一、遗传连锁图谱及其在鱼类遗传育种中的应用（论文文献综述）
周欣,高风英,卢迈新[1]（2021）在《鱼类抗病育种研究进展》文中研究表明随着水产养殖模式从粗放型转变为集约型,鱼类病害问题日益突出,培育优良的抗病品种可以有效解决和减少病害问题。本文主要综述了近年来鱼类抗病育种工作,包括家系与群体选育、分子标记辅助选育、全基因组选育及MHC基因多态性与抗病相关性的研究进展,家系与群体选育作为选择育种的重要手段之一,已经广泛应用于多种鱼类的抗病育种工作中,分子标记辅助选育和全基因组选育等手段的提出推动了水产领域抗病育种研究的进步,而与抗病表型相关联的鱼类MHC基因的高度多态性,使其在作为抗病育种分子标记候选基因方面备受关注。同时指出了抗病育种研究中存在的问题和不足,并对未来鱼类抗病育种的前景进行了展望,旨在为鱼类的绿色健康养殖提供参考。
陈军平,胡玉洁,王磊,田雪,李学军[2]（2020）在《鱼类遗传连锁图谱构建及QTL定位的研究进展》文中研究说明随着水产养殖业的快速发展,其已成为我国农业的重要组成部分,全国鱼类养殖产量呈不断上升态势。但是,近些年随着鱼类野生资源的减少和长期人工繁殖,养殖品种出现了种质资源退化、生长速度慢、饲料转化率低、抗逆性差等现象[1]。针对这些问题,通过遗传育种手段,选育出优良品种,提高品质是解决此问题的重要手段之一[2]。随着分子生物学和基因组学的快速发展,构建高密度的遗传连锁图谱,有效利用与数量性状相关的分子标记,并结合标记辅助育种从而选育出生长速度快、品质优、抗逆性好的新品种可以有效地促进鱼类养殖产业的健康可持续发展。
李泽[3]（2020）在《翘嘴鳜高密度遗传图谱的构建、经济性状QTL定位及其相关分子标记的挖掘》文中提出翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）是我国重要的淡水经济鱼类,主要分布于中国、越南、韩国等东亚国家,长久以来,一直被作为这些地区的名贵食用鱼类。翘嘴鳜在我国已有二十多年的规模养殖历史,近年来随着养殖规模的不断扩大,其种质退化比较严重,表现为生长速度减慢、抗病力低、性早熟等生物学特点,尤其该鱼传染性脾肾坏死病（ISKNV,infectious spleen and kidney necrosis virus）的流行,加大了鳜鱼养殖业的养殖风险,给养殖业带来了巨大的经济损失。本实验通过SLAF-seq（Specific-Locus Amplied Fragments Sequencing）技术批量开发 SLAF标记,并以此为基础构建了翘嘴鳜高密度遗传连锁图;进行了生长、抗ISKNV和性别决定等经济性状的QTL（quantitative trait locus）定位;开展了对相关性状SNP（Single nucleotide polymorphism）分子标记的筛选、鉴定以及将遗传图谱QTL区间与全长转录组DEG文库进行比对。本实验结果将为翘嘴鳜的分子选育工作提供一定的理论指导。1.基于SLAF-seq技术的翘嘴鳜遗传图谱的构建与评估以前期群体选育出的抗ISKNV性成熟个体作为父本和野生性成熟个体作为母本构建F1代家系,随机选取其中160尾子代和亲本共162尾个体作为作图群体,基于SLAF-seq技术构建翘嘴鳜遗传图谱。SLAF测序共获得744.24 M reads（182.92 G）,共开发获得SLAF标记208,841个,其中多态性SLAF标记18,418个,多态性比例达到8.82%;有12,365个标记成功进行基因型编码,其分离类型为 abxcd、efxeg、abxcc、ccxab、hkxhk、lmxll 和 nnxnp。筛除质量低、缺少亲本信息、严重偏分离等不适合构建图谱的标记,得到可用于作图的SLAF标记6,150个,过滤掉与其它SLAF标记的LOD值小于4的标记,最终共上图2,344个SLAF标记,上图标记的亲本平均测序深度为189.38X,子代平均测序深度34.94X,上图标记完整度为99.88%。翘嘴鳜遗传图谱共由24个LG组成,总图距为3,268.00 cM,平均图距2.34 cM。其中,最大的LG是LG22,其包含184个标记,图距长226.23cM;最小的LG是LG14,仅包含40个标记,图距长39.12 cM。雌性图谱包含1269个SLAFs,总图距2909.55cM;雄性图谱包含1500个SLAFs,总图距3,196.49 cM。本次构建的遗传图谱将为翘嘴鳜分子标记辅助育种工作提供一定的理论依据。2.翘嘴鳜作图群体的表型数据统计与经济性状QTL定位以构建的遗传图谱为基础,分析作图群体的免疫、生长以及性别性状,结果显示:共检测到11个与生长性状相关的QTL,其中,调控体重、全长、体高和体壳重性状的QTL均为1个,全部位于LG14;检测到3个调控体厚性状的QTL,分别位于LG11与LG18;检测到4个调控体长性状的QTL,分别位于LG2、LG14和LG24。检测到2个抗ISKNV相关性状的QTL分别位于LG18和LG21。共检测到2个参与性别决定的QTL,均位于LG23。在上述15个QTL中,与体宽性状相关的QTL区间内标记最多,共有7个SLAF标记;而与体长性状相关的QTL区间内标记最少,只有1个SLAF标记;与体高、体壳重、体长、全长和体重性状相关的QTL主要集中在LG14上,且这5个QTL有一段重叠区域（5.255-5.255 cM）;在这15个QTL中,关于调控体重和体壳重性状的QTL贡献率较高,分别为31.6和32.2。本实验结果将为翘嘴鳜遗传育种提供一定的理论依据。3.翘嘴鳜遗传图谱QTL区间中免疫和生长相关SNP分子标记的挖掘对翘嘴鳜QTL区间中的34个SNP位点进行引物设计,并在作图群体亲本基因组中进行PCR扩增,最终有16个位点成功扩增出目的条带,并在父母本中表现出多态性。采用KASP（Kompetitive Allele Specific PCR）基因分型技术进行检验,有13个SNP位点成功分型,其中1 1个位点在验证抗ISKNV相关性的300尾翘嘴鳜群体（150尾抗ISKNV,150尾易感）中表现出多态性;9个位点在验证抗ISKNV相关性的300尾翘嘴鳜群体中表现出多态性。经过统计学分析发现:Marker23012-2、Marker23657-1 和 Marker72680 与抗 ISKNV 性状极显着相关（p<0.01）,Marker28932位点的等位基因频率与抗ISKNV性状显着相关（p<0.05）;Marker23657-1 位点与体重极显着相关（p<0.01）,Marker23012-2 位点和体重极显着相关（p<0.01）,与体长显着相关（p<0.05）。这些SNP标记可以为翘嘴鳜的分子标记辅助育种工作提供一定的基础。另外,为了在无参考基因组条件下,在翘嘴鳜连锁图谱上进一步挖掘与经济性状相关的候选基因,将ISKNV刺激下筛选获得的大批量全长转录组差异表达基因的序列信息与遗传连锁图谱QTL区间的标签序列信息进行blast比对分析,结果显示:有273个差异表达基因定位在QTL区间的10个Marker上,其中,有13个差异表达基因定位在抗ISKNV性状相关QTL区间中的Marker65999和Marker52563位点上,这为翘嘴鳜抗ISKNV的分子标记开发和抗ISKNV选育提供了有价值的信息。
刘加林[4]（2020）在《太湖鲂鲌的遗传特征分析及其高密度SNP遗传连锁图谱构建》文中提出本研究以经两代群体选育和两代异源雌核发育诱导的翘嘴鲌（Culter alburnus）为母本,连续三代群体选育的三角鲂（Megalobrama terminalis）为父本,通过远缘杂交获得杂交子代,经全国水产原种和良种审定委员会审定为太湖鲂鲌（Culter alburnus♀×Megalobrama terminalis♂）新品种（GS-02-001-2017）。该杂交鱼具有双亲的优良特性,如生长快、饲料转化率高、体型适中、抗逆性强等特点。目前国内外关于鱼类属间杂交品种的遗传育种研究相当有限,而太湖鲂鲌的遗传改良研究更是少有报道。因此,本论文首先对太湖鲂鲌的形态特征及其GH基因进行遗传分析,而后构建太湖鲂鲌的高密度遗传连锁图谱和生长相关性状的QTL定位研究,从而积累该鱼的遗传背景知识,为解析其候选基因和SNPs标记的分子网络调控机制打下坚实基础,对今后该鱼遗传改良具有重要的指导作用,这也为太湖鲂鲌繁养殖业可持续发展提供一定的理论依据。主要研究结果如下:1.太湖鲂鲌的形态特征分析通过对太湖鲂鲌（翘嘴鲌♀×三角鲂♂,正交F1）、反交F1（翘嘴鲌♂×三角鲂♀）及其双亲的形态进行观察和测量,对4个群体的可数性状、可量性状和框架性状比例参数进行多元统计分析。结果表明:（1）太湖鲂鲌与反交F1体型均较长,呈侧扁状,皆与翘嘴鲌相似,但是体高均较翘嘴鲌有明显的增加;肠管都具有两个弯曲,太湖鲂鲌肠管约为体长的1.88倍,反交F1肠管约为体长的2.05倍,均与翘嘴鲌相似;太湖鲂鲌下咽齿3行（2.4.4/5.4.2或2.4.5/4.4.2）,齿端呈钩状,与母本翘嘴鲌相似;反交F1代下咽齿3行（2.4.4/5.4.2或2.4.5/4.4.2）,齿型与父本翘嘴鲌相似。（2）太湖鲂鲌与反交F1的侧线鳞数、侧线上鳞数均居于各自亲本之间（P<0.05）,侧线下鳞数、胸鳍分枝鳍条数、第一鳃耙数（外侧）均明显多于各自亲本（P<0.05）;臀鳍分枝鳍条数在四个群体中虽较为相似,但也呈现显着差异（P<0.05）;太湖鲂鲌、反交F1及翘嘴鲌的第一鳃耙数（内侧）均明显少于三角鲂（P<0.05）。太湖鲂鲌的14个可数性状的平均杂交系数为87.70,表明太湖鲂鲌的可数性状特征偏向于父本;反交F1的14个可数性状的平均杂交系数为-9.76,表明反交F1的可数性状特征偏向于母本。（3）5个主成分分析结果显示:对不同群体间总变异方差的贡献率分别为49.271%、10.680%、10.512%、7.091%和4.409%,累计贡献率为81.963%。（4）全部29个变量判别分析结果显示:翘嘴鲌、三角鲂、太湖鲂鲌的判别准确率均为100%,反交F1的判别准确率为96.7%,有1个样本误判为太湖鲂鲌,综合判别准确率为99.1%。（5）对翘嘴鲌和三角鲂亲本及其杂交后代的9个可量性状的比例参数和20个框架数据的比例参数使用欧氏距离的最短距离进行聚类分析可知,太湖鲂鲌与反交F1的亲缘关系较近,较翘嘴鲌的距离比三角鲂的距离近,结果表明正反交子代的主要形态特征均接近于翘嘴鲌。2.太湖鲂鲌与亲本及自交F2代GH基因的比较分析采用PCR及T-A克隆技术,从基因组DNA成功克隆三角鲂、太湖鲂鲌和太湖鲂鲌自交F2代含完整阅读框的生长激素基因全序列,经测序拼接获得序列全长分别为6009bp、6042bp和6058bp,转录单元长分别为2049bp、2014bp和2045bp。三种鱼群体GH基因序列均包括五个外显子、四个内含子及5′侧翼区和3′侧翼区;编码氨基酸序列均为633bp,编码210个氨基酸。经序列对比发现,太湖鲂鲌在第5外显子发生的2处差异位点导致其编码的氨基酸发生了改变;在第一、二内含子中,太湖鲂鲌主要遗传于父本三角鲂;在第三、四内含子中,太湖鲂鲌主要遗传于母本翘嘴鲌。同源性比对发现,太湖鲂鲌与亲本及团头鲂（Megalobrama amblycephala）的相似度最高,其次为鲤形目（Cypriniformes）其它鱼类,与鲇形目（Siluriformes）的同源性明显高于鲈形目（Perciformes）。系统进化树发育结果显示,太湖鲂鲌与鲤形目鱼类遗传距离相对最近,其次为鲇形目,以100%的置信度形成完整的一支,鲈形目中的褐石斑鱼（Epinephelus bruneus）单独组成一支,另外三种鱼类组成另一支。3.太湖鲂鲌高密度遗传连锁图谱的构建及生长相关性状的QTL定位首先通过差异SNP聚类分析、系统进化树构建及主成分分析证明太湖鲂鲌自交F2代群体适于用作遗传图谱的构建;然后利用2b-RAD技术构建了太湖鲂鲌的高密度遗传连锁图谱。该遗传图谱总长度为1825.52 c M,平均标记间隔为0.76 c M。比较基因组图谱显示,太湖鲂鲌染色体上唯一映射到团头鲂基因组中的同源标记显着多于与斑马鱼和鲤鱼之间的映射标记。基于遗传图谱,在9个连锁群上检测到27个与生长性状相关的QTLs,并且解释的表型方差（PVE）的贡献值范围为9.4%～24%,LOD得分范围为2.15～5.96。在6个生长相关性状（体长、全长、体重、体高、头长和尾柄长）中,体重相关QTL（LOD=5.4）最为显着,分别映射到1、2、6和18四个连锁群中。以P<0.01和P<0.05作为差异显着性阈值对该6个生长相关性状进行单个SNP位点的关联分析发现,在两种差异显着性阈值下,体重性状所检测得到的SNP位点均为最多,说明该经济性状与鱼类的快速生长密切关联。
李杰[5]（2020）在《瓦氏黄颡鱼高密度遗传连锁图谱的构建及生长、性别和耐低氧性状QTL定位研究》文中研究说明瓦氏黄颡鱼（Pelteobagrus vachelli）是黄颡鱼属（Pelteobagrus）中个体最大的种类,与黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）并为该属具有经济价值的两个物种,具有生长速度快、抗病力强等优点,在水产养殖业上具有巨大潜力。瓦氏黄颡鱼为经全国水产原种和良种委员会审定后的水产新品种杂交黄颡鱼“黄优1号”（GS-02-001-2018）的父本,但该鱼在种质改良方面的研究明显较母本黄颡鱼滞后。近年来,在瓦氏黄颡鱼繁养殖规模迅速扩大的同时,存在着诸多种质退化问题,如不耐低氧和生长速度下降等,这些问题严重制约了瓦氏黄颡鱼繁养殖产业的可持续发展。因此,本论文基于dd RAD-seq技术构建了瓦氏黄颡鱼高密度遗传图谱,并对生长、性别和耐低氧相关数量性状位点（QTL）和候选基因进行了定位与验证。以期为瓦氏黄颡鱼良种选育和分子标记辅助育种提供遗传基础,同时可为杂交黄颡鱼“黄优1号”规模化杂交制种打下坚实的基础。研究结果主要分为以下4个部分:1.瓦氏黄颡鱼高密度遗传连锁图谱的构建以200尾瓦氏黄颡鱼全同胞F1代家系和双亲为作图群体,采用dd RAD-seq技术批量挖掘和开发SNP标记,构建了一张高分辨率瓦氏黄颡鱼遗传图谱。该图谱包含5059个分离的SNP标记,定位在26个连锁群（LGs）上（与瓦氏黄颡鱼染色体数目一致）,总长度4047.01 c M,平均标记间隔0.11 c M。与同属近缘物种黄颡鱼比较基因组学分析结果显示,3879个（76.7%）标记定位到黄颡鱼参考基因组上,与黄颡鱼的参考基因组染色体之间存在近1:1的关系,表明该图谱具有较高的可信度。2.瓦氏黄颡鱼生长、性别和耐低氧性状QTL定位在构建的瓦氏黄颡鱼遗传图谱的基础上,分别进行了生长、性别和耐低氧性状QTL定位。共定位到了47个生长性状相关QTLs,包括11个比例性状相关QTLs（1个GW QTL和10个CW QTLs）和36个表型性状相关QTLs（4个GW QTLs和32个CW QTLs）,其中有18个QTLs（4个GW QTLs和14个CW QTLs）定位在LG3和LG14上,暗示这两条LGs可能包含生长调控基因。在其性别QTL定位中,共定位到了6个性别相关QTLs,包括2个GW QTLs和4个CW QTLs,分布于LG14、LG21和LG24上。在耐低氧性状相关QTL定位中,共定位到11个耐低氧相关QTLs,包含1个GW QTL和10个CW QTLs,分布在7个LGs（LG4、LG5、LG10、LG12、LG19、LG21和LG23）上。3.瓦氏黄颡鱼生长和耐低氧性状候选基因的鉴定及验证通过与黄颡鱼参考基因组共线性分析,对GW QTLs区间内的候选基因进行了鉴定和验证。结果表明生长候选基因皮皮质类固醇11β-脱氢酶同工酶2（hsd11b2）和诱导增殖相关的1-样蛋白1（sipa1）在生长快速的瓦氏黄颡鱼组肝脏和脑组织的表达显着高于生长缓慢瓦氏黄颡鱼组（P<0.05）;在肌肉组织中,sipa1基因在生长缓慢的个体中的表达量显着低于生长速度快和中等的个体（P<0.05）。在瓦氏黄颡鱼脑和肝组织中,耐低氧候选基因脑信号蛋白-7A（sema7a）在缺氧和复氧阶段m RNA水平均发生显着变化（P<0.05）,在缺氧1.5 h后在肝脏和大脑均达到峰值,并在整个恢复过程中保持较高水平。4.瓦氏黄颡鱼生长、性别和耐低氧性状QTL区间内SNPs的验证为评估定位的QTLs准确性,从4个生长相关GW QTLs和1个耐低氧相关GW QTL中挑选8个SNP标记在另一瓦氏黄颡鱼全同胞家系200尾个体中进行KASP验证,结果显示:1个比例性状、6个生长表型性状和1个耐低氧相关的验证位点与其对应的性状均显着相关（P<0.05）。从2个性别相关GW QTLs挑选了12个SNP标记（2个hkxhk型、6个lmxll型和4个nnxnp型）在另一瓦氏黄颡鱼全同胞家系200尾和野生群体48尾中进行验证,结果显示hkxhk型和nnxnp型标记与性别显着相关（P<0.05）,lmxll型标记与其性别关联不显着。且所有标记在野生群体中的验证率均低于200尾全同胞群体,表明该图谱中性别相关标记适用于作图家系,但是对于其他家系的适用性有所下降。
张猛[6]（2019）在《草鱼高密度遗传连锁图谱构建及生长性状和肌肉营养成分QTL定位》文中研究表明草鱼（Ctenopharyngodon idella）是我国重要养殖鱼类之一,其产量居于我国乃至世界淡水养殖产量首位。利用草鱼高密度遗传连锁图谱进行数量性状座位（quantitative trait locus,QTL）定位是一种快速、有效地开发经济性状相关标记的方法。草鱼首张遗传连锁图谱已于2010年发表,但关于草鱼经济性状QTL精准定位的工作尚未开展。本研究利用高通量测序数据,构建了草鱼首张高密度遗传连锁图谱,并对部分生长性状和肌肉营养成分进行QTL定位;利用极端体质量个体进行混池转录组测序,对体质量性状进行初步定位。本研究旨在筛选出草鱼生长性状和肌肉营养成分相关标记和基因,以期为草鱼分子标记辅助选择（marker assisted selection,MAS）育种提供参考,主要研究内容如下:1.草鱼高密度遗传连锁图谱构建对草鱼F1作图家系进行简化基因组GBS（genotyping by sequencing）测序,构建一张草鱼高密度遗传连锁图谱,以期为后续草鱼幼鱼经济性状QTL精准定位提供参考。利用自主研发的12个微卫星标记对草鱼子代家系信息进行鉴定,选取家系2（2个亲本,185个子代）为作图群体。GBS测序共获得2,608,276,786 clean reads（过滤后数据平均clean reads为13,948,004,平均Q30和GC含量分别为95.68%和46.51%）。参考草鱼雌性基因组,使用Samtools和GATK对测序质控结果进行SNP分型,取两者交集共21,733个多态性SNPs,经后续严格过滤,最终用3,979个SNPs标记构建了草鱼高密度遗传连锁图谱。该高密度图谱共24个连锁群（linkage,LG）,总长度为1,752.74 cM,标记间平均距离为0.440 cM;各连锁群上标记数介于46-232（LG2最多,LG9最少,平均165.79）;各连锁群总长度介于46.773-127.050 cM（LG2最长,LG18最短,平均73.031 cM）;各连锁群中标记平均间隔为0.263-2.106 cM（LG9最大,LG24最小,平均0.44 cM）;各连锁群中最大间隔介于2.161-35.133 cM（LG2最大,LG23最小,平均7.867 cM）;各连锁群上标记间隔小于5 cM的比例介于93.48-100%,平均99.27%。2.10月龄草鱼生长性状QTL定位利用构建的高密度遗传连锁图谱对10月龄草鱼的5个生长性状进行QTL定位,共检测出5个生长性状显着相关的35个QTLs。13个QTLs与10月龄草鱼体质量性状显着相关,LG7、LG11、LG20和LG23中各有1个可分别解释13.6%、9.7-12.8%、30.8%和17.1%表型变异的QTL,LG19中有9个QTLs可解释8.3-20.5%的体质量变异;其中,qBWE19-3和qBWE20-12可分别解释20.5%和30.8%的体质量变异。8个QTLs与体长性状显着相关,其中6个（qBL11-1、qBL19-4、qBL19-5、qBL19-6、qBL19-7和qBL23-8）与体质量显着相关的QTLs重叠,其余2个QTLs分别位于LG11和LG13、解释14.3%和9.1%表型变异。与体高显着相关的10个QTLs中,除了qBH19-7以外,其余9个均与体质量相关QTLs重叠（其中4个同时与体长相关QTLs重叠）;此外,qBH20-10可解释32.8%体高变异。与体宽显着相关的qBWI7-1与qBWE7-1重叠,另一个QTL位于LG16（可解释10.1%表型变异）。与肥满度性状显着相关的2个QTLs不与其他重叠,分别位于LG18的12.413 cM和13.601 cM处,可分别解释13.1%和11.1%的表型变异。3.10月龄草鱼肌肉营养成分QTL定位利用高密度图谱对10月龄草鱼的13种肌肉营养成分进行QTL定位,6种肌肉营养成分（羟脯氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、苯丙氨酸、丝氨酸和苏氨酸含量）未检测到显着相关QTLs,其他7种肌肉营养成分共检测到47个显着相关QTLs、包含71个SNPs。草鱼肌肉营养成分显着相关的47个QTLs中,与粗脂肪、粗蛋白、精氨酸、组氨酸、赖氨酸、脯氨酸和缬氨酸含量相关的QTL分别为14、7、15、2、3、2和4个。14个粗脂肪相关的QTLs分别定位于LG4（1个）、LG7（2个）、LG14（6个）、LG16（2个）和LG21（3个）中,可解释8.3-21.5%的表型变异,其中qCF4-1和qCF14-5可分别解释21.5%和21.1%表型变异。粗蛋白相关的1个QTLs位于LG5,可解释9.7%的表型变异;其余6个QTLs位于LG22,可解释8.8-21.8%的表型变异;其中,qCP22-3可解释14.9-21.8%表型变异。精氨酸相关15个QTLs分别位于LG1（1个）、LG4（2个）、LG12（11个）和LG13（1个）,可解释8.6-45.9%的表型变异,其中qArg4-3和qArg13-15可分别解释45.2-45.9%和24.0%的表型变异。2个组氨酸相关QTLs分别位于LG8和LG11,分别解释30.0%（qHis8-1）和11.1-11.3%的表型变异。赖氨酸相关的2个QTLs位于LG12,可解释9.9-12.4%表型变异;位于LG13的QTL（qLys13-3）可解释28.7%的表型变异。2个脯氨酸相关QTLs分别位于LG13和LG19,分别解释15.9%和9.1%表型变异。4个缬氨酸相关QTLs分别位于LG4、LG12、LG14和LG24,可解释8.5-19.3%的表型变异。4.10月龄草鱼生长相关插入/缺失位点筛选及图谱定位本课题组前期在利用SSR标记对草鱼生长性状进行QTL分析时,在第1代遗传连锁图LG15中定位到1个与体质量相关的QTL,而该QTL跨越草鱼全基因组3个scaffolds（拼接序列）。本研究基于以上相关序列,通过短片段重复序列（short tandem repeat,STR）分型技术对插入/缺失型变异位点进行筛选,进而对高密度图谱进行位点补充和加密。结果发现:（1）草鱼3个scaffolds中85个插入/缺失型突变位点中有41个为SSRs,8个位点设计引物不成功,设计的36对引物均能扩增和分型成功;（2）直接测序结果表明STR分型技术不仅可准确对插入/缺失型突变位点进行分型,同时可降低分型成本;（3）这36个位点在野生群体中的平均Ne、Ho、He和PIC分别为1.4976、0.3190、0.2970和0.2349;（4）仅有7个位点在选育群体中具有多态性,将7个多态性位点与323尾10月龄草鱼生长性状进行关联分析,发现除位点ID-10H和ID-41F以外,其余5个位点都与10月龄草鱼的一个或多个生长性状显着相关（P<0.05）,其中ID-6H与肥满度性状显着相关（P<0.05）、位点ID-11F、ID-15F、ID-32F和ID-39F与草鱼幼鱼体质量、体长、体宽或体高性状显着相关（P<0.05）;（5）对7个多态性位点进行图谱定位,最终将其定位于草鱼高密度图谱的LG15中。综上,利用STR分型技术可降低草鱼插入/缺失型位点验证,以上生长相关位点可为草鱼MAS育种提供参考。5.利用混池转录组测序技术挖掘10月龄草鱼体质量性状相关标记和基因选取10月龄草鱼家系中体质量极端个体,利用混池转录组测序分析（bulked segregant analysis by RNA-seq,BSR-seq）对体质量性状进行初步定位,挖掘10月龄草鱼体质量相关的分子标记和基因。对6个混池组（极大、极小各3组）总RNA进行检测,发现各组总RNA的OD280/260、RIN值、28S:18S和总量分别介于1.85-1.94、6.8-7.4（>6.5）、1.1-1.9（>1）和5.24-7.75 ng（>2 ng）,满足建库要求。混池转录组测序得到各组的原始数据量、GC含量和Q30比例分别介于6.9560-8.0913G、47.02-48.73%和90.30-91.34%,各组有效数据的86.60-89.23%能比对到雌性草鱼基因组上;对体质量大、小组间的525个差异基因进行GO和KEGG富集分析,GO富集筛选出骨骼肌组织发育、骨骼肌器官发育、横纹肌组织发育、肌肉组织发育、肌肉器官发育、肌肉结构发育等31个显着富集（p-classicFisher<0.05）的GO条目,KEGG富集显示这些差异基因显着富集（qvalue<0.05）于肌动蛋白细胞骨架调节、mTOR信号通路等12个KEGG代谢通路。此外,利用欧式距离算法对体质量差异组合进行初步定位,共得到171个候选区间,对区间进行注释,得到164个候选基因;结合上文差异基因分析,共筛选出8个体质量相关的候选差异基因,其中6个有对应基因注释（AKT1S1、SVIL、CMYA5、EIF4G1、Pdlim5和Myosin heavy chain）。本研究利用混池转录组测序技术挖掘出一批与草鱼体质量相关的候选标记和基因,可为草鱼进一步图谱加密和验证提供参考。
方敏[7]（2019）在《微卫星标记在鳙群体遗传、亲子鉴定及关联分析中的应用》文中提出鳙（Hypophthalmichthys nobilis）是我国四大家鱼之一,主要分布于长江流域和珠江流域以及一些附属淡水湖泊中,长江是鳙的主要产卵地和种质资源储藏库。由于长江水利工程、环境污染和围湖造田、过度不合理捕捞等各种原因的影响,长江流域鳙的种质资源持续衰退,主要表现在群体数量显着减少,群体结构不断简单化,天然苗种数量也在锐减。增殖放流虽然在一定程度上能有效补充长江鳙苗种资源和满足生产上苗种供应的要求,但是在长期的鳙人工繁殖过程中,由于缺乏科学系统的管理、合理的保种措施和繁殖亲本群体过小等原因导致的近亲繁殖和繁殖个体小型化、低龄化等问题突出,使得鳙的优良生长性状和抗病抗逆能力等不断降低的种质衰退越来越严重。因此,迫切需要对繁殖场鳙亲本的遗传多样性进行研究,并采用有效育种方法培育出具有优良性状的鳙新品种是保持其种质资源可持续利用的有效途径。微卫星（Microsatellite）存在于真核生物基因组中的非编码区,具有高度多态性和共显性等特点。本研究以鳙为主要研究对象,开展了微卫星分子标记的开发、多重PCR体系的构建、跨物种扩增、亲子鉴定和与早期生长性状关联性分析等研究,以期为鳙的遗传多样性研究和分子标记辅助育种提供技术辅助。首先本实验基于鳙转录组数据共开发出能够稳定扩增的微卫星分子标记35对,在24个鳙野生个体中,等位基因（Na）、观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）的范围分别是2-11、0.083-1.000和0.082-0.858,其中22个位点满足哈迪温伯格平衡,说明这些位点可用于鳙的遗传多样性研究。并借助新开发的微卫星分子标记和已发表鳙遗传图谱中的位点对应的核苷酸序列重新设计的引物,构建了鳙3组微卫星的4重PCR体系。其次将新开发的3组微卫星体系应用于鲢（H.molitrix）鳙的跨物种扩增和鳙的亲子鉴定。在跨物种扩增实验中,涉及的12个微卫星位点呈现较高位点多态性（鲢鳙的PIC均值分别为0.75和0.69）,群体遗传变异分析和结构分析的结果都能明显区分种间差异,表明该研究所构建的微卫星多重PCR体系可用于鲢鳙的遗传变异等研究。在鳙的真实亲子鉴定分析中,在12对亲本的设计下,模拟鉴定成功率可达96.88%;位点累积关系分析结果表明在使用8个位点时能达到90%的亲子鉴定成功率,随位点数量的增加鉴定成功率趋于稳定。最后根据已有鳙遗传连锁图谱QTL位点所在连锁群（LG9和LG17）上的位点重新设计48对微卫星引物,并与鳙育种材料F1代192尾个体的10月龄生长性状进行了关联分析,通过一般线性模型分析（GLM）获得了 8个与鳙早期生长显着相关的微卫星位点（P<0.05）,其中位点ArGT595和位点Hysd85-1分别与4个和3个生长性状相关联。总而言之,该研究基于鳙微卫星标记开发、多重PCR体系构建和应用研究,丰富了鳙群体遗传分析、亲子鉴定和关联位点筛选等研究手段及数据,可为鳙的种质资源保护和选育提供技术支持。
陈松林,徐文腾,刘洋[8]（2019）在《鱼类基因组研究十年回顾与展望》文中认为本文回顾了我国鱼类基因组研究从无到有、从小到大的十年发展历程。分别介绍了我国在鱼类BAC文库构建、高密度遗传连锁图谱构建与QTL定位、全基因组测序和精细图谱绘制、基因组选择育种和基因组编辑等方面取得的重要进展和成果。结合国际上鱼类基因组研究进展,通过分析、比较指出,从2008—2013年,我国鱼类基因组研究在国际上处于全面跟跑状态,从2014—2018年,我国水产科学家奋起直追,加快鱼类基因组研究步伐,在短短5年内,在国际顶级刊物Nature Genetics、Nature上相继发表了半滑舌鳎、鲤、草鱼、牙鲆和海马等养殖鱼类的基因组精细图谱,使我国鱼类基因组研究在国际上从全面跟跑进入跟跑、并跑、领跑并存状态,特别是在个别方向和少数种类上实现了领跑。同时,指出了我国现阶段鱼类基因组研究与应用方面存在的不足和问题,并展望了我国鱼类基因组研究今后的发展方向和前景。
孙海林[9]（2018）在《翘嘴鳜生长相关分子标记的挖掘及其与生长的关联分析和在系谱鉴定中的应用》文中研究指明翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）是我国重要淡水经济鱼类。但随着近40年的人工繁殖,其自然种质资源和养殖性状有所下降,呈现生长速率下降及抗病性减弱等问题,严重影响到其养殖效益和产品的质量安全,因此有必要开展相关种质资源保护及优良品种的选育以保障翘嘴鳜养殖业的健康可持续发展。本研究根据实验室前期遗传连锁图谱构建获得的重要生长数量性状位点（QTL）,对翘嘴鳜进行生长相关分子标记挖掘;结合良种选育工作的需要,根据翘嘴鳜生长差异转录组进行SSR新标记的开发,并用于翘嘴鳜选育群体的遗传多样性分析以及选育子代F2的亲权鉴定。主要内容如下:1、鳜生长相关QTL的挖掘—生长激素（GH）基因多态性及生长关联分析性状相关分子标记的筛选,可应用于良种选育过程以提高选育效率。前期研究中本课题组采用dd RAD-Seq技术构建了首张翘嘴鳜高密度遗传连锁图谱,获得与生长显着相关的11个数量性状位点（Quantitative trait loci,QTL）。本研究将此11个位点在NCBI数据库中进行比对,发现其中一个QTL位于生长激素（Growth hormone,GH）基因上。为探讨翘嘴鳜GH基因多态性及其与生长的相关性,本研究克隆了翘嘴鳜GH基因全序列,在小群体中采用直接测序法检测其多态性,共获得32个单核苷酸多态性（SNP）和1个“AG”简单序列重复（SSR）。选取其中的8个SNPs（G1G8）和1个SSR（GH-AG）,于翘嘴鳜大群体中进行基因分型和生长性状的关联分析。结果显示,G1G3和GH-AG 4个位点与翘嘴鳜的生长性状显着关联（P<0.05）,其中G1、G3和GH-AG分别与多个生长性状极显着相关（P<0.01）;另外,G1G3 3个SNPs形成了4种有效双倍型,在全长、体重等主要生长性状上表现为D1>D3>D2>D4,且D1极显着高于D4（P<0.01）。研究结果显示翘嘴鳜GH基因上的G1G3和GH-AG 4个多态性位点与生长性状显着相关,均可作为候选分子标记应用于翘嘴鳜的良种选育。2、翘嘴鳜生长转录组测序及SSR新标记的开发利用高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500对3尾极大和3尾极小翘嘴鳜个体的肌肉组织进行转录组测序及数据组装和分析,并对获得的unigene进行SSR分析。测序共获得41533 736条clean reads,组装为138 728条平均长度为808.94bp的非冗余unigene,其中57009条（41.09%）unigene至少于四个蛋白数据库（Nr、Swissprot、KEGG和COG）中的一个库内获得注释,7125条（5.14%）unigene在4个蛋白数据库中均得到注释。采用Misa、mreps和trf软件对上述138 728条unigene进行检索,3个软件均能检索到的SSR位点有4692个。这些SSR位点分布于4662条unigene中,出现频率为3.36%,以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复基元,分别占总微卫星的62.66%、24.87%、10.83%。其中二核苷酸重复基元SSR又以AC（CA）/GT（TG）为优势重复基元,三核苷酸重复基元则以AGG（GGA、GAG）/CCT（CTC、TCC）为主。使用Primer 5.0对这4962条微卫星序列进行引物设计,随机选取80对进行扩增有效性和产物多态性检验。结果显示有41对引物可扩增到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为51.25%;其中23对可扩增获得稳定可重复的多态性产物。利用此23个SSR位点对24份翘嘴鳜材料进行遗传参数分析,期望杂合度（He）和多态信息含量（I）分别为0.1980.888和0.1750.857。本研究结果表明,翘嘴鳜转录组测序产生的unigene信息既可实现批量功能基因的挖掘,也可作为SSR标记开发的有效来源;新开发的翘嘴鳜SSR位点可应用于翘嘴鳜的遗传多样性分析、种质资源保护以及遗传育种等研究。3、翘嘴鳜选育群体F1、F2两代的遗传多样性分析及子代F2的亲权鉴定本研究以上述筛选获得的9个高多态性SSR标记对选育群体F1代及其子代F2个体进行遗传多样性分析,并对F2代的8个混合家系共630尾翘嘴鳜进行亲子鉴定。结果显示筛选获得的9个SSR位点除一个为中度多态性位点外,其余SSR均为高多态性位点（PIC>0.5）。9个SSR位点在820尾亲本和子代中共检测到64个等位基因,平均PIC为0.6604。对F1代亲本及其子代进行遗传多样性分析,发现亲本和子代群体的遗传多样性均较高（He>0.5）。F2子代8个混合家系中,以3、8号混合家系的遗传多样性最高（He分别为0.614和0.618）。利用上述9个微卫星位点对F2子代8个混合家系组合进行亲子鉴定,结果显示当置信度为80%时,对应于组合1、3、4、5、6、7、8、10号家系,鉴定成功率分别为89%、61%、90%、91%、86%、73%、73%和83%。本研究对选育群体F1、F2代进行遗传多样性分析,以及对F2代的亲权鉴定为翘嘴鳜进一步的选育工作方案的确定提供依据。
魏敏[10]（2018）在《半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关QTL定位及免疫相关基因筛选和功能分析》文中研究指明鲆鲽鱼类在形态学分类上隶属鲽形目。其中,半滑舌鳎是我国特有的,温水性近海营底栖生活的海水鱼类,主要分布于我国渤海、黄海等沿海地区,在我国具有极高经济价值和较高的科学研究价值。为了更好的适应底栖生活方式,半滑舌鳎进化发展成为一种具有内脏小,运动少,生长快,占用较少的水体生活空间等生物学特性的鲆鲽鱼类,加之其肉味鲜美,口感爽滑,蛋白质含量高,营养丰富,市场价格高,经济效益好等特点,深受广大海水养殖者的喜爱,成为我国海水养殖的重要经济鱼类。哈维氏弧菌是半滑舌鳎养殖过程中细菌病的主要病原之一,严重影响了半滑舌鳎的经济价值并阻碍了半滑舌鳎养殖业的发展。本论文主要通过对半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关基因座进行定位,对免疫相关基因进行初步筛选及对免疫相关基因进行初步功能研究,以期为解析半滑舌鳎抗病机制提供研究基础。1.半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病QTL定位及抗病免疫相关基因筛选为了方便筛选到与抗病免疫相关的候选基因,在实验室之前的研究基础上,对17号染色体（LG18连锁群）已经定位到的抗哈维氏弧菌病相关区间qE进行加密,在半滑舌鳎加密后的整合（LG18）、雌性（LG18F）、雄性（LG18M）连锁群上定位到11个免疫相关基因座,使得抗病相关区间从原先的7.6 Mb缩小到5.6 Mb。将加密后的区间比对到基因组上,发现其中包含311个推定基因。在GO功能富集过程中共富集到13个相关GO term;在KEGG分析中发现5个与免疫相关通路;最终,结合基因功能分类筛选到12个抗病免疫候选基因,并在后续实验中将对其中2个基因（dctn5和stat5bl）进行了深入的研究。以上结果为半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病的深入研究提供了数据基础。2.半滑舌鳎dctn5基因的克隆和特征分析,及dctn5 tv1在免疫应答反应中的功能初步分析为了探索dctn5在半滑舌鳎免疫应答反应中的功能,本试验克隆和鉴定了半滑舌鳎两个cdtn5转录本（分别命名为dctn5tv1 and dctn5tv2）的全长cDNA。这两个变体是通过可变剪切第一和第二个外显子而产生的。不同组织的qRT-PCR检测结果显示dctn5tv1在免疫相关组织中广泛表达,而dctn5tv2主要在性腺中表达。基于这些,推测dctn5 tv1参与了半滑舌鳎免疫应答反应。因此,检测了在哈维氏弧菌感染后的dctn5tv1的mRNA表达水平,结果显示在半滑舌鳎鳃、肠、脾、肾、皮肤中dctn5tv1 mRNA表达水平显着上调,为dctn5 tv1参与半滑舌鳎免疫应答提供了证据。此外,成功重组表达了 Dctn5tv1蛋白并检测了其体外抗菌活性,结果表明Dctn5tv1对大肠杆菌、无乳链球菌、副溶血弧菌、希瓦氏菌和哈维氏弧菌具有不同的抑菌活性,而对革兰氏阳性菌（无乳链球菌）和革兰氏阴性菌（大肠杆菌）具有较高的体外抑菌活性。重组蛋白Dctn5tv1在体外与细菌的结合试验结果显示Dctn5tv1能够在体外与细菌细胞结合,暗示Dctn5tv1的抗微生物活性可能在与细菌细胞结合后起作用。为探索dctn5在半滑舌鳎抗病中的机制提供了研究基础。3.半滑舌鳎stat5bl基因的克隆、鉴定及在免疫应答反应中的表达模式分析为了分析stat5bl在半滑舌鳎免疫应答反应中的作用,本试验克隆和鉴定了stat5bl全长cDNA。在氨基酸序列的多重比对中,硬骨鱼类中的stat5bl和stat5b基因的氨基酸序列相似性较高。此外,在进化分析中发现在硬骨鱼类中stat5bl和stat5b聚为同一个分支,因此推测在硬骨鱼类中stat5bl和stat5b是同一个基因。使用qRT-PCR检测了其在半滑舌鳎不同组织中的表达分布,结果显示stat5bl mRNA在免疫相关组织肝脏、鳃、皮肤高表达,因此推测stat5bl可能参与了半滑舌鳎抗病免疫反应。为了验证stat5bl在半滑舌鳎免疫应答反应中的作用,检测了哈维氏弧菌感染后stat5bl在免疫相关组织中的表达情况,结果显示stat5bl mRNA在肾脏、鳃、肠、皮肤中均出现上调表达,为stat5bl参与半滑舌鳎免疫应答反应中的推测提供了证据。stat5bl基因在肝细胞中敲降后,对Jak-STAT信号通路上的免疫相关基因的表达产生了相应调控作用。初步阐明了sta5bl基因在半滑舌鳎免疫应答反应中的作用。4.半滑舌鳎r-spondin家族新成员（rspo2l）的分子特征、表达及功能初步分析除了对通过QTL定位筛选的免疫相关基因进行功能研究外,还对本实验室通过转录组分析和文献查阅筛选到的R-spondins家族中rspo2l基因进行了相关的功能研究,我们克隆和鉴定了半滑舌鳎r-spondin家族新成员rspo2l全长cDNA。进化分析表明,rspo2l和rspo2分别各聚为一支,暗示raspo2l和rspo2具有不同的进化地位,进一步说明rspo2l和rspo2是两个独立的基因。在不同组织中rspo2l表达模式结果显示,rspo2l mRNA主要高表达于鳃、皮肤、肝脏中,在其它组织中表达较低。此外,还检测了哈维氏弧菌感染后半滑舌鳎免疫相关组织中rspo2l和其下游基因β-catenin的表达水平,结果显示,rspo2l mRNA在鳃,皮肤,脾脏,肾脏均是上调表达,而在肝脏中是下调表达。此外,下游基因β-catenin的表达趋势与rspo2l的相似,暗示rspo2l与Wnt/β-catenin信号通路可能存在一定关联。此外,成功重组表达了 Rspo21蛋白并检测了其体外的抗菌活性,结果表明Rspo21在体外对大肠杆菌、副溶血弧菌、哈维氏弧菌均没有明显的抑菌活性。基于以上结果,我们推测Rspo21不是直接参与了半滑舌鳎的抗病免疫反应而可能是通过调控Wnt/β-catenin信号通路参与了半滑舌鳎的免疫反应。这些初始结果推动了半滑舌鳎免疫应答反应中rspo2l的功能研究。
二、遗传连锁图谱及其在鱼类遗传育种中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、遗传连锁图谱及其在鱼类遗传育种中的应用（论文提纲范文）
（1）鱼类抗病育种研究进展（论文提纲范文）
| 1 鱼类抗病育种的起源 |
| 2 国内鱼类家系及群体选育研究 |
| 3 鱼类抗病选育的分子标记辅助研究 |
| 3.1 鱼类抗病相关微卫星标记的筛选及QTL定位 |
| 3.2 基于候选基因的鱼类抗病相关SNP标记筛选 |
| 4 候选基因MHC多态性与抗病性的相关性 |
| 4.1 鱼类MHCⅠ 类基因 |
| 4.2 鱼类MHC Ⅱ类基因 |
| 4.3 MHC 基因多态性与鱼体抗病性的关系 |
| 4.3.1 MHC ⅡA基因多态性与抗病性 |
| 4.3.2 MHC ⅡB基因多态性与抗病性 |
| 5 全基因组抗病选择育种研究 |
| 5.1 全基因组测序 |
| 5.2 基于SNP标记的精细遗传图谱构建 |
| 5.3 全基因组抗病育种研究 |
| 5.3.1 基于高通量测序技术的全基因组SNP位点的分型 |
| 5.3.2 全基因组育种值的预测方法 |
| 5.3.3 基于全基因组关联分析筛选抗病相关SNP位点 |
| 5.3.4 基于GWAS的QTL定位 |
| 6 存在问题及展望 |
| 6.1 抗病育种面临的问题 |
| 6.2 未来重点研究方向 |
| 1)鱼类免疫系统的解析。 |
| 2)鱼类全基因结构解析及基因资源的深度挖掘。 |
| 3)加强鱼类抗病性状的遗传解析及分子育种的基础研究。 |
| 4)确定抗病性状遗传和表观遗传调控。 |
（2）鱼类遗传连锁图谱构建及QTL定位的研究进展（论文提纲范文）
| 1 遗传连锁图谱构建 |
| 1.1 DNA分子标记 |
| 1.2 连锁图谱的作图群体 |
| 1.3 鱼类遗传图谱研究进展 |
| 1.3.1 褐牙鲆 |
| 1.3.2 虹鳟 |
| 1.3.3 鲤鱼 |
| 1.3.4 其他重要鱼类 |
| 1.4 简化基因组技术在鱼类基因组学中的应用 |
| 2 鱼类QTL定位研究进展 |
| 2.1 鱼类QTL定位的主要性状 |
| 2.1.1 罗非鱼 |
| 2.1.2 褐牙鲆 |
| 2.1.3 鲤鱼 |
| 2.1.4 其他重要养殖鱼类 |
| 2.2 QTL作图方法 |
| 3 展 望 |
（3）翘嘴鳜高密度遗传图谱的构建、经济性状QTL定位及其相关分子标记的挖掘（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 文献综述 |
| 1. 翘嘴鳜养殖产业存在的病害问题 |
| 2. 遗传图谱构建 |
| 2.1 遗传图谱构建的原理及发展 |
| 2.2 遗传图谱的构建方法 |
| 3. 基因组测序技术 |
| 3.1 基因组测序技术的发展概况 |
| 3.2 第一代测序技术 |
| 3.3 第二代测序技术 |
| 3.4 第三代测序技术 |
| 3.5 SLAF-seq测序技术 |
| 4. 鱼类遗传图谱研究进展 |
| 4.1 模式鱼类遗传图谱 |
| 4.2 养殖鱼类遗传图谱 |
| 5. QTL定位 |
| 5.1 数量性状QTL |
| 5.2 QTL定位的原理 |
| 5.3 QTL定位的方法 |
| 6. 鱼类SNPs的研究进展 |
| 6.1 生长性状相关SNPs的研究进展 |
| 6.2 免疫相关SNPs的研究进展 |
| 6.3 抗逆性状相关SNPs的研究进展 |
| 6.4 性别决定相关SNPs的研究进展 |
| 7. 本研究的目的及意义 |
| 试验一 基于SLAF-seq技术的翘嘴鳜遗传图谱构建与评估 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 作图群体的构建 |
| 1.2 ISKNV病毒对翘嘴鳜半致死浓度的确定 |
| 1.3 作图群体对ISKNV抗病及易感性状的获得 |
| 1.4 SLAF文库构建和测序 |
| 1.5 SLAF标记的开发 |
| 1.6 遗传图谱的构建 |
| 2. 结果 |
| 2.1 测序数据评估 |
| 2.2 翘嘴鳜作图群体的SLAF-seq建库评估及数据统计 |
| 2.3 SLAF标记多态性分析及基因分型 |
| 2.4 高密度遗传图谱的构建 |
| 2.5 高密度遗传图谱的评估 |
| 2.5.1 单体来源评估 |
| 2.5.2 连锁关系评估 |
| 3. 讨论 |
| 试验二 翘嘴鳜作图群体表型数据统计及经济相关性状QTL定位 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 表型数据测量 |
| 1.3 QTL定位 |
| 2. 结果 |
| 2.1 翘嘴鳙经济性状的QTL定位 |
| 2.2 QTL区间的分布及QTL区间内的SLAF标记统计 |
| 3. 讨论 |
| 试验三 翘嘴鳜遗传图谱QTL区间免疫和生长相关分子标记的挖掘 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1 经济性状QTL区间中的SLAF标记上的SNP的筛选 |
| 2.2 翘嘴鳜抗ISKNV和易感群体遗传多样性检测 |
| 2.3 翘嘴鳜经济性状QTL区间中SLAF标记上的多态性SNPs与ISKNV抗性的相关性验证 |
| 2.4 翘嘴鳜生长性状验证群体遗传多样性检测 |
| 2.5 翘嘴鳜经济性状QTL区间中SLAF标记上的多态性SNPs与生长性状的相关性分析 |
| 2.6 QTL与转录组差异表达基因的联合分析 |
| 3. 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
（4）太湖鲂鲌的遗传特征分析及其高密度SNP遗传连锁图谱构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 鱼类远缘杂交的研究进展 |
| 1.1.1 鱼类远缘杂交研究概况 |
| 1.1.2 太湖鲂鲌的研究概况 |
| 1.2 生长激素(GH)基因研究概况 |
| 1.2.1 生长激素概述 |
| 1.2.2 鱼类生长激素研究进展 |
| 1.3 鱼类遗传连锁图谱概述 |
| 1.3.1 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.3.2 遗传连锁图谱的应用 |
| 1.3.3 鱼类遗传连锁图谱的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的及意义和主要内容 |
| 1.4.1 本研究的目的及意义 |
| 1.4.2 本研究的主要内容 |
| 1.4.3 技术路线 |
| 第二章 太湖鲂鲌的形态特征分析 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 形态参数测定 |
| 2.1.3 数据统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 翘嘴鲌与三角鲂杂交子代的形态特征 |
| 2.2.2 可数性状分析 |
| 2.2.3 可量性状及框架数据分析 |
| 2.2.4 主成分分析 |
| 2.2.5 判别分析 |
| 2.2.6 聚类分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 太湖鲂鲌与亲本及自交F_2代GH基因的比较分析 |
| 3.1 实验材料与试剂 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 DNA的提取与检测 |
| 3.2.2 生长激素基因的克隆 |
| 3.2.3 生长激素基因的生物学分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 太湖鲂鲌与亲本及自交F_2代GH基因序列分析 |
| 3.3.2 太湖鲂鲌与亲本及自交F_2代GH基因序列与氨基酸序列对比分析 |
| 3.3.3 4种鱼与其他鱼类GH基因同源性分析及系统进化树构建 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 太湖鲂鲌高密度遗传连锁图谱的构建及生长相关性状的QTL分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 2b-RAD建库测序及基因分型 |
| 4.2.2 生物信息学分析 |
| 4.2.3 高密度遗传连锁图谱构建 |
| 4.2.4 比较基因组分析 |
| 4.2.5 生长相关性状的QTL分析 |
| 4.2.6 潜在候选基因的鉴定 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 太湖鲂鲌F_2表型性状特征 |
| 4.3.2 2b-RAD建库测序及基因分型结果 |
| 4.3.3 生物信息学分析 |
| 4.3.4 高密度遗传连锁图谱构建 |
| 4.3.5 比较基因组分析 |
| 4.3.6 生长相关性状的QTL分析 |
| 4.3.7 潜在候选基因的鉴定 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 图谱构建家系 |
| 4.4.2 2b-RAD技术 |
| 4.4.3 遗传图谱构建及比较基因组分析 |
| 4.4.4 生长相关性状的QTL分析 |
| 4.4.5 潜在候选基因的鉴定 |
| 第五章 小结 |
| 5.1 太湖鲂鲌的形态特征分析 |
| 5.2 太湖鲂鲌与亲本及自交F_2代GH基因的比较分析 |
| 5.3 太湖鲂鲌高密度遗传连锁图谱的构建及生长相关性状的QTL分析 |
| 5.4 展望 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 |
| 致谢 |
（5）瓦氏黄颡鱼高密度遗传连锁图谱的构建及生长、性别和耐低氧性状QTL定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 遗传图谱的构建及QTL定位 |
| 1.1.1 构图原理 |
| 1.1.2 作图标记 |
| 1.1.3 作图群体 |
| 1.1.4 QTL定位 |
| 1.2 鱼类遗传图谱及QTL定位研究进展 |
| 1.2.1 基于简化基因组测序技术构建鱼类遗传图谱的研究现状 |
| 1.2.2 主要经济鱼类遗传图谱及QTL定位的研究现状 |
| 1.3 瓦氏黄颡鱼生物学特征及研究现状 |
| 1.3.1 瓦氏黄颡鱼生物学特征 |
| 1.3.2 瓦氏黄颡鱼研究现状 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 1.5 研究内容 |
| 1.6 技术路线 |
| 第2章 瓦氏黄颡鱼高密度遗传连锁图谱的构建 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 作图群体的构建 |
| 2.1.2 基因组DNA提取 |
| 2.1.3 dd-RAD文库的构建及测序 |
| 2.1.4 标记的筛选与分型 |
| 2.1.5 比较基因组学分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 dd-RAD文库的构建及测序 |
| 2.2.2 SNP标记的开发和分型 |
| 2.2.3 遗传图谱的构建 |
| 2.2.4 比较基因组学分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 基于ddRAD-seq的 SNPs构建高分辨率遗传图谱 |
| 2.3.2 比较基因组分析 |
| 第3章 瓦氏黄颡鱼生长、性别和耐低氧性状QTL定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 生长性状测定 |
| 3.1.2 性别测定 |
| 3.1.3 耐低氧能力测定 |
| 3.1.4 QTL定位 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 生长性状QTL定位 |
| 3.2.2 性别相关QTL定位 |
| 3.2.3 耐低氧相关QTL定位 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 瓦氏黄颡鱼生长、性别和耐低氧候选基因及SNP位点的鉴定与验证 |
| 4.1 材料方法 |
| 4.1.1 候选基因的鉴定 |
| 4.1.2 生长相关候选基因的验证 |
| 4.1.3 耐低氧相关候选基因的验证 |
| 4.1.4 竞争性等位基因特异性PCR(KASP)验证 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 生长相关候选基因及SNP位点的鉴定与验证 |
| 4.2.2 性别相关候选基因及SNP位点的鉴定与验证 |
| 4.2.3 耐低氧相关候选基因及SNP位点的鉴定与验证 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 小结 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 |
| 致谢 |
（6）草鱼高密度遗传连锁图谱构建及生长性状和肌肉营养成分QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.分子数量遗传学的发展及应用 |
| 1.1 数量遗传学的理论基础及研究方法 |
| 1.2 分子数量遗传学的发展与应用 |
| 2.主要养殖鱼类遗传连锁图谱和QTL定位研究 |
| 2.1 主要养殖鱼类遗传连锁图谱 |
| 2.1.1 亲本及作图群体 |
| 2.1.2 作图方法及软件 |
| 2.1.3 遗传标记 |
| 2.2 主要养殖鱼类QTL定位 |
| 2.2.1 鲤形目 |
| 2.2.2 鲈形目 |
| 2.2.3 鲶形目 |
| 2.2.4 鲑形目 |
| 2.2.5 鲽形目 |
| 3.草鱼分子标记辅助育种研究进展 |
| 3.1 草鱼遗传多样性研究 |
| 3.2 性状相关标记筛选 |
| 3.3 鉴定草鱼亲权关系 |
| 3.4 草鱼MAS育种展望 |
| 第二章 草鱼高密度遗传连锁图谱构建 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 作图群体 |
| 1.1.1 实验材料采集 |
| 1.1.2 基因组DNA提取及检测 |
| 1.1.3 子代家系信息及性别鉴定 |
| 1.2 文库构建及高通量测序 |
| 1.3 数据质控及SNP分型 |
| 1.3.1 GBS测序数据质控 |
| 1.3.2 GBS测序数据比对 |
| 1.3.3 SNP分型及筛选 |
| 1.4 构建高密度遗传连锁图谱 |
| 1.5 比较基因组学分析 |
| 2.结果 |
| 2.1 作图群体选择及性别鉴定结果 |
| 2.2 高通量测序数据质控 |
| 2.3 SNP分型及过滤 |
| 2.4 高密度图谱构建 |
| 2.5 基因组整合与比较基因组学分析 |
| 3.讨论 |
| 第三章 10 月龄草鱼生长性状QTL定位 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 生长数据采集 |
| 1.2 生长数据分析 |
| 1.3 草鱼高密度图谱构建 |
| 1.4 草鱼生长性状QTL定位 |
| 2.结果 |
| 2.1 生长数据正态分布检测 |
| 2.2 草鱼幼鱼生长性状QTL定位 |
| 3.讨论 |
| 第四章 10 月龄草鱼肌肉营养成分QTL定位 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 实验材料采集 |
| 1.2 肌肉营养成分测定 |
| 1.3 草鱼高密度图谱构建 |
| 1.4 草鱼肌肉营养成分QTL定位 |
| 2.结果 |
| 2.1 草鱼幼鱼肌肉营养成分统计 |
| 2.2 草鱼幼鱼肌肉营养成分QTL定位 |
| 3.讨论 |
| 第五章 10月龄草鱼生长相关插入/缺失位点筛选及图谱定位 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验用鱼及基因组DNA提取 |
| 1.2 插入/缺失型位点筛选及在野生个体中分型 |
| 1.3 插入/缺失型位点在关联分析草鱼中分型 |
| 1.4 数据处理及与生长性状关联分析 |
| 1.5 多态性位点图谱定位 |
| 2 结果 |
| 2.1 插入/缺失型突变位点在野生个体中多态性分析 |
| 2.2 插入/缺失型突变位点与草鱼幼鱼生长性状关联分析 |
| 2.2.1 插入/缺失型突变位点在亲本中的筛选及分型结果验证 |
| 2.2.2 7个插入/缺失型位点的多态性分析 |
| 2.2.3 7个插入/缺失型位点与草鱼幼鱼生长性状相关性分析 |
| 2.3 7个多态性位点图谱定位 |
| 3.讨论 |
| 第六章 利用混池转录组测序技术挖掘10月龄草鱼体质量性状相关标记和基因 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 总RNA提取、文库构建及测序 |
| 1.3 生物信息学分析 |
| 1.4 BSR-seq关联分析 |
| 1.4.1 SNP calling及过滤 |
| 1.4.2 欧氏距离(Euclidean Distance,ED)计算 |
| 1.4.3 BSR-seq关联位点分析 |
| 1.4.4 BSR-seq关联基因功能及差异表达分析 |
| 2.结果 |
| 2.1 总RNA质量检测 |
| 2.2 测序数据质量评估 |
| 2.3 差异表达分析 |
| 2.3.1 各转录本表达水平比较 |
| 2.3.2 各转录本差异基因筛选及聚类分析 |
| 2.4 差异功能基因富集分析 |
| 2.5 BSR-seq关联分析 |
| 2.5.1 BSR-seq位点关联 |
| 2.5.2 BSR-seq关联基因功能及差异表达分析 |
| 3.讨论 |
| 论文小节 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士期间科研成果 |
| 致谢 |
（7）微卫星标记在鳙群体遗传、亲子鉴定及关联分析中的应用（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 鳙国内的资源现状和研究现状 |
| 1.1 鳙资源现状 |
| 1.2 鳙研究现状 |
| 2 水产动物育种技术和分子标记 |
| 2.1 选择育种 |
| 2.2 杂交育种 |
| 2.3 分子标记辅助育种 |
| 3. 微卫星分子标记的应用 |
| 3.1 微卫星分子标记在遗传多样性上的应用 |
| 3.2 微卫星分子标记在亲子鉴定中的应用 |
| 3.3 微卫星分子标记在关联分析上的应用 |
| 3.4 微卫星分子标记在遗传连锁图谱中的应用 |
| 3.5 微卫星分子标记在QTL定位中的应用 |
| 4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 基于鳙转录组数据EST-SSR分子标记的开发及多重PCR体系的建立 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 DNA的提取和检测 |
| 2.3 引物的设计与合成 |
| 2.4 引物筛选 |
| 2.5 群体扩增与检测 |
| 2.6 数据处理 |
| 2.7 三组四重PCR体系的构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基于鳙转录组数据EST-SSR分子标记的开发 |
| 3.2 鳙3组微卫星4重PCR体系的开发 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基于鳙转录组数据EST-SSR分子标记的开发 |
| 4.2 鳙3组微卫星4重PCR体系的开发 |
| 第三章 基于微卫星多重PCR体系的鲢鳙跨物种扩增和鳙亲子鉴定 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 DNA的提取和检测 |
| 2.3 群体扩增与检测 |
| 2.4 数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基于多重PCR体系的鲢鳙跨物种扩增 |
| 3.2 基于多重PCR体系的鳙亲子鉴定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 鲢鳙群体12个微卫星位点的多态性 |
| 4.2 鲢鳙四个群体间的遗传变异 |
| 4.3 鲢鳙四个群体的结构分析 |
| 4.4 鳙亲子鉴定 |
| 第四章 鳙微卫星位点与早期生长性状的关联分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 DNA的提取和检测 |
| 2.3 引物的设计与合成 |
| 2.4 引物筛选 |
| 2.5 群体扩增与检测 |
| 2.6 数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 微卫星分子标记的筛选 |
| 3.2 关联分析结果 |
| 4 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的科研成果 |
（9）翘嘴鳜生长相关分子标记的挖掘及其与生长的关联分析和在系谱鉴定中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1 DNA分子标记及其在鱼类育种中应用 |
| 1.1 常用的DNA分子标记技术 |
| 1.2 鱼类的遗传连锁图谱构建 |
| 1.3 鱼类育种与数量性状(QTL) |
| 1.4 重要经济性状QTL研究 |
| 1.5 鱼类遗传多样及种质资源保护 |
| 1.6 分子标记在鱼类亲权鉴定中的应用 |
| 2 研究的目的及意义 |
| 第一章 翘嘴鳜生长相关QTL位点的挖掘—生长激素(GH)基因多态性及生长关联分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 DNA的提取与检测 |
| 1.4 翘嘴鳜GH基因序列扩增 |
| 1.5 PCR反应体系及反应程序 |
| 1.6 翘嘴鳜GH基因多态性位点的筛选 |
| 1.7 翘嘴鳜GH基因多态性位点的基因分型 |
| 1.8 数据统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 翘嘴鳜GH基因各片段的扩增及多态性位点的筛选 |
| 2.2 翘嘴鳜GH基因多态性位点与生长的关联分析 |
| 2.3 翘嘴鳜GH基因内SNPs双倍型与生长的关联分析 |
| 3 讨论 |
| 第二章 翘嘴鳜生长转录组分析及SSR新标记的开发 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 翘嘴鳜肌肉组织总RNA提取 |
| 1.3 转录组测序及数据库构建 |
| 1.4 翘嘴鳜基因组DNA提取 |
| 1.5 转录组SSR引物扩增和筛选 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 测序结果与denovo组装 |
| 2.2 转录组中SSR的分布及结构特点 |
| 2.3 转录组SSR基元重复类型和频率特征 |
| 3 翘嘴鳜转录组SSR引物的有效性和多态性检测 |
| 4 讨论 |
| 第三章 翘嘴鳜选育群体F1、F2两代遗传多样性分析及子代F2的亲权鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 配对繁殖与培育 |
| 1.2.2 翘嘴鳜基因组DNA提取 |
| 1.2.3 PCR反应及SSR多态性筛选 |
| 1.2.4 SSR扩增产物分型 |
| 1.2.5 数据统计分析及亲权鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 SSR位点多态性筛选 |
| 2.2 SSR位点的多态性及亲本、子代群体遗传多样性分析 |
| 2.2.1 F1亲本群体与F2子代群体的遗传多样性 |
| 2.2.2 F2子代8个混合家系群体的遗传多样性 |
| 2.3 F2子代的亲权鉴定 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 研究生期间发表的文章及学术交流 |
| 致谢 |
（10）半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关QTL定位及免疫相关基因筛选和功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号及缩略语的中英文对照 |
| 绪论 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 半滑舌鳎研究进展 |
| 1.1 半滑舌鳎简介 |
| 1.1.1 生态习性 |
| 1.1.2 繁殖习性 |
| 1.1.3 雌雄生长差异 |
| 1.1.4 半滑舌鳎养殖现状 |
| 1.2 半滑舌鳎遗传学和基因组学研究进展 |
| 1.2.1 半滑舌鳎基因组学研究 |
| 1.2.2 半滑舌鳎性别决定的研究 |
| 1.2.3 抗病家系选育 |
| 2 鱼类分子标记辅助育种 |
| 2.1 分子标记 |
| 2.1.1 SSR |
| 2.1.2 RAPD |
| 2.1.3 RFLP |
| 2.1.4 AFLP |
| 2.1.5 SNP |
| 2.2 分子标记在水产上的应用 |
| 2.2.1 群体之间的遗传多样性分析 |
| 2.2.2 亲缘关系鉴定 |
| 2.2.3 性状连锁标记的筛选 |
| 2.2.4 遗传连锁图谱的构建 |
| 2.2.5 生物性状相关基因座定位 |
| 2.2.6 GWAS |
| 2.2.7 基因组选择 |
| 3 鱼类抗病免疫相关基因研究进展 |
| 3.1 鱼类抗病免疫相关基因 |
| 3.2 半滑舌鳎抗病免疫相关基因研究进展 |
| 3.3 抗病免疫基因功能研究方法 |
| 3.3.1 感染实验 |
| 3.3.2 重组蛋白抑菌实验 |
| 3.3.3 RNAi干扰 |
| 3.3.4 甲基化 |
| 第二章 半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病QTL定位及抗病免疫相关基因筛选 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA |
| 2.2.2 SSR标记检测和引物设计 |
| 2.2.3 PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶(SDS-PAGE)电泳 |
| 2.2.4 基因分型 |
| 2.2.5 遗传连锁图谱的构建和QTL定位 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 遗传图谱构建 |
| 3.2 QTL定位 |
| 3.3 单标记分析 |
| 3.4 抗病候选基因筛选 |
| 4 讨论 |
| 4.1 抗病免疫相关基因座定位 |
| 4.2 抗病免疫相关基因筛选 |
| 5 小结 |
| 第三章 半滑舌鳎dctn5基因的克隆和特征分析,及dctn5_tv1在免疫应答反应中的功能初步分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 总RNA、DNA提取和cDNA合成 |
| 2.2.2 dctn5_tv1和dctn5_tv2 ORF区序列和dctn5基因的基因组序列验证 |
| 2.2.3 全长cDNA的扩增 |
| 2.2.4 序列分析 |
| 2.2.5 进化分析 |
| 2.2.6 Real time-PCR |
| 2.2.7 重组蛋白质粒构建 |
| 2.2.8 重组蛋白质原核表达 |
| 2.2.9 Western blot |
| 2.2.10 重组蛋白质变性、纯化、复性 |
| 2.2.11 重组蛋白质谱鉴定 |
| 2.2.12 重组蛋白质体外抑菌活性检测 |
| 2.2.13 重组蛋白质体外与细菌结合 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 dctn5基因两个转录本全长cDNA克隆 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.2.1 dctn5基因基因组序列分析 |
| 3.2.2 氨基酸多重比对 |
| 3.3 进化分析 |
| 3.4 Real-time PCR分析 |
| 3.4.1 dctn5_tv1和dctn5_tv2 mRNA的组织分布 |
| 3.4.2 哈维氏弧菌感染后dctn5_tv1在免疫组织中表达 |
| 3.5 Dctn5_tv1蛋白的重组表达 |
| 3.5.1 SDS-PAGE和Western blot |
| 3.5.2 重组蛋白的质谱鉴定 |
| 3.6 重组蛋白Dctn5_tv1的体外抑菌 |
| 3.7 Dctn5_tv1重组蛋白体外与细菌结合试验 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因序列分析 |
| 4.2 基因的表达分析 |
| 4.3 重组蛋白Dctn5_tv1验证和变性复性 |
| 4.4 重组蛋白Dctn5_tv1体外抑菌 |
| 5 小结 |
| 第四章 半滑舌鳎stat5bl基因的克隆、鉴定及在免疫应答反应中的表达模式分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 总RNA、DNA提取和cDNA合成 |
| 2.2.2 stat5bl ORF区部分序列和stat5bl基因的基因组序列验证 |
| 2.2.3 全长cDNA的扩增 |
| 2.2.4 序列分析 |
| 2.2.5 进化分析 |
| 2.2.6 Real time-PCR |
| 2.2.7 细胞培养 |
| 2.2.8 RNAi干扰 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 stat5bl基因全长cDNA克隆 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.2.1 stat5bl基因组结构分析 |
| 3.2.2 氨基酸多重比对 |
| 3.3 进化分析 |
| 3.4 Real-time PCR分析 |
| 3.4.1 stat5bl mRNA的组织分布 |
| 3.4.2 哈维氏弧菌感染后stat5bl在免疫组织中表达 |
| 3.5 肝脏细胞培养 |
| 3.6 RNAi干扰 |
| 3.6.1 siRNA有效靶点筛选 |
| 3.6.2 RNAi干扰后免疫基因的表达情况 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因序列分析 |
| 4.2 进化分析 |
| 4.3 基因的表达分析 |
| 4.4 stat5bl基因RNAi干扰 |
| 5 小结 |
| 第五章 半滑舌鳎r-spondin家族新成员(rspo2l)的分子特征、表达及功能初步分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 总RNA、DNA提取和cDNA合成 |
| 2.2.2 rspo2l ORF区序列验证 |
| 2.2.3 全长cDNA的扩增 |
| 2.2.4 序列分析 |
| 2.2.5 进化分析 |
| 2.2.6 Real time-PCR |
| 2.2.7 重组蛋白质粒构建 |
| 2.2.8 重组蛋白质原核表达 |
| 2.2.9 Western blot |
| 2.2.10 重组蛋白质变性、纯化、复性 |
| 2.2.11 重组蛋白质谱鉴定 |
| 2.2.12 重组蛋白质体外抑菌活性检测 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 rspo2l全长cDNA克隆 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.2.1 rspo2l的基因组结构分析 |
| 3.2.2 氨基酸多重比对 |
| 3.3 进化分析 |
| 3.4 Real-time PCR分析 |
| 3.4.1 rspo2l mRNA的组织分布 |
| 3.4.2 哈维氏弧菌感染后rspo2l和β-catenin在免疫组织中表达 |
| 3.5 Rspo21蛋白的重组表达 |
| 3.5.1 SDS-PAGE和Western blot |
| 3.5.2 重组蛋白的质谱鉴定 |
| 3.6 重组蛋白Rspo21的体外抑菌 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因序列分析 |
| 4.2 基因的表达分析 |
| 4.3 重组蛋白Rspo21验证和变性复性 |
| 5 小结 |
| 全文总结 |
| 全文创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的科研成果 |
| 攻读博士学位期间获得的荣誉 |
四、遗传连锁图谱及其在鱼类遗传育种中的应用（论文参考文献）
- [1]鱼类抗病育种研究进展[J]. 周欣,高风英,卢迈新. 大连海洋大学学报, 2021(03)
- [2]鱼类遗传连锁图谱构建及QTL定位的研究进展[J]. 陈军平,胡玉洁,王磊,田雪,李学军. 水产科学, 2020(04)
- [3]翘嘴鳜高密度遗传图谱的构建、经济性状QTL定位及其相关分子标记的挖掘[D]. 李泽. 苏州大学, 2020(02)
- [4]太湖鲂鲌的遗传特征分析及其高密度SNP遗传连锁图谱构建[D]. 刘加林. 南京师范大学, 2020(03)
- [5]瓦氏黄颡鱼高密度遗传连锁图谱的构建及生长、性别和耐低氧性状QTL定位研究[D]. 李杰. 南京师范大学, 2020(03)
- [6]草鱼高密度遗传连锁图谱构建及生长性状和肌肉营养成分QTL定位[D]. 张猛. 上海海洋大学, 2019
- [7]微卫星标记在鳙群体遗传、亲子鉴定及关联分析中的应用[D]. 方敏. 南京农业大学, 2019(08)
- [8]鱼类基因组研究十年回顾与展望[J]. 陈松林,徐文腾,刘洋. 水产学报, 2019(01)
- [9]翘嘴鳜生长相关分子标记的挖掘及其与生长的关联分析和在系谱鉴定中的应用[D]. 孙海林. 上海海洋大学, 2018(06)
- [10]半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关QTL定位及免疫相关基因筛选和功能分析[D]. 魏敏. 南京农业大学, 2018(07)