一、古DNA研究与分子考古学（论文文献综述）
汤海峰,李佳伟,刘艳,吴斯豪,范林圆,滕利荣,崔银秋[1]（2021）在《文理交叉背景下分子生物学虚拟仿真实验项目建设》文中研究指明开发可兼顾文理科生的分子考古学虚拟仿真实验项目既可以弥补考古学专业本科生缺乏分子生物学实践学习机会的短板,还能为生物学专业本科生搭建专业性更强的实践学习平台。通过深入分析学校的学科优势、技术优势确定了实体课堂无法开展的"古DNA研究"作为内容载体进行虚拟仿真项目开发。项目的知识体系和内容架构兼顾文理科生对知识需求的差异。在教学实践中设计了兼顾文理科生的差异化教学目标,采用以"线上虚拟学习、实体课堂强化"为主的方法进行教学应用,取得了良好的教学效果。
王明辉,贾笑冰,李新伟,彭小军,叶晓红,翟少冬,陈相龙,李志鹏,吕鹏,黄益飞,刘煜,赵春燕,岳洪彬,赵欣,王树芝,刘建国,叶茂林,何毓灵,韩建华[2]（2021）在《科技助力考古学——中国考古学百年纪念》文中认为2021年是仰韶文化发现和以田野考古为主要手段的现代中国考古学诞生的百年。100年前,以瑞典学者安特生和中国学者袁复礼发掘仰韶遗址为标志,第一次采用了科学研究方法的中国考古学正式起步。中国第一个史前时代的考古学文化—仰韶文化,是首次将中国历史与文明的基础和源头追溯到文献与传说的时代边界之外的实证性材料。
朱司祺[3]（2020）在《中国北方三个遗址出土马属动物（Equus ovodovi）的分子考古学研究》文中认为动物考古学作为一门综合性学科,是我们研究古代动物群体、人类食谱、生态环境、生业模式及社会发展等诸多方面问题的强大助力。它应用多种方法以研究古代动物遗存,其中古DNA在其中扮演了重要角色。古DNA研究作为分子考古学的核心,它能够准确反映生物种群的系统发生与演变规律。它利用分子生物学技术提取古代动物DNA,运用系统发育和群体遗传学的方法分析数据,为我们解释考古学问题插上了科学的翅膀。古DNA的研究紧跟测序技术的发展,分为萌芽期（1984‐1987年）、兴起期（1988‐2005年）和繁盛期（2006年‐至今）三个阶段,每一阶段都有着标志性的研究成果。二代测序技术使古DNA研究进入了全基因组时代,古代动物遗骸的DNA研究也成为了热点。马属动物在人类历史长河中一直扮演着重要的角色,丰富的化石记录在呈现大量灭绝马属物种历史的同时也在不断完善马属动物的系统发育结构。由于环境变迁和人类活动的影响,真马属现仅存马、驴和斑马三个亚属共七种马科家族成员。然而,由于全基因组数据的匮乏,大部分灭绝马属物种能够被获得的信息十分有限。Equus（Sussemionus）ovodovi作为其中一员,在欧亚大陆进化得非常成功,现有线粒体基因组结果显示直至更新世末期（距今约12,770–12,596年）该物种还有其活动的痕迹,但其具体的进化历史、群体关系、灭绝动态以及与现代人类的关系等问题依然未知。中国北方幅员辽阔,为众多考古学文化的发展提供了沃土。黑龙江洪河遗址、陕西木柱柱梁遗址以及宁夏沙塘北塬遗址分别代表了新石器时代各自地区的重要考古学文化类型,其遗址发掘出土的动物骨骼遗骸也为我们进行动物古DNA研究提供了丰富的研究材料。我们从中国北方的这三个考古遗址中找到了57例与现有马属动物拥有不同形态特征的未知马属样本,按照科学的实验方法进行样本采集,样本处理,古DNA提取,文库构建,文库检测、纯化及定量,高通量测序等步骤,并全程进行防污染处理后,从中得到了26例距今约4,400–3,400年的全基因组数据。对于获得的这些数据,我们通过科学的数据处理,在确定数据真实性后,进行了线粒体DNA分析、主成分分析、系统发育分析、Treemix分析、D统计分析、G‐phocs分析、PSMC分析以及杂合度分析,最终得到了马属动物E.（Sussemionus）ovodovi的首个全基因组序列。作为现有记录里已灭绝的马属中最后存在的成员,我们证明了这个谱系在中国存活到全新世时期,最晚年代可追溯至距今约3400年,这比之前发现的最晚化石记录要晚约9200年。通过系统发育树分析,我们确定了Equus ovodovi的分类学定位:作为非马亚属动物,并不处在驴或斑马的分支中,且比驴和斑马更早分化而来。通过G‐phocs分析我们估算了Equus ovodovi的分化时间以及马属动物间的基因交流:Equus ovodovi与现存所有非马亚属动物最近共同祖先的分化时间大约发生在距今270‐230万年之间,并且在此分歧之后、现存的驴和斑马动物出现之前,Equus ovodovi与驴、斑马的各自祖先之间发生了一定程度的混合。通过PSMC分析我们还重建了它的群体历史:Equus ovodovi在距今7.4万左右达到群体规模峰值之后,该群体经历了迅速的缩减,并一直持续到距今约1.3万年前。在这一过程中出现了几次重大的气候变化（特别是末次盛冰期）和人类向欧亚大陆的大规模扩张（距今约4.5‐3.5万年）。最终在中国北方,Equus ovodovi种群持续减少直到灭绝。通过以上的研究,我们充分发挥古DNA在鉴别未知种属时的优势,得到了其他方法难以获得的全面的种群分析结果;而不同于以往主要对家养动物的研究,我们展示了一种对未被驯化动物的考古学研究方法,这为我们解释动物考古学中的一些常见问题提供了新的见解:（1）形态学研究为分子考古学研究提供了参考依据并指明了方向,但因为其无法解决Equus ovodovi种属鉴定的问题,我们通过分子考古学研究,借助科技手段准确获得了结果;而这一结果又反馈给了形态学研究,在找到合适的比对材料后,形态学研究也可以发现一定的鉴识规律并得出了一致的结论。两种研究方法可以相互验证结果,都是动物考古研究中不可或缺的重要手段。（2）环境考古学虽然主要反映古代人类与环境的相互关系,也为我们解读动物的群体历史及灭绝原因提供了十分重要的帮助。当洪河遗址、木柱柱梁遗址及沙塘北塬遗址所处地区在一个气候温和湿润的时期时,草原植被繁茂,是Equus ovodovi相对适宜的生境。而在距今4000年之后,中国北方地区的气候环境相继发生了较大变化。草场退化导致Equus ovodovi的食物锐减,群体在末次冰期后再一次遭受灭顶之灾。（3）人类生业模式对动物群体的影响十分巨大,这不仅体现在驯化动物中,也关系到Equus ovodovi等野生群体的命运。不论是洪河遗址长期大规模的渔猎经济,还是木柱柱梁遗址由农耕经济为主到畜牧经济为主的生业模式转变,都扩大了人类的活动范围,压缩了Equus ovodovi等野生动物的生存空间,使其在之后的短时间内便难觅踪迹。这为当今社会宣传环保理念与加强动物保护观念提供了一个案例。
吴斯豪[4]（2020）在《新疆塔里木盆地南缘铁器时代人群的基因组学研究》文中提出塔里木盆地位于中国新疆南部,四周分别被天山,阿尔金山,昆仑山,以及帕米尔高原环绕,是目前世界上最大的内陆盆地。由于四面环山,阻挡了湿润气流进入塔里木地区,形成了该地域现在干旱少雨的气候面貌。而其西衔帕米尔,东接罗布泊的地理位置特性为加速欧亚大陆东西方文化交流,提供了便利的桥梁。发源于昆仑山区的多条河流在塔里木南缘汇集,最终形成绿洲,使该地区成为孕育人类物质文明和精神文明的摇篮。塔里木南缘主要由和田地区和且末以及若羌县组成。张骞凿空西域之前便是玉石之路的咽喉要道,早在中原青铜时代中晚期（大约1000BC）殷墟内就发现来自和田地区的籽玉。而到了汉朝,丝绸之路的开通使得塔里木南缘进而成为欧亚大陆东西方人群、文化融合的大熔炉。同一时期,以匈奴的西遁作为导火索,在中亚上演的多米诺式的民族大迁移,让该地域的人群结构变得更加扑朔迷离。群体遗传学能够在一定程度上去解释人群的混合和迁移事件,但是通过目前用现代人群基因组来推测古代人群的发展历程又存在许多弊端。为了更清晰的展示古代人群的混合过程,古DNA的研究应运而生。近年来,世界范围内开展了多项古DNA研究来解决复杂的人群结构问题,但研究的对象主要为在欧亚大陆西部人群。目前新疆的古代人群的基因组研究分主要为两个部分—单亲遗传标记（线粒体和Y染色体）以及常染色体遗传分析。由于单亲遗传标记的研究受采样数量和研究方向单一等的限制,很难精准的描述混乱的人群遗传结构,而对于常染色体的研究仅限于天山北部的石人子沟。本文以和田市洛浦县比孜里汉和魏晋两个时期的墓葬作为研究对象,拟在揭示文化多样、人群混杂的塔里木盆地南缘铁器时代人群基因组的遗传结构。通过提取DNA、建库、测序等一系列研究手段共获得7个古代个体的基因组数据。结合单亲遗传标记以及常染色体数据分析,结果表明比孜里铁器时代人群符合欧亚大陆东西方组成成分的混合模型,与同时期中亚游牧人群以及现代中亚民族有着很近的遗传距离。通过计算比孜里古代人群的祖先成分,欧亚西部来源主要有三个,分别为青铜时代晚期草原人群、中亚绿洲农业文明人群、以及类波泰人群成分;欧亚东部的遗传成分来源多样,汉代人群主要为古东亚（AEA）遗传成分,而魏晋时期人群还受到中原人群的遗传贡献。整体分析结果显示,现代塔里木周边地区人群的遗传组成模型很可能在铁器时代初期就已经初步形成,并在随后的时间里受到了更多来自欧亚大陆东部成分的影响。这种复杂的人群流动可能与丝绸之路的贸易往来存在一定关联,而铁器时代草原人群的大迁移事件为这种人群混合提供了更大的推动作用。在丝绸之路开通后,中原人群的持续迁入暗示着,中原对西域的管辖措施在不断地发展和完善。
朱泓,张旭[5]（2019）在《泓涵演迤 博骨辨宗——朱泓先生访谈录》文中认为受《南方文物》委托,中国社会科学院考古研究所张旭对吉林大学边疆考古研究中心朱泓教授进行专访。张旭:朱先生您好,非常感谢您在百忙之中愿意接受此次采访。根据我的了解,您的父母都在吉林大学白求恩医学院工作,而您早年在吉林省卫校学习口腔专业,毕业后留校当了老师。那么,1978年恢复高考后,是什么原因让您放弃了已有的工作,参加了高考?而
宁超[6]（2017）在《中国北方古代人群基因组学研究 ——以新疆下坂地墓地和吉林后套木嘎墓地为例》文中进行了进一步梳理欧亚草原幅员辽阔,西起喀尔巴阡山脉和黑海沿岸,东至蒙古高原,长约8000公里,是横贯欧亚大陆的天然通道。生活在欧亚草原上的诸民族,具有共同的生业形态和相近的习俗,在东西方经济、文化交流等方面曾发挥了不可替代的历史作用。中国北方位于欧亚大草原东南部,地处北方游牧民族和南方农业文明的接壤地带,很多重要的历史事件都发生在这个“舞台”上,北方民族与中原民族的每次接触都大大促进了南北两个人群的交流,对中国历史乃至世界历史都产生了深远影响。因此,研究中国北方古代人群的遗传组成对了解东西方人群与文化的交流以及追溯中华文明的起源都有重要的意义。DNA测序技术以及古DNA处理技术的进步,使得古人类基因组测序成为可能,基因组数据由于包含大量的遗传信息位点,避免了以往古DNA基于单倍型频率分析所造成的偏移,并且能够对人群内部的遗传结构进行分析,从而得到不同人群间的遗传成分,对人群的来源与组成提供更加确凿的证据。欧洲在古人类基因组研究方面做了大量的研究,并且对欧洲不同时期人群的迁徙和扩散以及不同人群间的混合有了非常清楚的认识。中国的古人类基因组研究才刚刚开始,目前我国境内还没有可以利用的古人类基因组数据,相信在不久的将来随着更多中国古人类基因组数据的发表,我们将对中国史前人群的历史有更加清醒的认识。本研究选取中国北方具有人群及地域代表性的两处墓葬----新疆下坂地青铜时期古代人群（西北）和吉林大安后套木嘎中石器至辽金时期古代人群（东北）为研究对象,分别从的线粒体基因组、全基因组范围内常染色体位点捕获（包括Y染色体分型位点）以及全基因组测序三个不同层面进行研究,结合周边现代及古代人群的数据进行分析,为了解中国北方不同时代人群的遗传结构及其与周边地区的文化交流提供基因组学证据。第一,从新疆下坂地墓地青铜时期AII墓葬31个古代个体中成功获得了16个真实可靠的线粒体全序列。这些序列归属于14个不同的单倍型,分别为U4c1a、U1a1c、I1b、H5b、U4a1、H11b、HV、U2e3、H6a1a、U2e1、I4a、R1b、U2e2a4以及T2a1b1。这些单倍型全部来自欧亚大陆西侧并且几乎所有单倍型都能在青铜时期草原人群的线粒体基因库中找到共享,说明下坂地人群是典型的欧亚大陆西部人群,而且可能和草原人群关系密切。基于线粒体单倍型分布频率的主成分分析也同样表明下坂地人群与青铜时期草原人群有非常近的遗传关系。奠基者测试结合线粒体分子钟理论表明下坂地人群迁离其祖先人群的时间为4500年前后。因此,从迁出时间以及线粒体单倍型来源上看,下坂地最有可能来源于青铜时期草原人群（颜那亚文化相关人群）,并且伴随其扩张来到帕米尔地区。另外我们也对下坂地M29个体进行了全基因组范围内常染色体位点捕获,这些位点中也包括Y染色体分型位点。M29个体的Y染色体分型为R1a-Z94,该单倍型的产生时间不早于5000年,并且该单倍型在距今4900-4500年的欧洲个体（63.7%基因来自于欧亚草原的颜那亚人群,36.3%基因来自于新石器中期中欧人群）发现,说明单倍型R1a-Z94起源于欧洲,南亚高频分布的R1a-Z94来自于颜那亚文化相关的草原人群的扩散,这与学术界普遍认可的印度-伊朗语支（Indo-Iranian）从欧亚草原到南亚的快速扩张相契合。常染色体表型分析同样表明下坂地人群最有可能是金发、碧眼以及浅色皮肤的欧洲人,尽管常染色体由于与公用数据库共享位点不足导致其分辨率不高的问题,但从常染色体主成分分析及混合度分析上,我们同样可以看到下坂地人群与现今欧亚草原人群以及青铜时代颜那亚相关人群有非常近的遗传关系。基于以上结果,我们可以基本可以确认下坂地人群来自于青铜时代草原人群,其迁徙的动力可能与印度-伊朗语支的快速扩张相关。第二,从吉林大安后套木嘎遗址中石器至铁器时代104例样本中成功获得了20个样本的全基因组数据,其中中石器时代样本的测序深度为34X,为后续的古DNA研究提供了高质量的参考基因组。从20例个体的基因组中我们成功获得了10个个体的线粒体单倍型信息,分别为D4h1、D4b1b2、D4e5a、A、M5a2a3、B4c1a2、C4a2、F1a1c以及G2a1,这些单倍型都是中古北方常见单倍型。全基因组主成分分析结果显示后套木嘎不同时期的人群内部以及与同一地理区域的现代人群（如鄂伦春和赫哲）能够很好的聚类,说明自中石器时代起,嫩江流域人群的基因结构并没有发生大的变化,人群表现出非常强的遗传连续性。为了进一步验证嫩江流域不同时间梯度人群的基因联系,我们应用f3-statistics对人群的基因流动进行检测,与主成分分析的结果一致,嫩江流域古代与现代人群表现出很强的基因流。由于f3-statistics很容易受到人群瓶颈效应的影响,我们对其进行了f4-statistics分析,Z-score的绝对值远小于3,表明从中石器时代至今,嫩江流域不同时期人群结构并没有发生明显改变。人群混合度分析（Admixture）显示从中石器时期至今,整个嫩江流域人群的基因结构非常相似,后套木嘎中石器时代个体检测到低频的现代俄罗斯远东人群的遗传成分,而在新石器至早期铁器时代的样本中均没有发现,说明该遗传成分来自于中石器以前与远东地区祖先人群的混合,而在后期由于没有继续发生混合,因此该成分在基因漂变的作用下逐渐消失。尽管嫩江流域紧邻辽河地区,该地区自新石器时期以来人群以及生业模式经历了多次替换,加之南方农业人群向北方的大规模扩张,然而嫩江流域人群自中石器至今一直保持着高度的遗传联系性。一方面原因是可能由于其独特的地理位置导致该区域相对较为封闭,加之干燥少雨的环境不适合游牧及农业的发展。另一方面,该区域丰富的渔业以及林业资源为当地人狩猎-采集-渔猎的生活方式提供了丰富的食物来源。中国北方地域广阔,所处的自然地理环境决定了中国北方人群在其来源与组成上差异显着,中国西北人群,特别是新疆地区与青铜时期欧亚草原人群以及中亚人群的联系更加紧密。中国东北,嫩江流域自11000年以来人群遗传结构表现出高度的区域连续性,没有经历外来基因的流入以及人群的替换。
赵东月[7]（2016）在《汉民族的起源与形成—体质人类学的新视角》文中研究说明对于汉民族的起源与形成的研究,已有近百年的历史。以往学者多从历史学、民族学的角度,从文化属性方面对汉民族的形成进行探讨,将汉民族的前身追溯到华夏族,然而对于更早的历史,则由于材料所限多力有不逮。本文拟从体质人类学的角度出发,在现有体质人类学、考古学、分子生物学等资料的基础上,采用古人种学的方法与理论,对汉民族的起源和形成过程进行探索。全文共分为6章。第1章,绪论。首先梳理了汉语中“民族”一词的源流及其内涵的变迁,回顾了汉民族形成问题的研究历史,阐述了本文的研究目的和研究方法。第2章,现代汉族的体质特征。对现代汉族体质特点的研究是探讨汉民族起源和形成的基础,本章主要拟解决两个问题:一、现代汉族的体质特征如何,是否具有同一性;二、时间比较晚近的明清时期的汉族,在体质上有什么特点,与现代汉族是否具有一致性。第3章,史前时期居民体质特征及其演变。本章主要在旧石器时代晚期至新石器时代晚期人骨资料的基础上,在先秦时期古人种类型的框架下,通过与现代汉族居民体质特征的对比分析,找寻现代汉族体质特征形成的起点和来源。第4章,青铜-早期铁器时代居民体质特征的变迁。现代汉族的起源可以追溯到新石器时代,但是新石器时代居民与现代汉族在体质特征上还有较远的距离,青铜-早期铁器时代居民与现代汉族开始有了直接的联系。本章主要通过对青铜-早期铁器时代居民体质特征的变化和人群的迁徙、互动,探讨现代汉族居民的初始形成过程。第5章,秦汉-宋元时期居民体质特征的变迁。本章主要对秦汉-宋元时期居民体质特征的演变和人群的移动进行了分析,大规模人口的频繁迁移是现代汉族形成的重要条件。“汉族”作为民族称谓在汉朝建立后出现,但现代汉族的体质特征并没有随之立刻形成,直到宋代,现代北方汉族的体质特征才基本形成。第6章,结语。对全文的内容进行了概括和总结。
栾伊婷[8]（2016）在《后套木嘎遗址古代牛的分子考古学研究》文中指出后套木嘎遗址位于吉林省大安市,20112014年吉林大学边疆考古研究中心和吉林省文物考古研究所联合对后套木嘎遗址进行了大规模的考古发掘,初步构建了嫩江流域新石器时代早期至汉代的考古学文化的编年与序列。该遗址出土遗存大致可以分为七期,其中第三期是“后套木嘎第三期类型”遗存,年代为距今6500—5600年左右;第四期属于哈民忙哈文化遗存,年代为距今5500-5000年,相当于红山文化晚期。本文选取了第三、第四两期出土的34例古代牛样本,对其进行了分子考古学研究,主要内容分为以下几点:第一,对34例古代牛样本进行前期处理、打磨、抽提、PCR等实验操作,成功从中提取出24例mt DNA序列。整个实验过程严格按照古DNA实验流程操作,尽可能杜绝一切外源污染和样本交叉污染,以保证得到的古DNA序列真实有效。第二,根据变异位点将24例序列分为9个单倍型:BP1-BP9,对其进行BLAST共享序列搜索、系统发育分析和遗传距离计算的结果显示,后套木噶第四期的HT31样本属于家养黄牛中的T3世系,这是我国东北地区目前发现最早的家养黄牛,距今5000年左右。其余23例古代牛为原始牛中的C世系,现代家养黄牛中未发现C世系存在,表明这一世系可能并没有被人类驯化,其母系遗传对现代黄牛没有基因贡献。第三,将古DNA结果与后套木嘎遗址中出土的动物骨骼沟的研究情况结合分析,表明当时自然环境优越、野生动物资源丰富、人类捕猎技术十分成熟,因而肉食资源十分丰富,正因如此后套木嘎古代野牛未被驯化。第四,后套木嘎遗址第四期遗址中发现距今5000年左右的家养黄牛,与西北地区发现的最早家养黄牛时间相近,这暗示黄牛可能通过两条路线进入中国,一条是通过新疆-河西走廊向东传播,另一条是经由欧亚草原-东北亚,传入我国北方地区。
王亚丽[9]（2013）在《以古代出水腐肉为例初步探讨古DNA的研究》文中研究说明古DNA在考古学研究中具有广泛的应用,现在已经成功地从骨骼、毛发、牙齿甚至粪石等古代遗存中提取古DNA进行相关的研究,但古DNA由于易受外源基因的污染影响,仍然存在许多的限制。为了对"南澳Ⅰ号"古沉船出水的古代腐肉样品进行分类鉴定,为考古分析提供更多的理论依据,本研究利用通用引物18S rDNA及动物组织线粒体（mtDNA 16S rDNA）采用梯度PCR方法对古代腐肉样品进行初步的扩增分析,扩增产物分别为500bp和400bp的条带,但对条带测序的结果不理想。经分析可能是样品饱水的特殊性易受外界环境污染,影响古DNA的提取及扩增,因此对于出水样品古DNA的研究需要更深入的试验设计。本项目通过对出水古代腐肉古DNA的研究方法及结果的探讨,将为以后更多的出水遗存材料的古DNA研究提供借鉴。
申万祥,姚默,赵兵,崔超,巩江,倪士峰[10]（2012）在《生物考古中的DNA分析技术概况》文中研究指明在广泛文献检索基础上,对生物考古中的古DNA提取、污染鉴别、防止降解、PCR扩增分析、测序等方面的技术做了简要概述,并对其未来进行了展望,以期推动古DNA分析技术的完善和创新。
二、古DNA研究与分子考古学（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、古DNA研究与分子考古学（论文提纲范文）
（1）文理交叉背景下分子生物学虚拟仿真实验项目建设（论文提纲范文）
| 1 虚拟仿真实验对学生操作技能形成的促进作用 |
| 1.1 虚拟仿真实验可以实现操作定向阶段的学习目标 |
| 1.2 虚拟仿真实验可以实现操作模仿阶段的部分学习目标 |
| 2 分子生物学虚拟仿真实验项目的设计与制作 |
| 2.1 分子生物学虚拟仿真实验项目的选题 |
| 2.2 项目定位与教学目标设计 |
| 2.3 项目的内容设计 |
| 3 分子生物学虚拟仿真实验项目的教学应用 |
| 3.1 “线上线下”混合式教学 |
| 3.2 学习效果综合评价 |
| 4 结语 |
（3）中国北方三个遗址出土马属动物（Equus ovodovi）的分子考古学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 骨骼形态学研究 |
| 1.1.2 稳定同位素研究 |
| 1.1.3 分子考古学研究 |
| 1.1.4 其他研究方法 |
| 1.2 古DNA研究概述 |
| 1.2.1 古DNA研究历史 |
| 1.2.2 古DNA研究方法 |
| 1.2.3 古代动物DNA研究 |
| 1.3 马属动物研究概述 |
| 1.3.1 马属动物群体历史 |
| 1.3.2 Equus ovodovi的研究现状 |
| 1.3.3 立题依据 |
| 第2章 材料与实验方法 |
| 2.1 遗址简介 |
| 2.1.1 黑龙江洪河遗址 |
| 2.1.2 陕西木柱柱梁遗址 |
| 2.1.3 宁夏沙塘北塬遗址 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 样本采集 |
| 2.2.2 实验试剂和仪器 |
| 2.2.3 样本处理及年代鉴定 |
| 2.2.4 古DNA提取 |
| 2.2.5 古DNA文库构建 |
| 2.2.6 文库检测、纯化及定量 |
| 2.2.7 高通量测序 |
| 2.2.8 实验结果真实性 |
| 第3章 古DNA分析 |
| 3.1 古基因组信息 |
| 3.2 数据分析方法 |
| 3.2.1 数据处理 |
| 3.2.2 线粒体DNA分析 |
| 3.2.3 主成分分析 |
| 3.2.4 系统发育分析 |
| 3.2.5 Treemix分析 |
| 3.2.6 D统计分析 |
| 3.2.7 G-Pho CS分析 |
| 3.2.8 PSMC分析 |
| 3.2.9 杂合度分析 |
| 3.3 分析结果 |
| 3.3.1 Equus ovodovi的分类学定位 |
| 3.3.2 马属动物间的基因交流 |
| 3.3.3 Equus ovodovi的群体历史及灭绝因素 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 形态学研究与分子考古学的关系 |
| 4.2 环境考古学对解读动物群体的意义 |
| 4.3 人类生业模式对动物群体的影响 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在学期间攻读成果 |
| 致谢 |
（4）新疆塔里木盆地南缘铁器时代人群的基因组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 塔里木盆地自然背景 |
| 1.1.1 地质特征 |
| 1.1.2 自然气候 |
| 1.2 塔里木盆地及周边地区的考古研究 |
| 1.2.1 青铜时代早期 |
| 1.2.2 青铜时代中晚期 |
| 1.2.3 铁器时代 |
| 1.3 分子考古学研究进展 |
| 1.3.1 古DNA研究开端 |
| 1.3.2 二代测序在古DNA中的研究应用 |
| 1.3.3 古DNA近年来研究进展 |
| 1.4 立题依据 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 样本测序前处理 |
| 2.2.1 样本打磨与孵育 |
| 2.2.2 DNA抽提 |
| 2.2.3 DNA建库与浓度判断 |
| 2.3 二代测序数据分析 |
| 2.3.1 下机数据的前处理 |
| 2.3.2 个体性别判断 |
| 2.3.3 数据污染率的判断 |
| 2.3.4 个体间亲缘关系判断 |
| 2.3.5 单亲标记分析 |
| 2.3.6 主成分分析(PCA) |
| 2.3.7 群体分化指数分析 |
| 2.3.8 F3分析 |
| 2.3.9 F4检验 |
| 2.3.10 Admixture |
| 2.3.11 计算人群的混合时间软件(Rolloff、Dates、Alder) |
| 2.3.12 Treemix |
| 2.3.13 qpAdm |
| 第3章 新疆塔里木南缘比孜里墓葬人群的分子遗传学分析结果 |
| 3.1 遗址背景介绍 |
| 3.2 样本数据基本信息 |
| 3.3 数据整合 |
| 3.4 单亲遗传标记分析结果 |
| 3.4.1 线粒体母系遗传研究 |
| 3.4.2 Y染色体父系遗传结果研究 |
| 3.5 核基因组遗传分析 |
| 3.5.1 人群祖先成分分析 |
| 3.5.2 人群混合时间分析 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 比孜里人群是欧亚大陆东西方混合人群 |
| 4.1.1 单亲遗传标记的结果分布 |
| 4.1.2 核基因组数据的结果讨论 |
| 4.2 比孜里人群西部祖先成分来源讨论 |
| 4.3 比孜里人群的东方成分讨论 |
| 4.3.1 HLB人群的欧亚东部遗传成分 |
| 4.4 比孜里人群与周围相关人群的关系和比较 |
| 4.4.1 与古代人群遗传结构的比较 |
| 4.4.2 与现代人群遗传结构的比较 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（5）泓涵演迤 博骨辨宗——朱泓先生访谈录（论文提纲范文）
| 一、人类骨骼考古学 |
| 二、分子生物学 |
| 三、三维人像复原技术 |
| 四、生物考古学 |
| 五、考古学 |
| 朱泓先生学术成果: |
| (一)学术着作和论文 |
| 1、独着专着2部: |
| 2、主编教材1部: |
| 3、主编论文集2部: |
| 4、担任学术辑刊主编: |
| 5、发表文章: |
| (二)人才培养 |
| 主要学术贡献: |
| 获奖情况: |
（6）中国北方古代人群基因组学研究 ——以新疆下坂地墓地和吉林后套木嘎墓地为例（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 分子考古学的研究对象 |
| 1.1.1 蛋白质 |
| 1.1.2 DNA |
| 1.2 分子考古学的研究技术 |
| 1.2.1 古DNA采样的选择 |
| 1.2.2 古DNA提取技术 |
| 1.2.3 古DNA的扩增和测序技术 |
| 1.2.4 古基因组学研究技术 |
| 1.3 分子考古学的研究进展 |
| 1.3.1 分子考古学发展历程 |
| 1.3.2 基于新一代测序技术的古基因组学研究进展 |
| 1.4 中国北方史前人群的分子考古学研究 |
| 1.4.1 中国北方的地理位置以及与北部欧亚大陆的关系 |
| 1.4.2 已有的研究成果 |
| 1.4.3 目前研究的不足之处及运用基因组学的必要性 |
| 1.5 立题依据 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 样本信息 |
| 2.2.1 新疆下坂地墓地历史背景 |
| 2.2.2 吉林大安后套木嘎墓地历史背景 |
| 2.3 实验试剂和耗材 |
| 2.4 实验方法 |
| 2.4.1 污染防治 |
| 2.4.2 古代样本的处理 |
| 2.4.3 DNA的提取 |
| 2.4.4 PCR扩增 |
| 2.4.5 性别鉴定： |
| 2.4.6 目标片段回收 |
| 2.4.7 DNA序列测定 |
| 2.4.8 构建DNA文库 |
| 2.4.9 建库后样本检验 |
| 2.4.10 目标序列的捕获 |
| 2.4.11 Illumina平台进行高通量测序 |
| 2.5 测序后原始数据处理 |
| 2.6 系统发育分析 |
| 第3章 新疆下坂地墓地青铜时期古代人群的分子遗传学分析 |
| 3.1 古代个体线粒体基因组实验结果与分析 |
| 3.1.1 结果真实性分析 |
| 3.1.2 线粒体全序列分型 |
| 3.1.3 古代人群的奠基者效应检验 |
| 3.1.4 下坂地人群各单倍型时间节点的估算 |
| 3.1.5 主成分分析 |
| 3.2 下板地古代个体M29的全基因组范围目标捕获的结果分析 |
| 3.2.1 结果真实性分析 |
| 3.2.2 全基因组范围目标捕获的测序结果 |
| 3.2.3 Y染色体目标捕获结果与单倍型类群分型 |
| 3.2.4 常染色体捕获数据分析 |
| 3.2.5 主成分分析 |
| 3.2.6 古代个体的遗传混合度分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 吉林后套木嘎遗址中石器至西汉时期人群的分子遗传学分析 |
| 4.1 结果与分析 |
| 4.1.1 数据基本信息 |
| 4.1.2 主成分分析 |
| 4.1.3 f4-statistics分析 |
| 4.1.4 f3-statistics分析 |
| 4.1.5 后套木嘎古代人群的Admixture分析 |
| 4.2 讨论 |
| 4.3 小结 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录 1. 欧亚大陆古代人群的线粒体单倍型频率分布 |
| 附录 2. Y染色体R1a-Z93进化树 |
| 附录 3. 本研究涉及欧亚大陆不同人群的地理位置 |
| 附录 4. 后套木嘎人群与欧亚大陆不同人群的f4-statistics分析 |
| 攻读博士学位期间获得的科研成果 |
| 致谢 |
（7）汉民族的起源与形成—体质人类学的新视角（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 民族的概念及其变迁 |
| 1.1.1 汉语中“民族”一词的源流 |
| 1.1.2 民族的概念及其变迁 |
| 1.1.3 族群与民族 |
| 1.2 汉民族形成的研究历史 |
| 1.2.1 19世纪末20世纪初的中国文化（民族）西来说 |
| 1.2.2 20世纪上半叶中后期对汉民族形成问题的研究 |
| 1.2.3 20世纪下半叶对汉民族形成问题的研究 |
| 1.2.4 2000年至今：新的发展阶段 |
| 1.3 本文的研究目的与方法 |
| 第2章 现代汉族的体质特征 |
| 2.1 从颅骨的观察与测量看现代汉族的体质特征 |
| 2.1.1 数据及来源 |
| 2.1.2 与现代亚洲蒙古人种各类型的比较 |
| 2.1.3 现代汉族颅骨测量数据的比较研究 |
| 2.2 从活体观察与测量看现代汉族的体质特征 |
| 2.2.1 数据及来源 |
| 2.2.2 我国汉族居民的头面部形态观察 |
| 2.2.3 我国汉族居民的活体测量特征 |
| 2.3 明清时期汉族体质特征的研究 |
| 2.3.1 数据及来源 |
| 2.3.2 与亚洲蒙古人种的比较 |
| 2.3.3 与现代汉族的比较 |
| 小结 |
| 第3章 史前时期居民体质特征及其演变——现代汉族的起源 |
| 3.1 旧石器时代居民的人种特征 |
| 3.1.1 古人种学 |
| 3.1.2 我国旧石器时代的人种特征 |
| 3.2 新石器时代居民的古人种类型 |
| 3.2.1 古人种类型的划分 |
| 3.2.2 我国新石器时代古人种类型分布 |
| 3.3 新石器时代古人种类型与现代汉族体质特征比较 |
| 3.3.1 数据及来源 |
| 3.3.2 史前时期古代居民及现代汉族居民体质特征的比较 |
| 3.3.3 古中原类型与现代汉族的发源 |
| 小结 |
| 第4章 青铜—早期铁器时代居民体质特征的变迁——汉民族的初始形成过程 |
| 4.1 青铜-早期铁器时代人群的地理分布 |
| 4.2 青铜-早期铁器时代居民与现代汉族体质特征的比较 |
| 4.2.1 数据与来源 |
| 4.2.2 青铜-早期铁器时代居民与现代汉族居民及新石器时代居民体质特征的比较 |
| 4.3 青铜-早期铁器器时代人群的交流与汉民族的形成 |
| 4.3.1 古中原类型居民向周边地区的扩张 |
| 4.3.2 古中原类型居民对周边居民的吸纳 |
| 4.3.3 边疆地区居民的互动 |
| 小结 |
| 第5章 秦汉-宋元时期古代居民体质特征的变迁——汉民族的基本形成与发展 |
| 5.1 秦汉至明清时期古代人群的发现与分布 |
| 5.2 秦汉-宋元时期古代居民与现代汉族的比较研究 |
| 5.2.1 数据与来源 |
| 5.2.2 比较与分析 |
| 5.2.3 现代汉族体质特征的基本形成 |
| 5.3 秦汉-宋元时期人群的迁移 |
| 5.3.1 欧罗巴人种的东进 |
| 5.3.2 秦汉时期移民 |
| 5.3.3 汉晋之后北方人群的南迁 |
| 小结 |
| 第6章 结语 |
| 参考文献 |
| 附表 1 |
| 附表 2 |
| 附表 3 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 攻读博士学位期间所获奖项 |
（8）后套木嘎遗址古代牛的分子考古学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 古代家养动物驯化的研究 |
| 1.1.1 家养动物驯化的过程 |
| 1.1.2 家养动物起源的研究 |
| 1.1.3 家养动物起源研究的意义 |
| 1.2 古代黄牛起源的分子考古学研究 |
| 1.3 中国古代野牛的研究现状 |
| 1.4 本文立题依据 |
| 1.4.1 后套木嘎遗址背景介绍 |
| 1.4.2 本文研究的目的和意义 |
| 第2章 材料和方法 |
| 2.1 样本采集信息 |
| 2.2 实验试剂与仪器 |
| 2.2.1 实验使用试剂及试剂盒 |
| 2.2.2 实验使用仪器 |
| 2.2.3 实验常用溶液配制 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 样本处理 |
| 2.3.2 钻骨粉 |
| 2.3.3 古DNA抽提 |
| 2.3.4 PCR扩增和产物检测 |
| 2.3.5 古DNA片段回收和纯化 |
| 2.3.6 DNA测序 |
| 2.3.7 防污染措施 |
| 2.3.8 实验结果真实性 |
| 2.3.9 数据分析 |
| 第3章 后套木嘎遗址古代黄牛MTDNA数据分析 |
| 3.1 共享单倍型搜索及多态性分析 |
| 3.2 系统发育树分析 |
| 3.3 群体遗传距离分析 |
| 3.4 中介网络图分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 关于后套木嘎古代牛的讨论 |
| 4.1 后套古代牛与当时的人类活动 |
| 4.2 从后套古代牛看我国古代黄牛驯化问题 |
| 4.2.1 新疆-河西走廊-中原 |
| 4.2.2 欧亚草原-东北亚-中原 |
| 第5章 结论 |
| 注释 |
| 附录 |
| 攻读研究生期间参与的项目及发表文献 |
| 致谢 |
（9）以古代出水腐肉为例初步探讨古DNA的研究（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 样品的处理及DNA提取 |
| 1.4 引物设计 |
| 1.5 PCR反应体系 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 检测结果 |
| 2.2 原因分析 |
| 3 结论与讨论 |
（10）生物考古中的DNA分析技术概况（论文提纲范文）
| 1 简介 |
| 1.1 生物考古与分子考古学 |
| 1.2 古DNA的应用及存在问题 |
| 2 古DNA样品的保存状况分析 |
| 2.1 间接分析 |
| 2.2 直接分析 |
| 3 古DNA的提取技术 |
| 3.1 Chelex-100法 |
| 3.2 传统的酚/氯仿提取法 |
| 3.3 二氧化硅法 |
| 3.4 商业试剂盒法 |
| 4 古DNA扩增与各类PCR技术 |
| 4.1 古DNA的扩增与挑战 |
| 4.2 生物考古常用PCR扩增技术 |
| 4.2.1 乳化PCR (em-PCR) : |
| 4.2.2 巢式PCR (NESTPCR) : |
| 4.2.3 多重PCR: |
| 4.3 引物延伸捕获 |
| 5 古DNA的测序技术 |
| 5.1 焦磷酸测序法 |
| 5.2 Solexa合成测序法 |
| 5.3 SOLiD测序法 |
| 6 小结及展望 |
四、古DNA研究与分子考古学（论文参考文献）
- [1]文理交叉背景下分子生物学虚拟仿真实验项目建设[J]. 汤海峰,李佳伟,刘艳,吴斯豪,范林圆,滕利荣,崔银秋. 生物学杂志, 2021(05)
- [2]科技助力考古学——中国考古学百年纪念[J]. 王明辉,贾笑冰,李新伟,彭小军,叶晓红,翟少冬,陈相龙,李志鹏,吕鹏,黄益飞,刘煜,赵春燕,岳洪彬,赵欣,王树芝,刘建国,叶茂林,何毓灵,韩建华. 科学世界, 2021(10)
- [3]中国北方三个遗址出土马属动物（Equus ovodovi）的分子考古学研究[D]. 朱司祺. 吉林大学, 2020(03)
- [4]新疆塔里木盆地南缘铁器时代人群的基因组学研究[D]. 吴斯豪. 吉林大学, 2020(08)
- [5]泓涵演迤 博骨辨宗——朱泓先生访谈录[J]. 朱泓,张旭. 南方文物, 2019(02)
- [6]中国北方古代人群基因组学研究 ——以新疆下坂地墓地和吉林后套木嘎墓地为例[D]. 宁超. 吉林大学, 2017(09)
- [7]汉民族的起源与形成—体质人类学的新视角[D]. 赵东月. 吉林大学, 2016(08)
- [8]后套木嘎遗址古代牛的分子考古学研究[D]. 栾伊婷. 吉林大学, 2016(10)
- [9]以古代出水腐肉为例初步探讨古DNA的研究[J]. 王亚丽. 中国农学通报, 2013(24)
- [10]生物考古中的DNA分析技术概况[J]. 申万祥,姚默,赵兵,崔超,巩江,倪士峰. 畜牧与饲料科学, 2012(02)