶电泳的决定因素
    1.6 DNA计算的生物操作
    1.7 测序技术
    1.8 代数编码方法
2 DNA密码的背景
    2.1 密码学的发展历程
    2.2 密钥管理和传统的加密方法
    2.3 密钥
    2.4 密码通信系统
    2.5 密码分析
    2.6 密码的破译
3 DNA密码的认证防伪
    3.1 DNA密码的认证
        3.1.1 消息认证
        3.1.2 身份认证技术
        3.1.3 数字签名
    3.2 DNA密码的防伪
4 DNA密码、传统密码和量子密码的比较
5 DNA计算在DNA密码中的关系
    5.1 DNA密码的优越性
    5.2 DNA密码的研究现状及面临的主要问题
    5.3 DNA密码的问题
6 DNA密码的前景
结论
参考文献
致谢
作者简介及读研期间主要科研成果

(6)深部开采地表沉陷规律及预测方法研究 ——以徐州矿区为例(论文提纲范文)

致谢
摘要
Abstract
Extended Abstract
图清单
表清单
变量注释表
1 绪论
    1.1 研究背景及意义
    1.2 国内外开采沉陷预计研究现状
    1.3 深部开采岩层移动预计研究现状
    1.4 主要研究内容
    1.5 研究方法及技术路线
    1.6 本章小结
2 深部开采地表移动变形规律实测研究
    2.1 引言
    2.2 多工作面开采地表移动概率积分法参数的遗传优化方法
    2.3 张小楼井深部开采地表移动规律
    2.4 三河尖矿东四采区深部开采地表移动规律
    2.5 薛湖煤矿 2102 开采地表沉陷规律
    2.6 开采深度对地表移动预计参数的影响分析
    2.7 概率积分法预测深部开采岩层移动不适应性分析
    2.8 本章小结
3 深部开采地表移动变形规律模拟研究
    3.1 开采沉陷的模拟研究方法概述
    3.2 深部开采沉陷相似材料模拟试验研究
    3.3 深部开采岩层移动的数值模拟研究
    3.4 深部开采地表移动规律总结
    3.5 本章小结
4 深部开采覆岩移动及破坏规律研究
    4.1 相似材料模型覆岩破坏分析
    4.2 深部开采不同深度处岩体变形及应力变化规律
    4.3 覆岩移动的动态过程及影响因素分析
    4.4 本章小结
5 深部开采地表移动预测模型研究
    5.1 弹性薄板的基本理论
    5.2 基于弹性薄板理论的覆岩下沉计算模型
    5.3 基岩面下沉空间的计算方法
    5.4 松散层内不均匀下沉空间的三维概率积分传递模型
    5.5 任意开采空间地表移动变形极大值的计算方法
    5.6 下沉空间的双重介质传递开采沉陷预测分析系统的开发
    5.7 模型计算结果验证
    5.8 本章小结
6 深部开采地表移动长时序的PSO-SVM预报方法
    6.1 支持向量回归机的基本原理及PSO优化方法
    6.2 地表移动的非线性时间序列预测建模方法
    6.3 支持向量机时序预测的评价指标
    6.4 长时序开采沉陷动态预测模型应用
    6.5 本章小结
7 工程应用
    7.1 庞庄煤矿刘集镇镇区保护煤柱设计
    7.2 三河尖煤矿 7143 工作面开采沉陷预测研究
    7.3 本章小结
8 结论及展望
    8.1 主要工作及结论
    8.2 主要创新点
    8.3 不足及展望
参考文献
作者简历
学位论文数据集

(7)弗朗西斯·克里克对遗传密码研究的历史贡献(论文提纲范文)

中文摘要
ABSTRACT
目录
绪论
一 选题来源及选题依据
    (一)研究背景
    (二)研究意义
    (三)国内外研究概况和发展趋势
二 主要研究内容
三 研究方案
四 本研究结果及创新点
第1章 弗朗西斯·克里克的科研人生
    1.1 克里克审慎的人生选择
        1.1.1 科研兴趣的转变
        1.1.2 进入新课题途径的摸索
        1.1.3 工作内容及工作地点的寻找
    1.2 主要科学成就
        1.2.1 克里克之细胞质研究
        1.2.2 克里克之蛋白质研究
        1.2.3 克里克之 DNA 研究
        1.2.4 克里克之遗传密码研究
        1.2.5 神经生物学领域
    1.3 克里克之物理学与生物学观
    1.4 小结
第2章 遗传密码研究的早期发展
    2.1 遗传密码概念的历史演变
        2.1.1 “基因”概念的提出
        2.1.2 “基因”结构概念、功能概念和信息概念的探索
    2.2 典型密码研究的早期雏形
        2.2.1 物理学家薛定谔的基因观
        2.2.2 胚胎细胞学家布拉舍的 RNA 与蛋白质关联研究
        2.2.3 生物学家杜恩斯的密码阅读方案
        2.2.4 物理学家伽莫夫的密码设想
    2.3 小结
第3章 什么促使克里克转向遗传密码的长期研究
    3.1 自然选择思想的反映
        3.1.1 无神论
        3.1.2 自然选择与 DNA
        3.1.3 自然选择与遗传密码
    3.2 前科学研究中科学素养的积淀
        3.2.1 洞察新问题与物理学思想
        3.2.2 全身心投入
    3.3 伽莫夫的启发
        3.3.1 提出一个新问题
        3.3.2 建立 RNA 领带俱乐部
        3.3.3 激起克里克的思考
    3.4 小结
第4章 克里克之遗传密码的基础性研究
    4.1 编码问题
        4.1.1 一份未公开发表的手稿
        4.1.2 无逗号密码
        4.1.3 编码问题的现状
        4.1.4 小结
    4.2 论蛋白质的合成
        4.2.1 历史背景
        4.2.2 本质内容
        4.2.3 理论价值
    4.3 三联体
        4.3.1 本泽尔的“分子突变”理论
        4.3.2 密码子三联体的实证
        4.3.3 三联体实验的重要意义
第5章 克里克之遗传密码的综合性研究
    5.1 遗传密码的性质
        5.1.1 重述密码研究的一般性问题
        5.1.2 蛋白质与核酸的一般性理论总结
        5.1.3 密码的性质研究
    5.2 摆动假说
        5.2.1 理论背景
        5.2.2 本质内容
        5.2.3 小结
    5.3 克里克之终止密码子研究
        5.3.1 终止密码概念的历史演变
        5.3.2 克里克在此项研究中的贡献
        5.3.3 评述
        5.3.4 终止密码研究的新进展
    5.4 论遗传密码表的建立
        5.4.1 尼伦伯格研究组的密码破译工作
        5.4.2 霍拉纳的密码子破译实验
        5.4.3 破译密码子的推测性研究
        5.4.4 基因的信息化概念遗传密码的定义解析
    5.5 克里克的密码起源理论
        5.5.1 克里克密码起源思想的源起
        5.5.2 克里克的前密码起源观
        5.5.3 遗传密码的起源与进化
        5.5.4 评述
    5.6 小结
        5.6.1 克里克遗传密码研究的特征
        5.6.2 克里克在密码研究中取得成功的原因分析
第6章 克里克密码研究的影响
    6.1 密码研究中的集中问题汇总
        6.1.1 密码的简并性与反常码
        6.1.2 无义密码子的再编码
        6.1.3 遗传密码的扩展
        6.1.4 生命密码的起源与进化
    6.2 遗传密码的突变危险性理论
        6.2.1 突变危险性理论产生的理论背景
        6.2.2 突变危险性理论的本质内容
        6.2.3 小结
结束语
参考文献
附录
致谢
攻读博士期间发表的学术论文

(9)基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题(论文提纲范文)

0信息是生命的精髓
1 基因组序列识别码的形成和构建
2 基因组的进化方向和最大信息原理
3 遗传密码的适应性进化
4 基于量子跃迁的蛋白质折叠
5 细胞开关和熵产生
6 结语

(10)基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题(论文提纲范文)

引言信息是生命的精髓
1 基因组序列识别码的形成和构建
2 基因组的进化方向和最大信息原理
3 遗传密码的适应性进化
4 基于量子跃迁的蛋白质折叠
5 细胞开关和熵产生

四、分子序列的突变危险性与遗传密码的编码规则(论文参考文献)

  • [1]三角帆蚌高密度遗传连锁图谱构建与内壳色相关基因初步筛选[D]. 韩学凯. 上海海洋大学, 2017(01)
  • [2]重述克里克的密码起源理论[J]. 孙咏萍,郭世荣. 内蒙古师范大学学报(自然科学汉文版), 2015(05)
  • [3]中小企业成长文化基因及其作用机理研究[D]. 张会荣. 山东大学, 2014(10)
  • [4]高通量DNA测序数据的分布密度分析及其应用[D]. 白鸿叶. 哈尔滨工业大学, 2013(03)
  • [5]DNA计算在DNA密码中的应用研究[D]. 徐素梅. 安徽理工大学, 2013(05)
  • [6]深部开采地表沉陷规律及预测方法研究 ——以徐州矿区为例[D]. 李培现. 中国矿业大学, 2012(10)
  • [7]弗朗西斯·克里克对遗传密码研究的历史贡献[D]. 孙咏萍. 内蒙古师范大学, 2012(07)
  • [8]生命密码的突变危险性理论[J]. 孙咏萍. 西北大学学报(自然科学版), 2012(02)
  • [9]基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题[J]. 罗辽复. 科技导报, 2010(15)
  • [10]基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题[J]. 罗辽复. 内蒙古大学学报(自然科学版), 2010(04)

标签:;  ;  ;  ;  ;  

分子序列突变风险及遗传密码编码规则
下载Doc文档

猜你喜欢