一、荧光原位杂交及其在禽类遗传学中的应用（论文文献综述）
杜少帅[1]（2020）在《普通小麦-滨麦衍生系M13063A-1和M13086A的分子细胞遗传学鉴定》文中认为长时间的人工选择和驯化,使得现代小麦栽培种的遗传多样性变得狭窄,限制了普通小麦改良和育种。研究表明,远缘杂交是拓宽小麦遗传多样性的主要渠道之一。滨麦（Leymus mollis）是普通小麦三级基因源,通过远缘杂交可以将滨麦优异基因转移到普通小麦背景中。本研究使用分子细胞遗传学方法对小麦-滨麦衍生后代M13063A-1和M13086A进行了鉴定。（1）M13063A-1的鉴定和分析细胞学观察结果表明,M13063A-1在有丝分裂中期含有44条染色体,在减数分裂中期Ⅰ含有22个二价体,且同源染色体在减数分裂后期Ⅰ可以均等分离到细胞两极。原位杂交揭示,M13063A-1含有42条普通小麦染色体和1对易位染色体,42条普通小麦染色体是完整的小麦染色体组,易位染色体长臂来自滨麦Ns基因组,易位染色体短臂是小麦的6BS。分子标记分析发现,1个PLUG引物、3个EST引物和2个SSR引物在滨麦和M13063A-1中扩增出了明显的特异性条带,6个引物都定位在普通小麦第六部分同源群,其中4个引物定位于第六部分同源群染色体短臂,结合基因组原位杂交结果,说明M13063A-1携带的滨麦染色体片段是6Ns S。在农艺性状方面,M13063A-1的株高极显着低于亲本7182,穗长极显着短于亲本7182,其它性状无较大差别。在成株期,M13063A-1抗条锈菌生理小种条中31和条中32。因此,M13063A-1是普通小麦-滨麦6BS·6Ns S附加易位系,可以在创制普通小麦新种质、普通小麦育种和改良中发挥作用。（2）M13086A的鉴定和分析细胞学观察结果表明,M13086A的染色体组成为2n=46=23Ⅱ,同源染色体在减数分裂后期Ⅰ可以均等分离到细胞两极,说明M13086A在细胞学上可以稳定遗传。以滨麦基因组DNA为探针在有丝分裂中期进行基因组原位杂交,发现M13086A含有42条普通小麦染色体和4条外源染色体;以滨麦基因组DNA为探针在减数分裂中期Ⅰ进行基因组原位杂交,发现4条外源染色体配对为两个二价体,进一步验证了M13086A的遗传稳定性。用寡核苷酸探针Oligo-p Ta535、Oligo-p Sc119.2进行荧光原位杂交,结果表明42条普通小麦染色体是完整的小麦染色体组;将两对外源染色体的信号模式和前人的研究结果进行对比,发现两对外源染色体分别是滨麦6Ns和7Ns染色体。抗病性鉴定结果表明,M13086A在成株期抗条锈菌生理小种条中31和条中32,且具有白粉病抗性。因此,M13086A是一个附加了滨麦6Ns和7Ns染色体的双重异附加系,在小麦育种中具有应用价值。
朱银杏[2]（2020）在《人源TRA2A调控流感病毒宿主适应性的机制研究》文中研究说明禽类是A型流感病毒（Influenza A virus,IAV）的自然宿主,其携带的流感病毒时常能跨种传播而感染哺乳动物,但很少能建立持续的感染。当流感病毒累计到足够多的适应性突变或者置换,且首次在人体中感染,才有可能造成流感大流行,如1918、1957、1968、1977和2009年的流感大流行。目前,普遍认为禽流感病毒HA受体结合区突变和聚合酶PB2 627K的突变是禽流感病毒适应哺乳动物的关键突变,宿主因子ANP32A是限制禽流感病毒传播到哺乳动物的一个关键因素。然而造成跨种传播的机制未完全解开。本研究从剪接的角度揭示了一个人的宿主因子TRA2A（transformer 2 alpha）调控流感病毒宿主适应性的具体机制。具体内容如下:1.TRA2A和v RNP相互作用CoIP和Western blot试验表明TRA2A和流感病毒的v RNP复合物（viral ribonucleoprotein complex）存在相互作用。进一步的间接免疫荧光（IFA）和原位杂交（FISH）试验发现病毒的v RNA和NP与TRA2A在细胞核内共定位。随后,coIP试验证实TRA2A和v RNP中的PB2、NP亚基相互作用,同时发现它们共定位于细胞核,表明TRA2A和v RNP在细胞核内的相互作用是通过与PB2和NP亚基的相互作用实现的。2.TRA2A正调控人流感病毒的复制,而负调控禽流感病毒的复制基于TRA2A和v RNP相互作用,我们推测TRA2A参与了病毒的生命周期。随后探究过表达和沉默TRA2A对人流感PR8和禽流感YS病毒复制的影响。结果表明A549细胞上过表达TRA2A并感染流感病毒,在感染后24、36小时促进人流感病毒复制,但抑制禽流感病毒复制;沉默TRA2A则显示完全相反的结果。3.TRA2A调控人流感病毒和禽流感病毒不同基因编码的m RNA的剪接在流感病毒感染早期阶段,沉默TRA2A明显地降低人流感病毒蛋白的表达水平,但是显着地增加禽流感病毒蛋白的表达水平。有趣的是我们发现沉默TRA2A,禽流感病毒蛋白YS-M2/M1的比值显着提高,而人流感病毒PR8-NEP/NS1的比值也显着提高,但是YS-NEP/NS1和PR8-M2/M1的比率没有改变,说明TRA2A极有可能抑制YS-M和PR8-NS m RNA的剪接。通过在A549和U251细胞上沉默TRA2A后感染流感病毒并分析病毒的m RNA水平,结果显示TRA2A确实抑制了YS-M和PR8-NS的剪接,但不影响YS-NS和PR8-M的剪接。4.TRA2A结合人流感病毒和禽流感病毒不同的m RNA我们推测TRA2A是通过与病毒m RNA结合,从而调控其剪接。RNA pull-down试验证实TRA2A可以结合流感病毒m RNA上的内含子沉默子（intronic splicing silencer,ISS）基序,其结合的区域分别位于人流感病毒的PR8-NS片段233-242区域和禽流感病毒的YS-M片段333-343区域,但PR8-M和YS-NS m RNA上不存在ISS基序。突变PR8-NS和YS-M的ISS基序则明显地减少TRA2A的结合,说明TRA2A可能是通过和ISS结合从而抑制m RNA的剪接。5.M片段ISS区域334位点的突变改变病毒剪接、复制和致病性比对禽流感病毒和人流感病毒M1的ISS区,尽管其核苷酸序列不同,但其氨基酸序列相同,应用流感病毒反向遗传操作技术拯救M-334位点突变病毒。研究结果显示,和野生型PR8病毒相比,获得ISS基序突变病毒PR8-M-334G的复制降低,其M m RNA的剪接也受到抑制,RIP试验也表明该病毒M m RNA结合TRA2A的能力增加。而失去ISS基序突变病毒YS-M-334C和野生型病毒相比复制能力变强,其M m RNA的剪接增强,与TRA2A的结合能力减弱。同时,小鼠致病性结果表明PR8突变病毒致病性减弱,YS突变病毒致病性增强。抑制M剪接会导致产生更少的M2,M2和病毒的出芽密切相关,结果显示不管是沉默TRA2A还是突变病毒,都会显着地改变病毒的出芽。6.NS片段ISS区域234和236位点突变改变病毒的剪接和复制本研究也拯救了NS-234/236位点突变病毒,研究结果显示,发现失去ISS基序突变病毒PR8-NS-234/236G复制能力变弱,其NS m RNA剪接增强;然而获得ISS基序突变病毒YS-NS-234/236A的复制也减弱,但其NS m RNA剪接减弱。由于NS剪接增强产生更多的NEP蛋白,我们研究了NEP蛋白对病毒聚合酶活性的影响,发现人流感NEP呈剂量依赖性地抑制其聚合酶活性,而禽流感NEP促进禽流感病毒聚合酶活性。7.TRA2A调控病毒RNA剪接为了进一步确定RNA剪接的不同是由于TRA2A调控引起,而不是TRA2A影响了病毒复制而引起剪接不同,我们研究了TRA2A对M及NS ISS突变病毒的影响,发现影响并不明显。说明TRA2A是通过调控剪接影响病毒复制和致病性的。本研究揭示了人的宿主因子TRA2A通过结合流感病毒m RNA的ISS,抑制禽流感病毒M m RNA和人流感病毒NS m RNA的剪接,从而抑制流感病毒的复制和致病性以及促进人流感病毒复制和致病性的具体机制,为禽流感病毒跨种传播提供了新的视角。
孙美萍[3]（2020）在《利用Multi-color FISH建立羊草染色体辨认体系》文中认为羊草Leymus chinensis（Trin.）Tzvel是我国境内重要的牧草资源,被称作禾本科牧草之王。羊草不仅具有重要的经济价值和生态价值,而且作为普通小麦的三级基因库与天然进化的多倍体,也具有很高的学术价值。然而,对羊草的细胞遗传学研究和基因组层面的解析却相对落后,其基本基因组组成、基因组结构、物理图谱、系统进化等重要生物学信息非常有限,严重阻碍了生产中对羊草资源的评价、保护与利用。植物染色体辨认技术是植物细胞遗传学中重要的技术方法,特别是在未实现全基因组测序的物种中,可以促进物种基因组结构、系统发育以及染色体行为的研究,在植物基因组学研究中发挥着独特而重要的作用。本研究以羊草为材料,通过低覆盖率测序、生物信息学分析、多色多次FISH、单拷贝序列FISH等技术手段,建立了羊草染色体精确辨认体系,实现了羊草染色体辨认图与小麦遗传连锁图的关联,并对不同地域来源的羊草进行了核型比较。本研究增进了对羊草基因组结构的了解,统一了羊草染色体的命名,建立起的羊草现代细胞遗传学染色体精确辨认体系为进一步研究羊草及其近缘种的系统进化关系提供了研究工具。主要研究结果如下:（1）利用低覆盖率测序技术获得羊草0.3倍基因组序列数据信息,筛选出羊草串联重复序列CL6、CL95、CL121、CL151、CL162、CL239以及羊草5S rDNA、18S rDNA、26S rDNA的序列信息,开发了羊草染色体标记探针。（2）利用上述染色体标记探针结合多色多次荧光原位杂交技术（Multi-color FISH）,筛选出一套能够辨认羊草28条染色体的重复序列标记探针组合,实现了羊草全套染色体的一次性准确识别。（3）根据小麦与羊草的同源性和基因同线性原理,利用六倍体小麦（AABBDD）基因组序列信息筛选小麦每条染色体的单基因标记探针,利用小麦染色体特异的单基因标记探针找出羊草部分同源染色体,建立了羊草染色体和小麦遗传连锁群的关联,实现了羊草染色体辨认图与小麦遗传连锁图谱的统一,统一了羊草染色体的命名。并结合染色体识别技术,建立了羊草28条染色体的一次性精确辨认体系。（4）将羊草染色体辨认体系应用于比较基因组学,本研究进行了不同地域来源羊草的染色体核型分析,发现部分重复序列在羊草的基因组上表现保守,但4个株系的核型均不完全相同,表明不同地域来源的羊草染色体分化较大。
王也[4]（2019）在《家禽遗传大数据分析流程构建及人工选择作用分析》文中认为基因组时代的开启为育种技术带来了革命性的技术突破以及新的发展机遇,但如何将基因组技术应用到动物育种仍然需要大量的探索和创造。当前基因组技术在育种领域应用的主要挑战包括缺乏稳定、高效的数据分析流程来处理庞大的群体基因组数据,缺少专业的数据库平台来对领域内的已有数据进行集中管理;另外,过去大部分家禽基因组研究仅限于单核苷酸多态性一种遗传变异,而忽略了结构变异、转座子、微卫星等其它类型的遗传变异。遗传变异类型的单一限制了在基因组层面上对表型变异的多元化解释。另外,育种的发生过程是从地方品种选育到高产品种,而过去的家禽基因组研究大多关注从野生祖先到地方品种的演化过程,缺乏对育种发生过程的遗传机制解读。这使得利用基因组技术进行个体选择仍然缺乏相应的理论支撑。虽然遗传标记的开发取得了一定成效,但仍然缺乏有效的应用转化技术。因此,如何在理论上对基因组育种新技术提供支撑,仍然需要对育种的发生过程进行遗传解析。在家鸡育种上主要分为蛋用和肉用两个选育方向,且这种方向性选育导致了截然不同的表型差异。但人工选择作用下基因组应答品种方向性选育压力的机制目前仍然不清楚,这进一步阻止了我们对育种遗传机制的认识。本研究将围绕上述问题展开,开发针对家禽基因组大数据的高效分析流程,从人工选择的角度解析育种过程的的遗传机制差异。本研究的主要内容如下:（1）本研究利用新一代流程技术Nextflow构建了包括数据预处理、序列比对、单核苷酸变异挖掘、结构变异挖掘、转座子挖掘、微卫星变异挖掘、RNA-seq分析、GWAS分析在内的,全封闭、高并发分析流程。利用新一代容器技术Docker对每一个独立的流程打造了可重复、可移植的计算环境。并将Nextflow和Doker的结合,在丰富了其它遗传变异挖掘手段的同时,打造了跨平台、高并发的家禽基因组分析流程。本研究构建的分析流程源代码均已在Github网站开源发布。（2）以艾维因肉鸡、罗曼粉蛋鸡、广元灰鸡、旧院黑鸡和大恒肉鸡为研究对象,利用简化基因组测序技术和本研究构建的分析流程,从比较基因组学、群体基因组学和进化基因组学的角度探讨了从地方品种到高产商业品种培育过程中人工选择对家禽基因组的影响。我们发现家禽基因组对方向性选育的响应敏感,对蛋鸡的选育使得基因组主要受到纯化选择作用,而对肉鸡的选育则使得基因组呈现出选择压放松作用。我们进一步在家鹅中验证了在极端选择压作用下,HBA1和HBB两个基因呈现出选择压放松,证实了基因组的部分区域在极端选择压下仍然能呈现出选择压放松。（3）利用IBD分析方法,对艾维因肉鸡、罗曼粉蛋鸡、广元灰鸡、旧院黑鸡和大恒肉鸡群体的基因组进行相似性比较。本研究发现W和Z两条性染色体在罗曼粉高产蛋鸡中受到显着的人工选择作用,其中Z染色体上有125个基因在罗曼粉蛋鸡选育过程受到显着的人工选择作用。而罗曼粉蛋鸡的W染色体则存在强烈的基因组受选择区域,这些区域只在高产的罗曼粉蛋鸡上存在。基于上述结果,我们提出基于基因组的相似性对蛋鸡进行个体选择的新选育思路。（4）为了探索基因组如何应答方向性选育压力,我们从125个受选择基因中挑选了受选择最显着的5个基因,在罗曼粉蛋鸡、艾维因肉鸡和大恒肉鸡这三个选育方向和程度不同的品种中进行表达规律验证。在三个品种胚胎期中,我们发现MEF2A、SLC16A7、tns3、TFDP2基因的表达量和高产程度相关,证实了在选育过受选择基因的表达量和选育的方向和程度存在联系,表明受选择基因的表达量变化是基因组应答方向性选育压力的重要途径。另外,三个品种的胚胎重、腿肌重和胸肌重的发育规律同样符合品种的方向性选育规律。本研究构建了适用于大规模群体分析的遗传变异挖掘流程,为群体基因组分析奠定了基础;对育种过程的遗传机制进行了深入解读,提出了基因组相似性选择技术,为基因组育种新技术提供了思路;发现了家禽基因组对方向性选育敏感,并证实了受选择基因的表达量变化是基因组应答方向性选育压力的重要途径,为进一步探索育种的遗传机制提供了重要的理论支撑。
贾香连[5]（2019）在《压力应激导致血糖代谢紊乱的中枢神经环路机制》文中研究表明中枢神经环路与外周器官、组织协同作用,控制生命体的生理、代谢反应。中枢神经系统启动的应激反应,需要外周器官、组织提供及时准确的反应才能帮助动物抵抗恶劣环境,保护自己的生命;这些反应包括自主神经系统活动、内分泌系统活动以及焦虑情绪等行为学的改变。在急性应激条件下,中枢神经环路招募各个神经核团以及神经环路产生焦虑行为躲避危险环境,调用基础血糖升高为应激反应提供能量以及调控应激激素的合成、释放维持应激反应。在长期应激条件下,动物行为、生理和代谢系统被长期激活,导致动物焦虑、II型糖尿病以及骨质疏松等疾病。在本研究中,我们探索了压力应激后,基础血糖和基础代谢的变化;压力应激导致基础血糖变化的中枢神经环路机制;压力应激导致焦虑情绪反应的中枢神经环路机制;压力应激后,导致骨质疏松的神经环路机制等。压力应激扰乱啮齿类动物基础血糖的波动基础血糖是评估血糖代谢和诊断糖尿病的重要指标。在生理状态下,基础血糖受到日常活动和外界刺激的影响,处于动态平衡中,并且保持昼夜节律。压力应激可以导致血糖升高,然而压力应激如何影响基础血糖的波动却并不清楚。通过持续监测生理状态下小鼠的基础血糖,我们发现采血操作和轻体重引起小鼠基础血糖波动增加。24小时持续监测基础血糖浓度,我们发现基础血糖严格地遵循昼夜节律;而给予压力应激刺激时,基础血糖的昼夜节律受损;持续压力应激刺激后,基础血糖的昼夜节律仍然没有恢复。我们的研究表明急性压力应激导致小鼠基础血糖的不规则波动增大,相对长期的压力应激导致基础血糖的昼夜节律会改变。该研究结果,为压力应激刺激导致的基础血糖紊乱机制提供了新视角,为临床诊断糖代谢紊乱、二型糖尿病等提供了新的可能的诊断指标。纹状体床核前侧中γ-氨基丁酸投射到弓状核的神经环路介导应激反应压力应激刺激导致焦虑情绪以及内分泌变化。中枢神经系统中多个脑区的多种神经元以及神经环路,参与压力应激反应的调控。前人研究指出,纹状体床核（The bed nucleus of the stria terminalis,BNST）参与压力应激反应调控;然而,纹状体床核中γ-氨基丁酸能神经元（GABAergic）以及钙依赖的蛋白激酶II（CaMKII）标记的神经元以及其神经环路,如何参与压力应激调控仍没有被完全阐释。在本研究中,我们用光遗传手段操纵纹状体床核前侧中的GABAergic神经元以及CaMKII标记的神经元以及神经环路,检测在光遗传学刺激过程中小鼠的焦虑样行为以及应激激素的变化。发现在激活aBNST投射到弓状核（Solitary nucleus,ARC）的GABAergic神经环路会导致小鼠出现明显的焦虑样行为,且皮质酮、肾上腺素、去甲肾上腺素等应激激素水平都升高。光遗传学抑制aBNST投射到ARC的GABAergic神经环路,导致小鼠产生抗焦虑行为且逆转由于束缚应激导致的皮质酮、去甲肾上腺素以及肾上腺素水平的升高。用药遗传学抑制弓状核到孤束核（Solitary tract,NTS）的GABAergic神经环路后,再用光遗传学激活aBNST到NTS的GABAergic神经环路,未看到小鼠有焦虑样行为。该研究结果表明,ARC到NTS的GABAergic神经环路介导由aBNST到ARC的GABAergic神经元激活产生的焦虑样行为。该研究为进一步阐述应激反应中焦虑行为的分子机制奠定了基础,为治疗应激刺激导致的焦虑情绪障碍提供了可能的治疗靶点。介导压力应激反应的γ-氨基丁酸能神经环路介导高血糖反应压力应激如何调用基础血糖为应激反应提供能量?本研究中,我们用光遗传学方法激活aBNST中的GABAergic神经元导致急性高血糖反应,而激活或者抑制CaMKII标记的神经元不会引起急性血糖的变化,激活aBNST中谷氨酸能神经元（Glutamatergic）也不能导致急性血糖变化。激活aBNST中Glutamatergic到下丘脑腹内侧核（Ventromedial hypothalamus,VMH）的神经回路,未能直接引起基础血糖的变化。但是aBNST投射至血糖调控中枢ARC的GABAergic神经环路的激活,引起急性高血糖反应;在切除肾上腺后,该神经环路的激活仍引起高血糖反应;该结果揭示了介导压力应激反应的aBNST至ARC的GABAergic神经环路,通过交感神经系统调用血糖为应激反应提供能量。用药物遗传学特异性抑制ARC投射到中缝核（Raphe obscurus nucleus,ROb）的GABAergic神经回路后,再激活aBNST投射至ARC的GABAergic神经环路,导致基础血糖水平迅速下降,表明ARC到ROb的GABAergic神经回路介导压力应激导致的高血糖反应。综合以上结果,我们发现了一条自上而下的γ-氨基丁酸能神经环路,介导压力应激下,基础血糖调用的神经环路机制。该研究为进一步研究神经环路调控胰岛功能奠定基础,为治疗压力应激导致的血糖紊乱提供了重要的靶核团。压力应激导致的基础代谢失衡的神经环路机制长期过度的压力导致代谢紊乱,例如导致肥胖、导致体重减轻、导致骨质疏松等。在本研究中,我们探索了压力应激导致骨质疏松的神经机制。我们给小鼠长期的压力应激刺激后,检测小鼠胫骨骨量的变化,发现与对照组相比小鼠的平均骨量比对照组明显减少。药物遗传学抑制BNST中的生长抑素（Somatostatin,SST/SOM）标记的神经元能逆转压力应激刺激导致的骨质疏松;进一步探索到,交感神经系统分泌的去甲肾上腺素抑制骨髓间充质干细胞分化成成骨细胞。综上结果,纹状体床核前侧中生长抑素神经元介导压力应激刺激导致的骨质疏松,且在外周神经系统中,通过交感神经系统抑制骨髓间充质干细胞分化成成骨细胞来减少成骨,导致骨质疏松。该研究为压力应激导致的骨质疏松找到了可能的治疗靶点,为进一步探索中枢神经换环路调控骨代谢奠定基础。
陈秋惠[6]（2019）在《巴西橡胶树遗传图谱第11号、13号和14号连锁群26个遗传标记的物理定位研究》文中研究表明巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）是一种大戟科橡胶树属的、多年生的、能生产天然橡胶的热带经济乔木。前人已构建有多张遗传图谱,大多数图谱都分为18条连锁群,而少数分为22或23条不等的连锁群。因此,就会存在多个连锁群对应一条染色体的情况,连锁群上的遗传标记在染色体上的真实位置也尚未清楚。橡胶树分子细胞遗传图谱是研究橡胶树的基因组学和橡胶树遗传发育的重要工具,能够揭示连锁群与染色体的对应关系,遗传标记在染色体上的排布及真实的物理位置,为橡胶树基因克隆和标记辅助育种提供了宝贵的理论依据。本研究选择了 Lespinasse等（2000）构建的巴西橡胶树遗传图谱中的第1 1号、第13号和第14号三个连锁群上的26个遗传标记,其中24个RFLP标记,2个SSR标记。通过荧光原位杂交和原位PCR的定位检测,经核型整合分析,构建了第1 1号、第13号和第14号三个连锁群的分子细胞遗传图。具体研究结果如下:（1）利用生物信息学方法,在NCBI上找到26个标记的DNA序列,并通过NCBI的Blast在线比对,获取含有标记在内的2500-3500bp左右大小的DNA序列进行引物设计,经电泳检测、生物公司PCR产物测序和序列比对等过程,最终筛选出特异性最强的26对引物。（2）利用FISH检测方法对第1 1号连锁群上的4个遗传标记MnSoD、M613、gHbCIR295.PB和gHbCIR636进行物理定位,结果全部定位在巴西橡胶树热研7-33-97第16号染色体上。遗传标记MnSoD和gHbCIR295.PB位于染色体短臂上,标记信号与着丝粒的平均百分距离依次是63.82和46.27;gHbCIR636和M613位于染色体长臂上,标记信号与着丝粒的平均百分距离分别为28.34和65.82。由此可知,第11号连锁群与第16号染色体存在对应关系,并构建了 16号染色体的细胞遗传图谱。（3）从第13号连锁群中选取了 9个遗传标记gHbCIR671.L2、gHbCIR402、gHbCIR506.L2、gHbCIR31、gHbCIR333、gHbCIR287、gHbCIR360、gHbCIR303 和gHbCIR670.PB进行荧光原位杂交实验。经核型分析,9个标记均定位在了巴西橡胶树热研7-33-97第18号染色体上,其中gHbCIR671.L2和gHbCIR31位于18号染色体的短臂上,标记信号与着丝粒平均百分距离分别是57.22和11.27;而余下7个标记 gHbCIR402、gHbCIR506.L2、gHbCIR287、gHbCIR360、gHbCIR333、gHbCIR303和gHbCIR670.PB均位于18号染色体的长臂上,标记信号与着丝粒平均百分距离分别是 8.39、23.51、29.14、40.18、41.65、60.48 和 60.59。由此可知,13 号连锁群与热研7-33-97的第18号染色体对应关系,并构建了 18号染色体的细胞遗传图谱。（4）从第14号连锁群上共选取了 13个遗传标记,gHbCIR686、gHbCIR425、gHbCIR261、gHbCIR682.L2、gHbCIR631.L2、gHbCIR330、gHbCIR412-493、gHbCIR602、gHbCIR20.L1、gHbCIR290、gHbCIR409415 和 gHbCIR644 用 FISH 检测方法,gHbCIR365.L2进行原位PCR检测。结果显示,14号连锁群上的13个遗传标记均位于第12号染色体上,其中gHbCIR686、gHbCIR365.L2、gHbCIR425、gHbCIR261、gHbCIR631.L2位于第12染色体短臂上,信号位点到着丝粒平均百分距离分别是 32.67、44.56、31.53、29.10 和1 1.46;gHbCIR682.L2、gHbCIR330、gHbCIR412493、gHbCIR602、gHbCIR20.L1、gHbCIR290、gHbCIR409415和gHbCIR644位于长臂上,信号位点到着丝粒平均百分距离分别是9.87、45.59、53.82、48.40、53.24、55.24、65.51和75.74。由此可知,第14号连锁群与第12号染色体存在对应关系,并构建了 12号染色体的细胞遗传图谱。
叶敏[7]（2019）在《C-MYC在宫颈癌中检测及表达分析》文中认为[目的]采用免疫组织化学技术及FISH技术检测C-MYC在宫颈癌及癌前病变组织中的表达情况,分析其与宫颈癌及癌前病变的关系,探讨检测C-MYC基因对宫颈癌及癌前病变的早期诊断及预后的价值和临床意义。[方法]收集36例宫颈癌、50例正常宫颈及50例宫颈低级别鳞状上皮内病变及50例宫颈高级别鳞状上皮内病变的组织石蜡包埋标本,同时收集患者的临床资料并分析,并将36例宫颈癌组织制成组织芯片,分别应用免疫组织化学技术及FISH技术检测正常宫颈组织、宫颈癌及癌前病变组织中C-MYC的表达情况并分析其结果。[结果]第一部分:1.随机选取正常宫颈组织、宫颈低级别鳞状上皮内病变组织及宫颈高级别鳞状上皮内病变组织石蜡包埋标本各50例,制成HE切片并进行病理诊断。2.收集36例宫颈癌组织石蜡包埋标本并制成HE切片并进行病理诊断,明确其分类分级及分期,同时圈画出明确的宫颈癌组织区域及癌旁组织。3.取宫颈癌组织36例,将其癌旁正常宫颈组织36例作为对照,将宫颈癌组织石蜡包埋标本制成组织芯片蜡块。4.分析宫颈病变及宫颈癌患者的临床资料发现:发生宫颈病变患者的年龄以小于60岁为主（92/100）,小于40岁组患者人数（55/100）明显多于大于60岁组（5/100）,提示宫颈病变的发生趋于年轻化;发生宫颈癌的患者年龄集中在40～60岁（23/36）,进行临床诊治的患者的FIGO分期集中在Ⅰ期及Ⅱ期（33/36）以及未发生淋巴结转移（32/36）的居多;中分化宫颈癌临床上相对常见（21/36）。第二部分:1.免疫组化检测C-MYC在正常宫颈上皮,宫颈上皮内病变及宫颈癌组织中的表达情况:C-MYC在正常宫颈鳞状上皮组、宫颈低级别鳞状上皮内病变组及宫颈高级别鳞状上皮内病变组及宫颈癌组的表达阳性率分别为2%（2/50）、24%（12/50）、62%（31/50）、70.59%（24/34）。2.各组别 C-MYC 表达结果分析:宫颈癌组患者的C-MYC阳性表达率为70.59%（24/34）,高于正常宫颈上皮组2%（1/50）,差异有统计学意义（P<0.05）;宫颈上皮内病变组患者的C-MYC 阳性表达率为43%（43/100）,高于宫颈正常上皮组,差异有统计学意义（P<0.05）。宫颈癌组患者的C-MYC 阳性表达率高于宫颈上皮内病变组,差异有统计学意义（P<0.05）;宫颈高级别上皮内病变组患者的C-MYC 阳性表达高于宫颈低级别上皮内病变组,差异有统计学意义（P<0.05）。根据宫颈癌患者不同年龄、FIGO分期、组织分化程度以及有无淋巴结转移进行分组,并对各组内各组别间的C-MYC蛋白阳性率进行分析,均无统计学差异。第三部分:1.FISH检测发现宫颈癌组织中C-MYC基因扩增现象,在荧光显微镜下观察发现病变细胞出现2个以上C-MYC信号,而正常宫颈上皮细胞内只有2个C-MYC信号。2.宫颈癌组织中C-MYC基因过表达阳性率为64.71%（22/34）,而癌旁正常宫颈上皮组织C-MYC基因呈低表达。3.C-MYC基因在宫颈癌中的过表达阳性率显着高于癌旁正常宫颈组织,差异有统计学意义（P<0.05）。根据宫颈癌患者不同年龄、FIGO分期、组织分化程度以及有无淋巴结转移进行分组,对各组内各组别间的C-MYC过表达阳性率进行分析,均无统计学差异。[结论]1.免疫组化方法检测结果显示C-MYC蛋白表达率随着宫颈上皮病变恶性程度的增加而增高,在宫颈癌组织及宫颈高级别鳞状上皮内病变中的表达明显高于宫颈低级别鳞状上皮内病变和正常宫颈上皮,提示C-MYC高表达与宫颈癌的发生发展有相关性,临床上检测C-MYC蛋白可能会成为宫颈病变发展程度的判定指标,帮助判断患者预后。2.FISH方法检测结果显示C-MYC基因在宫颈癌组织中有扩增现象,在正常宫颈细胞中低表达,提示C-MYC基因在宫颈癌的发生发展中起着相关作用。3.免疫组织化学方法及FISH技术检测C-MYC均具有良好的特异性和准确性,对宫颈上皮内病变及宫颈癌的患者做C-MYC基因的检测可提供肿瘤恶性程度、生长速度及预后的参考信息,也可作为早期诊断宫颈癌和判断预后的辅助手段。
杨树琼[8]（2018）在《基于重复序列分析的酸黄瓜（Cucumis hystrix Chakr.）分子细胞遗传学及甜瓜属主要物种进化研究》文中研究说明酸黄瓜（Cucumis hystrix Chakr.,2n=2x=24）隶属于葫芦科（Cucurbititaceae）甜瓜属（Cucumis）黄瓜亚属（subgenus Cucumis）,是迄今为止发现的唯一可以与栽培黄瓜（C.sativus）杂交成功的野生种,且与黄瓜具有同一个祖先,被认为是研究甜瓜属物种起源进化以及两染色体基数变化关系的关键物种。酸黄瓜具有抗霜霉病、蔓枯病、枯萎病以及南方根结线虫等栽培黄瓜所需的抗性基因,因此是扩大黄瓜遗传基础的重要种质。基因组的研究对于了解一个物种十分重要,重复序列是物种基因组的重要组成部分且种类繁多。重复序列在基因组中进化较快,在不同物种间表现出在序列、拷贝数以及分布的差异,其中串联重复序列经常被用于染色体鉴定和核型分析。然而目前对于酸黄瓜基因组及其重复序列的研究仍非常有限。本研究利用生物信息学、荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization,FISH）技术开展了酸黄瓜基因组重复序列分析、基因组结构分析以及主要串联重复序列的染色体分布模式和进化分析,同时结合黄瓜、甜瓜已有的测序数据以及获得的西印度黄瓜和非洲角黄瓜测序数据进行甜瓜属5个主要物种基因组间重复序列的比较分析,研究甜瓜属物种间的基因组结构差异并进一步明确它们的亲缘关系。主要研究结果如下:1.酸黄瓜基因组重复序列分析酸黄瓜基因组中约有19%的序列为重复序列,共检测到LTR.Gypsy、LTR.Copzia、LTR.Caulimovirus、LINE.L1、DNA.MULE.MuDR、DNA.CMC.EnSpm、rDNA 以及 satellite 8种类型的重复序列。其中,含量最高的重复序列类型是LTR类逆转录转座子,占酸黄瓜基因组的6.786%;串联重复序列（卫星重复序列和rDNA）的含量次之,其基因组占比为4.08%;非LTR类逆转录转座子LINE.L7占基因组的3.115%;DNA转座子的含量最少,仅占酸黄瓜基因组的0.233%。2.酸黄瓜基因组重复序列的染色体分布模式酸黄瓜基因组重复序列主要分布在染色体端部,其中端粒重复序列位于染色体最末端,CuhySat1～3和CuhyCL31位于染色体端部的近端粒区域;45S rDNA位于酸黄瓜Chr.8、Chr.10和Chr.12染色体的末端,5S rDNA位于Chr.12染色体臂的中间区域;BAC克隆457-H11位于染色体的近着丝粒区域;CuhyCL7不仅主要分布在所有染色体的近着丝粒区域,而且弥散地分布在一些染色体臂的中间区域。3.基于比较FISH的酸黄瓜、黄瓜基因组间重复序列的同源性和进化分析酸黄瓜和黄瓜基因组的重复序列间具有很高的同源性,酸黄瓜gDNA、CuhySat1～3以及Cuhy5S都在黄瓜染色体上产生了强的杂交信号。在酸黄瓜和黄瓜染色体上,CuhySat1的杂交信号分布在所有染色体的亚端粒区域,Cuhy5S的信号分布在1对染色体臂的中间区域。在酸黄瓜染色体上,酸黄瓜gDNA和CuhySat2的杂交信号分布在所有染色体的亚端粒区域;而在黄瓜染色体上,酸黄瓜gDNA和CuhySat2不仅在所有染色体的亚端粒区域产生了杂交信号,而且在其中3对染色体的近着丝粒区域也产生了杂交信号。在酸黄瓜染色体上,CuhySat3的杂交信号分布在所有染色体的亚端粒区域;而在黄瓜染色体上,CuhySat3的杂交信号却分布在所有染色体的近着丝粒区域。酸黄瓜gDNA、CuhySat2和CuhySat3在两个物种染色体上的不同信号分布模式说明在进化过程中酸黄瓜和黄瓜之间发生了染色体融合、倒位等染色体重排事件。4.基于全基因组重复序列比较的甜瓜属主要物种进化分析甜瓜属5个主要物种黄瓜、酸黄瓜、甜瓜、西印度黄瓜和非洲角黄瓜基因组的重复序列含量不仅存在明显差异,而重复序列组成类型及不同类型重复序列的基因组占比也存在差异,甜瓜属物种的进化过程伴随着基因组结构的变化。LTR类逆转录转座子是甜瓜属5个物种中最具进化动态性的重复序列家族,Ty3/Gypsy和Ty1/Copia两个家族的系统进化分类表明酸黄瓜和黄瓜、甜瓜的亲缘关系较近,且酸黄瓜和黄瓜的亲缘关系更近,而西印度黄瓜和非洲角黄瓜的亲缘关系较近。在不同物种中,同一分枝的Ty1/Co+pia或Ty3/Gypsy逆转录转座子具有不同的染色体分布模式;在同一物种中,不同类型的逆转录转座子具有不同的染色体分布模式,且不同分枝的Ty3/Gypsy逆转录转座子也表现出了不同的染色体分布模式。逆转录转座子不仅在不同物种的基因组间发生了快速的进化,而且在同一物种基因组内也发生了快速的变化。在5个甜瓜属物种中,不同物种基因组的rDNA序列在基因区是高度保守的,但在基因间隔区具有较高的多态性。在甜瓜亚属3个物种的染色体上,45S rDNA和5S rDNA位点都显示了数目和分布位置的保守性。而在黄瓜亚属2个物种的染色体上,45S rDNA位点的数目和分布位置都有差异,但5S rDNA位点的数目和分布位置是保守的。5个物种基因组ITS序列的系统进化分析表明黄瓜、酸黄瓜和甜瓜的亲缘关系较近,西印度黄瓜和非洲角黄瓜的亲缘关系较近。因此在重复序列的维度上得出以下结论:酸黄瓜和黄瓜的亲缘关系最近,与甜瓜的亲缘关系次之,与西印度黄瓜和非洲角黄瓜的亲缘关系最远。
王铜毅[9]（2018）在《四种鲍的分子细胞遗传学初步研究》文中研究表明皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）、杂色鲍（H.diversicolor）、西氏鲍（H.gigantea）和绿鲍（H.fulgens）等4种鲍在我国鲍类养殖业中具有重要地位,种业发展需求强烈。然而,其遗传学基础研究仍然滞后,特别是分子细胞遗传学层面,研究资料局限于传统核型分析和零星的重复序列FISH（Fluorescence in situ Hybridization）分析,已不能满足当前结构基因组学与遗传育种研究的需求。因此,本研究克隆、分析了4种鲍的5S rDNA多个变体与18S rDNA片段,利用FISH在4种鲍染色体上定位了这2种rDNA和2种微卫星序列,并利用双色FISH分析了上述重复序列之间的相对位置。主要研究结果如下:1、四种鲍的5S rDNA都含有两种或两种以上类型,其中皱纹盘鲍获得3种类型（441bp,1130 bp,1658 bp）,绿鲍获得2种类型（484 bp,536 bp）,西氏鲍获得2种类型（318bp,714 bp）,杂色鲍获得4种类型（200 bp,404 bp,485 bp,740 bp）,且皱纹盘鲍和杂色鲍的5S rDNA类型都具有较明显的个体差异。四种鲍的NTS在基因组内、个体间和物种间均存在多态性,表现出birth-and-death进化模式和进化快速的特征。2、5S rDNA的FISH结果显示皱纹盘鲍的三种类型5S rDNA共定位于第11对染色体的长臂近着丝粒区,西氏鲍的II型5S rDNA定位第4对染色体的短臂近着丝粒区,杂色鲍的I型5S rDNA定位第5对染色体的长臂近着丝粒区。三种鲍的其他类型和绿鲍的所有类型的5S rDNA均未检测到信号。3、18S rDNA在四种鲍中保守性极高,但其位点数普遍具有多态性。统计结果显示皱纹盘鲍的众数为2对,绿鲍、西氏鲍和杂色鲍的众数均为3对。4种鲍中,18S rDNA全部分布在染色体端部,但分布位置存在种间差异。皱纹盘鲍2对信号位于第13、15对染色体,绿鲍3对信号位于第4、6、8对染色体,西氏鲍3对信号位于第5、14、17对染色体,杂色鲍3对信号位于第3、4、12对染色体。4、微卫星（CA）n和（CAA）n在四种鲍上的单色和双色FISH结果显示,（CA）n在皱纹盘鲍、西氏鲍和杂色鲍染色体上有成簇分布的信号,（CAA）n在皱纹盘鲍、绿鲍和西氏鲍有成簇分布的信号。两种微卫星在种内或种间也存在差异。5、四种鲍的重复序列的双色FISH结果显示,5S rDNA不与18S rDNA共线,18S rDNA所在染色体上极少或没有两种微卫星的分布。本研究结果为四种鲍的染色体的识别、进化及种质鉴定提供了一定依据,为深入开展鲍类分子细胞遗传学的研究奠定了基础。
高菲[10]（2017）在《利用piggyBac转座子及CRISPR文库规模化制备突变体鸡的研究》文中研究表明鸡是十分重要的发育生物学模式动物,制备鸡的遗传修饰动物模型意义重大。首先,可利用鸡的输卵管生物反应器生产药用蛋白;其次,可利用遗传修饰技术促进家禽分子育种,制备具有优良农业生产性状的新品种;最后,可结合遗传修饰技术制备基因敲除模型进而深入解析基因功能。然而,有关鸡的遗传修饰研究却进展缓慢。截止目前,制备鸡的遗传修饰动物模型主要面临以下问题:具备生殖系嵌合潜能的鸡原始生殖细胞（Primordial germ cells,PGCs）体外培养难度大且缺乏高效的遗传修饰手段;纯合突变个体制备周期长,技术难度大且未能规模化制备;缺乏稳定的雄性不育受体鸡品系,进而使得获得高效生殖系嵌合体的难度加大。针对以上问题,本课题通过优化培养条件建立鸡PGCs稳定的体外培养体系;利用piggyBac转座子系统与CRISPR/Cas9技术相结合构建鸡的全基因组单链导向RNA（Single guide RNA,sgRNA）文库,规模化制备突变体;结合Tet-On与TMP双调控系统实现靶细胞凋亡,探索雄性不育受体鸡的制备。本研究从饲养层细胞的种类及处理方法、培养液组分等条件针对鸡的PGCs体外培养条件进行优化,最终建立鸡PGCs稳定的体外培养体系。本研究分别从白来航鸡胚胎的性腺组织、农大3号鸡胚胎的生殖新月区及性腺组织成功分离并体外培养获得39株PGC系。这些细胞系在体外可无限增殖,碱性磷酸酶呈阳性,具有正常的二倍体核型。RT-PCR结果显示,分离得到的PGCs可表达生殖细胞标志基因CVH和DAZL。免疫荧光染色结果进一步表明CVH和DAZL呈阳性,干细胞表面抗原SSEA-1和SSEA-4在PGCs中高表达,SSEA-3在PGCs中微弱表达。此外,利用piggyBac转座子系统成功实现了 PGCs的稳定转染,并通过开天窗显微注射法高效获得G0代生殖系嵌合体,随后通过传代实验成功获得G1代阳性个体。结合Southern Blot及Genome Walking技术针对G1代阳性个体进行分析,发现外源基因为单拷贝插入,插入位点位于鸡14号染色体Fam20C基因的第4个内含子中。本研究利用生物信息学方法针对鸡的全基因组编码基因进行sgRNA的靶点设计,利用芯片合成技术共合成93961条sgRNAs序列,共涵盖鸡的16821个基因,平均每个基因设计了 5-6个sgRNAs。结合Tet-On调控的CRISPR/Cas9和piggyBac介导的sgRNA文库成功制备稳定转染的PGC系。利用该细胞系成功制备了阳性的G0代嵌合体,且在细胞水平及个体水平灵活响应DOX调控。此外,对两只G0代嵌合体睾丸进行sgRNAs的深度测序,经分析发现,共检测到102个针对不同基因的sgRNAs,且每个sgRNA靶向的基因均匀分布在鸡的常染色体及性染色体上。针对雄性不育鸡品系的探究,本研究采用Tet-On与TMP双调控系统在PGCs细胞水平成功实现特异性细胞凋亡。综合以上实验结果,本研究通过PGCs体外培养条件的优化可成功制备遗传修饰的G0代嵌合体及G1代阳性个体。利用针对鸡的CRISPR/Cas9的sgRNA文库获得包含不同种类sgRNAs的G0代生殖系嵌合体,为今后规模化制备突变体鸡奠定基础。结合Tet-On和TMP调控系统在PGCs水平实现特异性细胞凋亡,为雄性不育受体鸡的培育提供新的思路。
二、荧光原位杂交及其在禽类遗传学中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、荧光原位杂交及其在禽类遗传学中的应用（论文提纲范文）
（1）普通小麦-滨麦衍生系M13063A-1和M13086A的分子细胞遗传学鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 滨麦 |
| 1.2 小麦-滨麦远缘杂交研究 |
| 1.2.1 八倍体小滨麦 |
| 1.2.2 附加系 |
| 1.2.3 代换系 |
| 1.2.4 易位系 |
| 1.2.5 三属杂种 |
| 1.2.6 滨麦抗病基因的定位 |
| 1.3 分子细胞遗传学中的研究手段 |
| 1.3.1 原位杂交 |
| 1.3.2 分子标记 |
| 1.3.3 细胞学鉴定 |
| 1.3.4 农艺性状鉴定 |
| 1.3.5 抗病性鉴定 |
| 1.4 本研究的目的意义及内容 |
| 1.4.1 目的意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 第二章 普通小麦-滨麦6BS·6NsS附加易位系的分子细胞遗传学鉴定 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 细胞学鉴定 |
| 2.2.2 原位杂交 |
| 2.2.3 分子标记 |
| 2.2.4 形态学鉴定 |
| 2.2.5 成株期条锈病抗性鉴定 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 M13063A-1的细胞学鉴定 |
| 2.3.2 M13063A-1的原位杂交鉴定 |
| 2.3.3 M13063A-1的分子标记分析 |
| 2.3.4 农艺性状和条锈病抗性鉴定 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 附加易位系M13063A-1形成的可能原因 |
| 2.4.2 易位染色体上小麦染色体片段的大小 |
| 2.4.3 6B和7B染色体的信号变异 |
| 2.4.4 多色GISH缺少封阻 |
| 2.4.5 附加易位系M13063A-1抗条锈病基因的来源 |
| 第三章 普通小麦-滨麦双重异附加系M13086A的分子细胞遗传学鉴定 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 细胞学鉴定 |
| 3.2.2 原位杂交 |
| 3.2.3 成株期抗病性鉴定 |
| 3.3 实验结果与分析 |
| 3.3.1 M13086A的细胞学鉴定 |
| 3.3.2 M13086A的原位杂交鉴定 |
| 3.3.3 M13086A的抗病性鉴定 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 外源染色体的同源群归属缺少分子标记验证 |
| 3.4.2 M13086A中抗病基因的来源 |
| 3.4.3 异附加系在育种中的应用 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（2）人源TRA2A调控流感病毒宿主适应性的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略表(Abbreviation) |
| 1 文献综述 |
| 1.1 流感病毒 |
| 1.1.1 流感病毒的分类 |
| 1.1.2 流感病毒的结构 |
| 1.1.3 流感病毒的生命周期 |
| 1.2 流感的危害和流行 |
| 1.3 流感病毒的跨种传播 |
| 1.3.1 病毒因素 |
| 1.3.2 宿主因素 |
| 1.4 前体mRNA的剪接 |
| 1.4.1 剪接的概述 |
| 1.4.2 真核生物前体mRNA的剪接 |
| 1.4.3 病毒前体mRNA的剪接 |
| 1.4.4 流感病毒和剪接 |
| 1.5 TRA2A及其功能 |
| 1.5.1 TRA2简介 |
| 1.5.2 TRA2A在剪接中的作用 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 2 试验材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 细胞和病毒 |
| 2.1.2 试剂和抗体 |
| 2.1.3 质粒 |
| 2.1.4 siRNA的合成 |
| 2.1.5 实验动物和鸡胚 |
| 2.1.6 主要缓冲液和相关试剂配制 |
| 2.1.7 试验室主要仪器设备 |
| 2.1.8 分子生物学分析软件 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 流感病毒重组试验 |
| 2.2.2 病毒的接种 |
| 2.2.3 病毒TCID50的测定 |
| 2.2.4 病毒和全细胞的RNA的提取 |
| 2.2.5 反转录PCR(RT-PCR) |
| 2.2.6 实时荧光定量PCR(RT-q PCR) |
| 2.2.7 半定量PCR |
| 2.2.8 表达质粒的构建 |
| 2.2.9 细胞的培养、传代和冻存 |
| 2.2.10 瞬时转染 |
| 2.2.11 细胞活性的测定 |
| 2.2.12 Western blot和免疫共沉淀 |
| 2.2.13 间接免疫荧光 |
| 2.2.14 原位杂交FISH |
| 2.2.15 流式细胞术 |
| 2.2.16 RIP |
| 2.2.17 体外转录和RNA标记 |
| 2.2.18 RNA pull-down |
| 2.2.19 核质分离 |
| 2.2.20 EMSA |
| 2.2.21 聚合酶活性的测定 |
| 2.2.22 流感病毒MLD_(50)的测定 |
| 2.2.23 流感病毒毒力的测定 |
| 2.2.24 EID_(50)的测定 |
| 2.2.25 病理切片的制作 |
| 2.2.26 统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 研究背景和立项依据概述 |
| 3.2 TRA2A和病毒聚合酶蛋白及v RNP相互作用 |
| 3.3 TRA2A促进人流感H1N1/PR8 的增殖,抑制禽流感病毒H5N1/YS的增殖 |
| 3.4 TRA2A促进人流感H1N1/WSN,抑制禽流感H7N9、H9N2 病毒的增殖 |
| 3.5 TRA2A调控病毒pre-m RNA的剪接 |
| 3.6 TRA2A与病毒m RNA相互作用 |
| 3.7 TRA2A与病毒m RNA嘌呤富集基序相互作用 |
| 3.8 M片段的334位点调控其剪接 |
| 3.9 禽源TRA2A不改变突变病毒的剪接和增殖 |
| 3.10 TRA2A抑制M m RNA剪接不依赖于hn RNP K和 SF2 |
| 3.11 M2促进病毒的释放 |
| 3.12 NS片段上的234/236位点调控其剪接 |
| 3.13 NEP调控病毒聚合酶活性 |
| 3.14 M片段的334 位点和NS234/236 位点改变其TRA2A结合能力 |
| 3.15 M片段的334位点和NS234/236位点双基因突变对增殖影响 |
| 3.16 M片段的334位点调节病毒毒力 |
| 3.17 鼠TRA2A结合含ISS基序的病毒RNA |
| 3.18 ISS位点分析 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 TRA2A促进人流感病毒和限制禽流感病毒的机制 |
| 4.1.2 流感病毒聚合酶调控剪接的机制 |
| 4.1.3 TRA2A结合ISS抑制m RNA剪接的分子机制 |
| 4.1.4 NEP对禽流感和人流感聚合酶的调控 |
| 4.1.5 其他宿主因子参与流感病毒mRNA剪接 |
| 4.1.6 病毒适应性突变的分子机制 |
| 4.2 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人资料 |
| 致谢 |
（3）利用Multi-color FISH建立羊草染色体辨认体系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词表 |
| 一、前言 |
| 1.1 羊草细胞遗传学研究进展 |
| 1.1.1 羊草染色体核型研究进展 |
| 1.1.2 羊草及其所在属基因组来源研究进展 |
| 1.1.3 羊草及羊草所在赖草属物种种间进化关系的研究进展 |
| 1.2 植物染色体辨认技术 |
| 1.2.1 基于基因组序列原位杂交(GISH)的植物染色体辨认 |
| 1.2.2 基于重复序列Multi-color FISH的植物染色体辨认 |
| 1.2.3 基于细菌人工染色体原位杂交(BAC-FISH)的植物染色体辨认 |
| 1.2.4 基于寡核苷酸原位杂交(oligo-FISH)的植物染色体辨认 |
| 1.2.5 基于Cas9 介导的原位杂交(CASFISH)的植物染色体辨认 |
| 1.3 植物染色体辨认技术的应用 |
| 1.3.1 染色体辨认可以增进对基因组结构的了解 |
| 1.3.2 染色体精确识别可作为比较基因组研究中的有力工具 |
| 1.3.3 染色体辨认技术能够快速建立染色体图和遗传图的联系 |
| 1.4 本研究目的和意义 |
| 1.4.1 研究目的 |
| 1.4.2 研究意义 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 引物 |
| 2.1.3 试剂 |
| 2.1.4 仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 染色体制片 |
| 2.2.2 植物DNA提取 |
| 2.2.3 羊草与小麦cDNA获取 |
| 2.2.4 PCR扩增重复序列 |
| 2.2.5 小麦特异单拷贝基因的扩增 |
| 2.2.6 探针标记 |
| 2.2.7 荧光原位杂交及信号检测 |
| 2.2.8 二次杂交及信号检测 |
| 2.2.9 图像检测与分析 |
| 三、结果与讨论 |
| 3.1 羊草染色体标记的筛选:开发串联重复序列探针 |
| 3.2 建立羊草染色体辨认系统 |
| 3.3 羊草染色体图与小麦遗传连锁群的关联 |
| 3.4 羊草精确辨认体系 |
| 3.5 不同地域羊草基因组比较分析 |
| 四、结论 |
| 五、参考文献 |
| 六、附件 |
| 附件 1 |
| 附件 2 |
| 附件 3 |
| 附件 4 |
| 七、致谢 |
（4）家禽遗传大数据分析流程构建及人工选择作用分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 动物遗传育种已进入基因组时代 |
| 2.1 人工选择作用在动物驯化中的影响 |
| 2.1.1 人工选择是人类文明兴盛的重要驱动力 |
| 2.1.2 全基因组测序揭示驯化过程的人工选择对性状相关基因的影响 |
| 2.2 育种目标基因鉴定的研究进展 |
| 2.2.1 基因组学鉴定家禽重要性状候选基因 |
| 2.2.2 基因组学鉴定家畜重要性状候选基因 |
| 2.2.3 GWAS技术的缺点分析 |
| 2.3 育种机制的解析在地方品种资源保护研究中的意义 |
| 3 遗传变异资源库建设进展 |
| 3.1 遗传资源库建设的意义 |
| 3.2 遗传资源库建设的现状介绍 |
| 3.2.1 人类疾病相关遗传数据库发展现状 |
| 3.2.2 植物遗传数据库介绍 |
| 3.2.3 动物遗传数据库发展现状 |
| 3.3 数据库建设面临的主要挑战 |
| 4 计算可重复性在遗传大数据研究中的重要性 |
| 4.1 可重复性对科学研究的影响 |
| 4.2 运行环境的可重复性研究进展 |
| 4.2.1 Conda |
| 4.2.2 容器技术 |
| 4.2.3 Galaxy平台 |
| 4.3 计算流程的可重复性研究进展 |
| 4.3.1 Nextflow |
| 4.3.2 Snakemake |
| 4.4 打造可重复性的运行环境和计算流程的关键 |
| 5 研究目的和意义 |
| 6 本研究主要内容间的关系 |
| 第二章 遗传大数据分析流程开发 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 遗传大数据分析流程设计 |
| 2.2 可移植计算环境构建 |
| 2.2.1 构建计算环境用到的工具 |
| 2.2.2 流程所用主要软件 |
| 2.2.3 操作步骤 |
| 2.3 FTPP创建 |
| 2.3.1 使用工具及参数 |
| 2.3.2 流程创建 |
| 2.4 AP创建 |
| 2.4.1 使用工具及参数 |
| 2.4.2 流程创建 |
| 2.5 GVCP创建 |
| 2.5.1 使用工具及参数 |
| 2.5.2 流程创建 |
| 2.6 STRCP创建 |
| 2.6.1 使用工具及参数 |
| 2.6.2 流程创建 |
| 2.7 SVCP创建 |
| 2.7.1 使用工具及参数 |
| 2.7.2 流程创建 |
| 2.8 RSP创建 |
| 2.8.1 使用工具及参数 |
| 2.8.2 流程创建 |
| 2.9 GP创建 |
| 2.9.1 使用工具及参数 |
| 2.9.2 流程创建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 FTPP流程 |
| 3.1.1 流程设计及说明 |
| 3.1.2 结果输出 |
| 3.1.3 开源代码及使用简介 |
| 3.2 AP流程 |
| 3.2.1 流程设计及说明 |
| 3.2.2 结果输出 |
| 3.2.3 开源代码及使用简介 |
| 3.3 GVCP流程 |
| 3.3.1 流程设计及说明 |
| 3.3.2 结果输出 |
| 3.3.3 开源代码及使用简介 |
| 3.4 STRCP流程 |
| 3.4.1 流程设计及说明 |
| 3.4.2 结果输出 |
| 3.4.3 开源代码及使用简介 |
| 3.5 SVCP流程 |
| 3.5.1 流程设计及说明 |
| 3.5.2 结果输出 |
| 3.5.3 开源代码及使用简介 |
| 3.6 RSP流程 |
| 3.6.1 流程设计及说明 |
| 3.6.2 结果输出 |
| 3.6.3 开源代码及使用简介 |
| 3.7 GP流程 |
| 3.7.1 流程设计及说明 |
| 3.7.2 结果输出 |
| 3.7.3 开源代码及使用简介 |
| 4 讨论 |
| 4.1 大规模生物信息分析需要高并发分析流程 |
| 4.2 计算可重复性是大数据分析的前提 |
| 4.3 生物信息分析流程是数据库建设的基础 |
| 5 小结 |
| 第三章 人工选择对家禽基因组的影响 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 鸡 |
| 2.1.2 鹅 |
| 2.2 试验技术路线 |
| 2.3 主要试验步骤 |
| 2.3.1 样品采集 |
| 2.3.2 DNA提取 |
| 2.3.3 PCR扩增和Sanger测序 |
| 2.3.4 RAD-seq |
| 2.3.5 RAD-seq质量评估 |
| 2.3.6 序列比对 |
| 2.3.7 Variant calling和 VCF过滤 |
| 2.3.8 缺失值推算 |
| 2.3.9 群体遗传结构分析 |
| 2.3.10 受选择位点分析以及功能富集分析 |
| 2.3.11 质谱分型 |
| 2.3.12 鹅基因受选择情况分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 RAD-seq测序及分析结果 |
| 3.2 群体遗传学揭示家鸡基因组受选育水平影响 |
| 3.2.1 选育方向对基因组的影响 |
| 3.2.2 Admixture和 Treemix分析表明品种间存在基因流 |
| 3.2.3 IBD分析揭示W染色体在高产蛋鸡中受到强烈选择 |
| 3.3 比较基因组学鉴定受选择区域 |
| 3.4 质谱分型鉴定罗曼粉蛋鸡的特殊基因型频率 |
| 3.5 家鹅飞行能力退化受选择压放松作用 |
| 4 讨论 |
| 4.1 育种对基因组的影响和选育方向有关 |
| 4.2 基因组相似度选择的可行性 |
| 5 小结 |
| 第四章 受选择基因在不同选育方向和程度的家鸡胚胎期表达规律研究 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试剂与仪器 |
| 2.2.1 主要药品试剂 |
| 2.2.2 主要试剂的配制 |
| 2.2.3 主要仪器设备 |
| 2.3 主要生物学软件 |
| 2.4 试验技术路线 |
| 2.5 主要试验步骤 |
| 2.5.1 样品采集 |
| 2.5.2 肌肉组织石蜡切片HE染色制作 |
| 2.5.3 候选基因筛选 |
| 2.5.4 原位杂交实验 |
| 2.5.5 总RNA提取 |
| 2.5.6 核酸质检 |
| 2.5.7 qPCR反应 |
| 2.6 数据统计与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 三个品种胚胎重、腿肌重和胸肌重在胚胎发育过程中的变化规律研究 |
| 3.2 三个品种胚胎重、腿肌重和胸肌重在胚胎期的相关性分析 |
| 3.3 三个品种胚胎期胸部和腿部在胚胎发育过程中的形态比较 |
| 3.4 候选基因在三个品种胚胎发育过程的表达量及其规律变化 |
| 3.5 IGF1、MEF2A和 TFDP2 基因在组织水平的表达验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 MEF2A、SLC16A7、tns3、TFDP2 基因和蛋鸡、肉鸡高产相关 |
| 4.2 受选择基因表达量变化是基因组应答选择压的重要途径 |
| 5 小结 |
| 第五章 结论与研究展望 |
| 1 结论 |
| 2 主要创新点 |
| 3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 作者简历 |
（5）压力应激导致血糖代谢紊乱的中枢神经环路机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 背景知识 |
| 1.1.2 压力应激 |
| 1.1.2.1 压力应激反应的神经环路机制 |
| 1.1.2.2 压力应激导致焦虑行为 |
| 1.1.2.3 压力应激导致高血糖反应 |
| 1.1.2.4 压力应激影响代谢 |
| 1.1.2.5 压力应激影响体温调控 |
| 1.1.3 焦虑行为的调控 |
| 1.1.3.1 焦虑 |
| 1.1.3.2 焦虑障碍 |
| 1.1.3.3 焦虑模型 |
| 1.1.3.4 焦虑的神经机制 |
| 1.1.4 血糖代谢的调控 |
| 1.1.4.1 葡萄糖的来源以及功能 |
| 1.1.4.2 葡萄糖的代谢 |
| 1.1.4.3 葡萄糖代谢的调控 |
| 1.1.4.4 葡萄糖的影响因素 |
| 1.1.4.5 病理状态下葡萄糖代谢 |
| 1.1.4.6 血糖的节律波动 |
| 1.1.5 研究技术 |
| 1.1.5.1 光遗传学技术研究 |
| 1.1.5.2 药物遗传学技术 |
| 1.1.5.3 膜片钳技术 |
| 1.1.5.4 免疫组织化学技术、原位杂交技术 |
| 1.1.5.5 行为学研究 |
| 1.1.5.6 血糖代谢的研究手段 |
| 1.1.5.7 病毒示踪技术 |
| 1.2 国内外研究现状分析 |
| 1.2.1 基础血糖的研究 |
| 1.2.2 压力应激导致焦虑行为的神经环路机制的研究 |
| 1.2.3 情感障碍引起的血糖代谢异常的研究 |
| 1.3 我们的研究 |
| 1.3.1 压力应激扰乱啮齿类动物基础血糖的波动 |
| 1.3.2 纹状体床核前侧中到弓状核的γ-氨基丁酸能神经环路介导焦虑反应 |
| 1.3.3 介导压力应激反应的γ-氨基丁酸能神经环路介导高血糖反应 |
| 1.3.4 压力应激导致的基础代谢失衡的神经环路机制 |
| 1.4 本研究的意义 |
| 1.5 本论文的组织安排 |
| 第二章 材料和方法 |
| 2.1 动物来源和饲养 |
| 2.2 小鼠血糖检测 |
| 2.2.1 小鼠基础血糖检测 |
| 2.2.2 小鼠在光刺激中的血糖检测 |
| 2.3 大鼠基础血糖的监测 |
| 2.3.1 血糖植入子植入 |
| 2.3.2 血糖植入子校准 |
| 2.3.3 血糖数据采集和处理 |
| 2.4 压力应激刺激 |
| 2.4.1 小鼠压力应激刺激 |
| 2.4.2 大鼠压力应激刺激 |
| 2.5 脑立体定位注射和光纤埋植 |
| 2.5.1 病毒注射 |
| 2.5.2 光纤埋植 |
| 2.6 光遗传刺激 |
| 2.7 药物遗传学 |
| 2.8 焦虑行为测试 |
| 2.8.1 旷场测试 |
| 2.8.2 十字高架迷宫测试 |
| 2.8.3 条件位置偏好行为测试 |
| 2.9 免疫组织化学 |
| 2.10 原位杂交 |
| 2.11 酶联免疫吸附测定 |
| 2.12 荧光定量逆转录聚合酶链反应 |
| 2.13 膜片钳 |
| 2.14 小鼠骨髓间充质细胞提取、培养以及诱导成骨分化 |
| 2.15 茜素红细胞化学染色 |
| 2.16 石蜡切片伊红-苏木素组织化学染色 |
| 2.17 骨量分析 |
| 2.18 数据分析 |
| 2.19 重要试剂、病毒等 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 压力应激扰乱啮齿类动物基础血糖的波动 |
| 3.1.1 压力应激增加小鼠血糖的波动 |
| 3.1.2 大鼠基础血糖具有昼夜节律 |
| 3.1.3 外部压力应激刺激急性扰乱了大鼠基础血糖的昼夜节律 |
| 3.1.4 外部压力应激刺激导致血糖节律长期消失 |
| 3.2 aBNST~(Gad2)-ARC神经环路介导应激反应 |
| 3.2.1 aBNST中 GABAergic神经元参与压力应激反应 |
| 3.2.2 光激活aBNST中 CaMKII神经元和GABAergic神经元不影响小鼠焦虑样行为 |
| 3.2.3 aBNST中的GABAergic和 CaMKII+神经元投射到下丘脑 |
| 3.2.4 aBNSTCaMKII-VMH神经纤维的激活产生抗焦虑行为 |
| 3.2.5 光激活aBNST~(Gad2)-VMH神经环路导致小鼠焦虑 |
| 3.2.6 ARC~(Gad2)-NTS介导由aBNST~(Gad2)-ARC激活产生的焦虑反应 |
| 3.3 压力应激导致的高血糖反应的神经环路机制 |
| 3.3.1 激活aBNST中 GABAergic神经元引起高血糖反应 |
| 3.3.2 激活aBNST~(Gad2)-ARC引起高血糖反应 |
| 3.3.3 抑制aBNST~(Gad2)-ARC逆转由压力应激导致的高血糖反应 |
| 3.3.4 光激活aBNST~(Gad2)-ARC引起的高血糖反应并非依赖肾上腺 |
| 3.3.5 弓状核通过脑干中的孤束核和中缝核与胰腺连接 |
| 3.3.6 ARC~(Gad2)-ROb介导压力应激导致的高血糖反应 |
| 3.3.7 激活aBNST~(Vglut2)没有引起血糖变化 |
| 3.3.8 抑制aBNST~(Vglut2)-VMH没有引起血糖变化 |
| 3.4 压力应激导致基础代谢变化 |
| 3.4.1 长期压力应激导致代谢失衡 |
| 3.4.2 交感神经系统激活抑制成骨分化 |
| 3.5 其他:初步探索与中枢调控外周相关研究 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 压力应激扰乱啮齿类动物基础血糖的波动 |
| 4.2 介导压力应激反应的GABAergic神经环路介导高血糖反应 |
| 4.3 压力应激导致的基础代谢失衡的神经环路机制 |
| 第五章 展望 |
| 5.1 压力应激扰乱啮齿类动物基础血糖的波动 |
| 5.2 aBNST~(Gad2)-ARC神经环路介导应激反应 |
| 5.3 aBNST~(Gad2)-ARC神经环路介导高血糖反应 |
| 5.4 aBNST~(Gad2)-ARC的神经环路介导应激反应 |
| 5.5 其他:初步探索与中枢调控外周相关研究 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
| 作者简历 |
| 已发表论文 |
| 申请专利(申请22 项,授权3 项) |
| 参与科研项目完成情况 |
（6）巴西橡胶树遗传图谱第11号、13号和14号连锁群26个遗传标记的物理定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 橡胶树种质资源和品种选育 |
| 1.2 巴西橡胶树遗传图谱的研究进展 |
| 1.2.1 遗传图谱概述 |
| 1.2.2 遗传标记分类 |
| 1.2.3 巴西橡胶树分子遗传图谱的构建及研究现状 |
| 1.3 细胞遗传图谱的研究进展 |
| 1.3.1 细胞遗传图谱概述 |
| 1.3.2 细胞遗传图谱在植物中的应用 |
| 1.3.3 巴西橡胶树细胞遗传图谱的研究进展 |
| 1.4 分子细胞遗传图谱构建的几种关键技术 |
| 1.4.1 荧光原位杂交的应用及研究进展 |
| 1.4.2 原位PCR技术的研究进展 |
| 1.4.3 植物染色体核型分析 |
| 1.4.4 染色体标本制备方法及研究现状 |
| 1.5 本研究的目的意义与及技术路线 |
| 1.5.1 目的意义 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 生化试剂 |
| 2.1.3 主要器材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 橡胶树染色体标本的制备 |
| 2.2.2 橡胶树基因组DNA的提取及检测 |
| 2.2.3 特异性引物的设计、合成和筛选 |
| 2.2.4 特异性引物的PCR反应体系和扩增程序 |
| 2.2.5 特异性条带回收纯化 |
| 2.2.6 序列比对 |
| 2.2.7 荧光原位杂交探针的制备 |
| 2.2.8 原位PCR操作流程 |
| 2.2.9 荧光原位杂交操作流程 |
| 2.2.10 染色体上信号位点的位置计算 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 巴西橡胶树热研7-33-97基因组DNA的提取和纯度的检测 |
| 3.2 26个遗传标记特异序列的PCR扩增与测序比对结果 |
| 3.3 巴西橡胶树11号连锁群的4个遗传标记的物理定位分析 |
| 3.3.1 M613和MnSoD遗传标记的物理定位结果 |
| 3.3.2 gHbCIR295.PB和gHbCIR636遗传标记的物理定位结果 |
| 3.4 巴西橡胶树13号连锁群的5个遗传标记的物理定位分析 |
| 3.4.1 gHbCIR333遗传标记的物理定位结果 |
| 3.4.2 gHbCIR402和gHbCIR506.L2遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5 巴西橡胶树14号连锁群的9个遗传标记的物理定位分析 |
| 3.5.1 gHbCIR365.L2遗传标记原位PCR检测的物理定位结果 |
| 3.5.2 gHbCIR425遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.3 gHbCIR602遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.4 gHbCIR330和gHbCIR412_493遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.5 gHbCIR261和gHbCIR20.LI遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.6 gHbCIR290和gHbCIR409_415遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6 巴西橡胶树13号和14号连锁群8个遗传标记的双探针物理定位分析 |
| 3.6.1 gHbCIR671.L2和gHb_CIR644遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6.2 gHbCIR631.L2和gHbCIR670.PB遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6.3 gHbCIR686和gHbCIR31遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6.4 gHbCIR682.L2和gHbCIR360遗传标记的物理定位结果 |
| 3.7 巴西橡胶树连锁群的物理定位与其对应染色体的整合 |
| 4 讨论 |
| 4.1 染色体标本制备过程中的优化 |
| 4.2 橡胶树幼叶的采摘和适于制片时间的讨论 |
| 4.3 荧光原位杂交(FISH)注意事项的讨论 |
| 4.4 遗传标记在连锁群与染色体上位置关系的讨论 |
| 4.5 对含有已定位遗传标记的基因组scaffold的染色体归属问题的讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附图1 |
| 附图2 |
| 附图3 |
| 附图4 |
| 附图5 |
| 附图6 |
| 附图7 |
| 附图8 |
| 附图9 |
| 附图10 |
| 附图11 |
| 附图12 |
| 附图13 |
| 附图14 |
| 附图15 |
| 附图16 |
| 附图17 |
| 附图18 |
| 附图19 |
| 附图20 |
| 附图21 |
| 附图22 |
| 附图23 |
| 附图24 |
| 附图25 |
| 附图26 |
| 附录Ⅰ 主要试剂的配制 |
| 附录Ⅱ 缩略语 |
| 附录Ⅲ 项目来源与硕士期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（7）C-MYC在宫颈癌中检测及表达分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 宫颈癌及癌前病变标本收集及组织芯片的制备 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 结果 |
| 1. 宫颈活检组织的HE切片 |
| 2. 宫颈鳞癌的HE切片 |
| 3. 宫颈癌手术标本组织石蜡包埋标本制成组织芯片 |
| 4. 宫颈病变患者的临床资料分析 |
| 5. 宫颈癌患者的临床资料分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 应用免疫组化技术检测宫颈癌及癌前病变中C-MYC的表达及结果分析 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 结果 |
| 1. C-MYC蛋白在不同宫颈上皮组织中的差异性表达 |
| 2. C-MYC蛋白在宫颈癌及癌旁组织中的差异性表达 |
| 3. 各类宫颈上皮组织中C-MYC蛋白的表达情况及分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 应用FISH技术检测宫颈癌组织芯片中C-MYC及其结果分析 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 结果 |
| 1. FISH检测C-MYC基因在宫颈癌及癌旁组织中荧光信号观察结果 |
| 2. 宫颈癌及癌旁组中C-MYC基因的表达情况及分析 |
| 3. 不同临床病理因素对宫颈癌患者C-MYC基因表达的影响及分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 综述 FISH技术在妇科肿瘤中的应用 |
| 参考文献 |
| 缩略词表 |
| 致谢 |
（8）基于重复序列分析的酸黄瓜（Cucumis hystrix Chakr.）分子细胞遗传学及甜瓜属主要物种进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 基因组内的重复序列 |
| 1.1 重复序列的分类 |
| 1.1.1 散在重复序列 |
| 1.1.1.1 DNA转座子 |
| 1.1.1.2 逆转录转座子 |
| 1.1.2 串联重复序列 |
| 1.1.2.1 微卫星重复序列 |
| 1.1.2.2 小卫星重复序列 |
| 1.1.2.3 卫星重复序列 |
| 1.1.2.4 端粒重复序列 |
| 1.1.2.5 核糖体DNA |
| 1.2 重复序列的功能 |
| 1.3 重复序列的应用 |
| 1.3.1 研究物种的起源和进化 |
| 1.3.2 绘制染色体指纹图谱 |
| 1.3.3 染色体识别与核型分析 |
| 2 荧光原位杂交及其在分子细胞遗传学中的应用 |
| 2.1 荧光原位杂交 |
| 2.2 荧光原位杂交探针的类型 |
| 2.2.1 基因组序列探针 |
| 2.2.2 基因组文库探针 |
| 2.2.3 染色体特异性重复序列探针 |
| 2.2.4 单拷贝序列探针 |
| 2.3 荧光原位杂交在分子细胞遗传学中的应用 |
| 2.3.1 基因定位 |
| 2.3.2 染色体鉴别与核型分析 |
| 2.3.3 分子细胞遗传学图谱构建 |
| 2.3.4 分析物种进化及亲缘关系 |
| 2.3.5 植物远缘杂种的鉴定及外源DNA的检测 |
| 3 酸黄瓜研究进展 |
| 3.1 酸黄瓜概述 |
| 3.2 酸黄瓜的分类地位 |
| 3.3 酸黄瓜的研究价值 |
| 3.4 酸黄瓜的研究现状 |
| 4 课题提出 |
| 第二部分 研究报告 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.2 基因组测序 |
| 2.2.3 酸黄瓜基因组重复序列分析 |
| 2.2.4 甜瓜属主要物种基因组重复序列的比较分析 |
| 2.2.5 甜瓜属主要物种基因组中Ty1/Copia和Ty3/Gypsy家族的系统进化分类 |
| 2.2.6 重复序列的分子克隆 |
| 2.2.6.1 引物设计 |
| 2.2.6.2 PCR扩增 |
| 2.2.6.3 琼脂糖凝胶电泳及DNA切胶回收 |
| 2.2.6.4 克隆 |
| 2.2.6.5 质粒提取 |
| 2.2.7 酸黄瓜着丝粒区BAC克隆的筛选 |
| 2.2.8 探针制备 |
| 2.2.9 染色体制片 |
| 2.2.9.1 有丝分裂中期染色体制片 |
| 2.2.9.2 减数分裂粗线期染色体制片 |
| 2.2.10 原位杂交及信号检测分析 |
| 2.2.10.1 原位杂交 |
| 2.2.10.2 洗片及荧光检测 |
| 2.2.10.3 图像检测及分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 酸黄瓜基因组重复序列的组成分析 |
| 3.2 酸黄瓜基因组主要串联重复序列的序列组成及染色体分布模式 |
| 3.3 酸黄瓜近着丝粒BAC克隆的筛选与鉴定 |
| 3.4 酸黄瓜染色体结构组成模式图 |
| 3.5 基于比较FISH的酸黄瓜、黄瓜基因组间重复序列的同源性和进化分析 |
| 3.6 甜瓜属主要物种基因组重复序列的比较分析 |
| 3.7 甜瓜属主要物种基因组中单个重复序列家族的进化动态性 |
| 3.8 甜瓜属主要物种基因组中Ty1/Copia和Ty3/Gypsy家族的系统进化分类 |
| 3.9 甜瓜属主要物种基因组中rDNA的进化分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 重复序列与酸黄瓜基因组 |
| 4.2 酸黄瓜基因组主要串联重复序列的序列组成与进化 |
| 4.3 甜瓜属5个主要物种间的进化分析 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士期间发表的论文 |
| 致谢 |
（9）四种鲍的分子细胞遗传学初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要缩略语 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 鲍类简介 |
| 1.1.1 鲍类的分布 |
| 1.1.2 鲍类的进化研究 |
| 1.1.3 鲍类的核型研究 |
| 1.2 荧光原位杂交技术 |
| 1.2.1 荧光原位杂交技术原理 |
| 1.2.2 荧光原位杂交技术的发展 |
| 1.2.3 荧光原位杂交技术在染色体研究中的应用 |
| 1.3 重复序列在贝类染色体研究中的应用 |
| 1.3.1 核糖体DNA |
| 1.3.2 微卫星序列 |
| 1.4 本文的研究内容、目的与意义 |
| 第2章 四种鲍5SrDNA序列特征分析与染色体定位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要仪器 |
| 2.1.3 主要试剂与试剂盒 |
| 2.1.4 染色体制备 |
| 2.1.5 5S rDNA的扩增与克隆 |
| 2.1.6 探针的制备与纯化 |
| 2.1.7 FISH主要流程 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 5S rDNA的扩增 |
| 2.2.2 5S rDNA的序列特征 |
| 2.2.3 5S rDNA的染色体定位 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 四种鲍18SrDNA的染色体定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 主要仪器 |
| 3.1.3 主要试剂与试剂盒 |
| 3.1.4 染色体制备 |
| 3.1.5 探针的制备 |
| 3.1.6 FISH主要流程 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 18S rDNA片段的扩增及序列比对 |
| 3.2.2 18S rDNA的染色体定位 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 四种鲍微卫星序列的染色体定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 主要仪器 |
| 4.1.3 主要试剂与试剂盒 |
| 4.1.4 染色体制备 |
| 4.1.5 探针的制备 |
| 4.1.6 FISH主要流程 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 微卫星(CA)_n 和(CAA)_n的分布特征 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 四种鲍重复序列的双色FISH定位 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 主要仪器 |
| 5.1.3 主要试剂与试剂盒 |
| 5.1.4 染色体制备 |
| 5.1.5 探针的制备 |
| 5.1.6 FISH主要流程 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 皱纹盘鲍重复序列的双色FISH定位 |
| 5.2.2 绿鲍重复序列的双色FISH定位 |
| 5.2.3 西氏鲍重复序列的双色FISH定位 |
| 5.2.4 杂色鲍重复序列的双色FISH定位 |
| 5.2.5 四种鲍重复序列的FISH定位比较 |
| 5.3 讨论 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在学期间科研成果情况 |
（10）利用piggyBac转座子及CRISPR文库规模化制备突变体鸡的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 鸡生殖系嵌合潜能干细胞概述 |
| 1.1.1 胚盘细胞和胚胎干细胞及应用 |
| 1.1.2 原始生殖细胞及应用 |
| 1.1.3 胚胎生殖细胞及应用 |
| 1.1.4 精原干细胞及应用 |
| 1.2 禽类遗传修饰方法的研究进展 |
| 1.2.1 病毒载体法 |
| 1.2.2 原始生殖细胞法 |
| 1.2.3 转座子高效转座法 |
| 1.2.4 定点基因组编辑法 |
| 1.2.5 体内直接转染法 |
| 1.2.6 制备鸡的遗传修饰模型的意义及应用前景 |
| 1.3 制备高效的生殖系嵌合体的研究进展 |
| 1.3.1 制备高效的生殖系嵌合体的前期探索 |
| 1.3.2 不育受体模型的研究意义及应用 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 菌株、质粒及细胞系 |
| 2.1.2 实验鸡蛋和种母鸡 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.1.4 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 大肠杆菌感受态细胞的制备及DNA转化 |
| 2.2.2 质粒DNA的提取 |
| 2.2.3 原始生殖细胞的分离 |
| 2.2.4 原始生殖细胞的体外培养 |
| 2.2.5 体外培养的原始生殖细胞的特征分析 |
| 2.2.6 G_0代嵌合体鸡的制备与鉴定 |
| 2.2.7 G_1代阳性鸡的筛选与鉴定 |
| 2.2.8 单基因CRISPR/Cas9靶点的设计与突变分析 |
| 2.2.9 全基因组CRISPR/Cas9靶点的设计 |
| 第三章 实验结果与分析 |
| 3.1 利用piggyBac转座子系统制备遗传修饰鸡 |
| 3.1.1 PGCs的分离与培养 |
| 3.1.2 构建piggyBac转座子系统相关质粒 |
| 3.1.3 制备G_0代基因修饰的嵌合体公鸡 |
| 3.1.4 利用G_0代嵌合体获得G_1代遗传修饰鸡 |
| 3.2 利用CRISPR/Cas9技术规模化构建鸡的全基因组突变 |
| 3.2.1 利用CRISPR/Cas9技术在鸡的细胞中实现单基因编辑 |
| 3.2.2 利用生物信息学方法设计针对鸡的全基因组的sgRNA文库 |
| 3.2.3 结合Tet-On调控系统构建piggyBac介导的鸡的CRISPR/Cas9文库 |
| 3.2.4 制备CRISPR/Cas9文库的G_0代嵌合体 |
| 3.2.5 获得CRISPR/Cas9文库的G_1代突变体鸡 |
| 3.3 利用Tet-On与TMP双调控系统制备雄性不育鸡品系 |
| 3.3.1 Tet-On与TMP双调控系统质粒的构建 |
| 3.3.2 Tet-On与TMP双调控系统在PGCs中的应用 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 4.1 PGCs的体外培养 |
| 4.2 可调控的CRISPR/Cas9系统制备规模化突变体 |
| 4.3 利用双调控系统构建雄性不育受体模型 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附表S1 本论文中所用引物序列 |
| 附表S2 G_0代嵌合体中sgRNAs深度测序结果分析 |
| 附表S3 统计文库设计及二代测序检测到的sgRNAs在每条染色体上的分布情况 |
| 个人简历 |
四、荧光原位杂交及其在禽类遗传学中的应用（论文参考文献）
- [1]普通小麦-滨麦衍生系M13063A-1和M13086A的分子细胞遗传学鉴定[D]. 杜少帅. 西北农林科技大学, 2020
- [2]人源TRA2A调控流感病毒宿主适应性的机制研究[D]. 朱银杏. 华中农业大学, 2020
- [3]利用Multi-color FISH建立羊草染色体辨认体系[D]. 孙美萍. 内蒙古大学, 2020(01)
- [4]家禽遗传大数据分析流程构建及人工选择作用分析[D]. 王也. 四川农业大学, 2019
- [5]压力应激导致血糖代谢紊乱的中枢神经环路机制[D]. 贾香连. 中国科学院大学(中国科学院深圳先进技术研究院), 2019
- [6]巴西橡胶树遗传图谱第11号、13号和14号连锁群26个遗传标记的物理定位研究[D]. 陈秋惠. 海南大学, 2019
- [7]C-MYC在宫颈癌中检测及表达分析[D]. 叶敏. 苏州大学, 2019(04)
- [8]基于重复序列分析的酸黄瓜（Cucumis hystrix Chakr.）分子细胞遗传学及甜瓜属主要物种进化研究[D]. 杨树琼. 南京农业大学, 2018(07)
- [9]四种鲍的分子细胞遗传学初步研究[D]. 王铜毅. 集美大学, 2018(01)
- [10]利用piggyBac转座子及CRISPR文库规模化制备突变体鸡的研究[D]. 高菲. 中国农业大学, 2017(05)